身高一百五十七公分，比同年紀的少女還要矮一公分的事實，對深作零士而言是相當迫切的問題。現在他又有了另一個迫切的問題，那就是他目擊同校美少女未但馬裕佳梨殺人。她是「暗殺社」的成員，專門暗中抹殺殘害人類社會的某種存在，而零士愛上了這位少女……。加入暗殺社的零士，將一腳踏入槍戰廝殺的世界，揭開一場戀愛與鬥爭的青春物語！