葬花少女（死神），她們是守護世界免於謎樣生命體──軍團侵襲的終極武器。在這個人類徹底敗給軍團的時代，人們只能在葬花少女們的保護之下繭居於被稱作蝶蛹的圓頂之中。 住在東京蝶蛹里的高中生葛見為了幫助發生交通事故的車輛，遭到入侵圓頂的軍團襲擊。而當時拯救他的人就是葬花少女隊隊長艾莉絲。 葛見的正義感獲得艾莉絲的認同，便向他提出協助葬花少女討伐軍團的請求。雖然葛見感到不知所措，但為了守護青梅竹馬春野，還是毅然決然投身戰場。然而在前方等待他的卻是未知的嚴酷命運── 與美麗的終極武器一同面對世界的真實，一場...