由於搭乘的船隻突然遭到「深海棲艦」襲擊，青年已有一死的覺悟。然而，突然出現的九九式艦上轟炸機解除了危機，青年所看到的，是在海上拉弓引箭的美麗少女──瑞鳳的身影。之後，青年因為某些特殊原因，被拔擢為鎮守府的提督，那裡有所謂的「艦娘」駐紮，據說是一群能夠擊毀深海棲艦的少女。青年在艦上轟炸機引擎聲的引導之下，與瑞鳳再次相會…… 「艦Colle」戰場愛情故事，揭幕！