「我將記錄一切的記事本放入時光膠囊，深埋地底，千年後才能公開。 致千年後看到這封信的你，請問這個世界改變了嗎？」 二十一世紀，人類文明滅絕，進入黑暗時代。 千年後，人類重建世界，但世界永遠變了。 二〇一一年，科學家發現第一名擁有超能力的十九歲女性，她就如同促進全人類進步的新型結晶。多年後，日本的覺醒者－－少年A，在深夜撬開大樓鎖頭，殘殺十七名女性，揭開世界反抗超能力者的序幕。全球出現多起暴力事件，超能力者組織起來，主張淘汰普通人，美國內戰引爆全球戰爭。人類自相殘殺，文明正式毀滅，進入了黑暗時代...