被捲入事故中受到重傷的明久。睜開眼睛時已經是數千年後的未來世界！？因長時間的冬眠而成為「寶貴的人類的原種」的明久，剛醒來就被『侵略體』襲擊。混亂之中，和少女一同乘上人類的防禦兵器<女神>，就在這時，限乘一人的<女神>發揮出了預想之外的威力，竟然將本來最多只能擊退的侵略體完全破壞掉了！？一邊被進化得更加可愛的少女們圍迫，一邊與『侵略體』展開殊死戰鬥，明久的命運究竟何去何從？