「最後的女巫」所啟動的技術革命將名為「科學」的新秩序導入「魔法」的世界。萊爾是一名同時擁有魔法與科學能力的少年，瑪莉亞則是倡導科學時代的貴族家大小姐，從小與萊爾一起長大。至於路娜莉亞則是萊爾在偶然的情況下所遇見的「幻想種」，也就是魔法時代的象徵。夾在兩名少女之間，身處兩大時代的接縫，足以改變世界的少年將如何抉擇？