兩年之前，『東京』遭遇了災難——高中生秋月蓮次和著名偶像弓家葉方有著一個共同的秘密。他們是侵入了『臨界區域·東京』的『入侵者』，並使用AREA限定的特殊能力『SHOT』持續探索著。在與敵對的政府機關『救務廳』，還有AREA最可怕的怪物，人類之敵『EOM（EnemyofMankind）』三方混戰的情況下，他們能夠兌現彼此許下的『諾言』嗎！？