公元2301年，故事發生在海水環繞的水都──新威尼斯。一心一意想成為獨當一面的領航員的燈里，以及她的夥伴們，某天在參觀一座古老劇場時，遇到一位名為阿修的少年。他為了使夢幻歌劇《水精靈》能夠上演，正到處找尋著下落不明的劇本等資料。燈里等人在幫忙他的同時，發現到之前在劇場中結識的一位名為亞德莉娜的女性，和《水精靈》有關。以水星為舞台展開，一回的歌劇中所隱含的邂逅和離別。