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突如其來出現的深海棲艦，導致世界逐漸步向滅亡。即使是最新型的雷達也無法探測深海棲艦，大型火炮起不了作用，人類在無法對抗的情況下失去了海路與空路的控制權。
中尉以驅逐艦船員身分出海……搭乘的船被戰艦RU級擊沉，不僅失去了摯友岩柱，自己也受到重傷。就在他覺悟一死時，九九艦轟出現在頭上，轟炸攻勢趕走了深海棲艦，使其撤退。
中尉看到在海面上引弓搭箭的美麗少女。
那是他與瑞鳳的相遇。
季節來到櫻花季──
在神秘的九九艦轟支援下奇蹟生還的中尉，被總司令徵召來到總司令部，並因為「看得到那個」而被拔擢成為鎮守府的提督。
陞官成為菜鳥少校的他，以提督身分造訪鎮守府。
在到任之前，提督被九九艦轟的聲音吸引來到演習場，再次與海上的少女相遇。
「我是瑞鳳！雖然是輕型航母，但只要能提升熟練度，就有機會如同標準航母那樣活躍！」
她自稱為艦娘。艦娘看起來儘管跟人類沒兩樣，卻是不同的存在，據說能夠裝備艤裝，擁有對抗深海棲艦的力量。
因為手錶壞了，提督到任時嚴重遲到。
在司令室等待他的是標準航母加賀，雖然態度穩重且貌美，卻是個有著彷佛老練士兵銳利眼光的艦娘。
為了維護部隊的紀律，提督決定要處罰自己跑步。
雖然是要繞鎮守府跑九十九圈的嚴苛罰則，但他的個性認真。鎮守府的艦娘們有些興緻勃勃、有些擔憂、有些為他打氣。儘管差點沒了半條命，但他還是跑完全程。
加賀雖然傻眼地表示「做到這種程度究竟有什麼意義？」最後仍報以溫柔話語。
縱使手法拙劣，中尉似乎依舊博得了艦娘們信賴。
隔天起，加賀就以不是秘書官，而是秘書「艦」的身分，教導提督許多事情。
讓他看了許多戰鬥紀錄，也帶領他到工廠……
這座鎮守府似乎有一位前任提督。看來前任是在重要的作戰中為了保護嚴重戰損的艦娘，選擇了「撤退」而導致作戰失敗，因此事後被究責遭到撤換。
提督為了不重蹈覆轍而打算加強航空戰力，卻遭戰艦長門反對。
儘管她理解艦載機有用，但仍抱持「這座鎮守府的艦載機對深海棲艦不管用」的想法。
在這樣的情況下，總司令部發來任務。
作戰名稱「亞號艦隊決戰」──跟前任遭到撤換的任務幾乎相同。
提督考量過去的紀錄，以熟練度高的長門與陸奧為艦隊核心，並加上標準航母赤城以及瑞鳳編組成艦隊。
對實力沒自信的瑞鳳雖然因此躲進房間不肯出來，但提督想方設法說服了她。
「我知道了，我相信自己！提督也請相信我。」
執行作戰──
與眾多敵人對抗之下，許多艦娘中彈，瑞鳳甚至來到重度戰損邊緣……
在苦戰之後，終於擊破敵軍核心艦隊，擊退了作戰海域的深海棲艦。