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世界因為深海棲艦突然出現而逐漸步向滅亡。
中尉以驅逐艦的船員身分出海，搭乘的船卻被戰艦RU級擊沉，不僅失去了摯友岩柱，自己也受了重傷。就在他抱著一死的覺悟時──九九艦轟出現在頭上，轟炸攻勢趕走了深海棲艦，迫使其撤退。
這就是他與在海上拈弓搭箭的美麗少女──瑞鳳的相遇。
她是「艦娘」，看起來雖然跟人類沒兩樣，卻是不同的存在。據說艦娘能夠裝備艤裝，擁有對抗深海棲艦的力量。
之後，中尉被總司令官拔擢，以菜鳥少校的身分被任命為鎮守府的提督。
因為各種狀況導致第一天到任就遲到的提督，為了維護部隊的紀律而決定處罰自己跑步。儘管他累得差點沒了命，認真的態度卻博得艦娘們信賴。
接著，雖然長門等人一開始覺得不妥，但提督仍以活用航空戰力所編組的艦隊獲得了成果。
作戰「亞號艦隊決戰」──
提督充分反芻交戰紀錄，以熟練度高的長門與陸奧為艦隊核心，佐以標準航母赤城，再加上瑞鳳編成艦隊。
對自身實力沒信心的瑞鳳雖因此躲在房間內不肯出來，然而提督想方設法說服了她。
「我知道了，我相信自己！提督也請相信我。」
在慘烈的戰鬥之後──互相信賴的提督與艦娘們擊破敵軍中樞艦隊，深海棲艦因此撤離作戰海域。
在那之後，鎮守府過了一段平穩時光……
作戰命令「北方海域艦隊決戰」發布。
一開始提督讓扶桑等人出擊，但由於熟練度不足而以撤退作收。糟糕的結果讓加賀無法忍受。
儘管加賀說了「下一次由我去」……卻因為她重度戰損撤退導致作戰失敗！
加賀必須長期入塢保修，提督於是拜託五月雨代理秘書艦一職。
五月雨是個經驗豐富的老手艦娘，也是個認真的好孩子──可惜就是笨手笨腳。
期間甚至發生了她在打掃司令室途中因為打翻水桶而弄濕全身，脫掉衣服準備擰乾時，不巧碰到提督回來開門撞個正著──這樣的意外事件。
另一方面，瑞鳳則因為「想做提督喜歡的煎蛋卷，給總是忙到很晚的他吃」而努力奮鬥著。
瑞鳳請教磯風和比睿，做出了相當不得了的神秘物體……最後在鳳翔和三日月的指點下完成了美味的煎蛋卷。提督也非常高興。
此時，作戰「沖之島海區戰鬥巡邏」發布。
由於主力加賀等人前往執行「北方海域艦隊決戰」任務，提督因而編組了以瑞鳳為旗艦的第二艦隊。
瑞鳳、龍驤、羽黑、古鷹、島風、五月雨儘管打得吃力，但她們仍擊破了再度於沖之島海區聚集的深海棲艦。
之後──
完成作戰報告的提督晉陞為中校，一切看似進展順利。然而總司令官同時也警告提督「不可擾亂風紀」，提督則敬禮回應：
「我明白，並不會因為我個人的感情因素而減損戰力。」
而瑞鳳偶然間聽到了這段對話。