在這個科學已死的異世界裡，透過魔法發展出了名為「魔學」的科技──至於被命名為『福音』、宛如咒語般的技術，則是成為了社會發展的根基。 因為經歷了某事件而排斥魔學的普通高中生•相庭元，碰巧遇見了文部魔學省的精英魔學使•御崎美羽，並且得知這個世界正出現了會讓人無法正常使用「魔學」的特殊現象『福音矛盾』。相傳信奉著於400年前消失的科學──「科法」的『科法使』，就是引起『福音矛盾』的始作俑者。而且對方似乎原本是這個世上唯一能夠正確使用魔學的人物……？ 劍姬與槍姬交織而成的刀光劍影，就此上演一出新世代魔法科學大戰...