這部小說是用撰寫《日本的黑霧》時採訪到的另一些素材寫成的。雖說是小說，卻取材於同一範圍，因而沒有一處是所謂虛構和杜撰的。《日本的黑霧》是以敘述體寫成的，而《深層海流》則採用淺顯易懂的描寫文體。作者把描寫的筆觸轉向了戰後日美當局之間的內幕並加以披露。《深層海流》把焦點放在日美議和後的日本政界黑幕上，尤其著重寫為了接替美國佔領軍總部的情報機構而設立的「內閣調查室」。