世界受〈魔甲蟲〉威脅，大地遭其佔據，人類如今只能住在天空中的浮游都市裡。人類當中誕生出以魔力對抗〈魔甲蟲〉的魔法師──空戰魔導士。 就讀空戰魔導士培育機構──學園浮游都市〈密斯特崗〉的彼方．英司，是被冠上〈黑之劍聖〉稱號的S128特務小隊菁英王牌。然而，如今他卻被視為「特務小隊的叛徒」而受到眾人輕蔑、厭惡…… 某天，彼方被任命為連戰皆敗的E601小隊教官。這支小隊收容了三名個性特異的少女──？由叛徒與問題學生少女們展開的雄豪進擊，現在啟動！