平凡的小學三年生高町奈葉，發現從異世界米得基魯達來的尤諾·斯克萊亞受傷而倒下。他來到這個世界的理由。那因為是他挖掘到太古遺產(平行次元中存在的高度科技的文明的遺產)「寶石之源」分散到「這個世界」。知道了這個情況的高町奈葉，成為與尤諾一起收集寶石之源然後封印的魔法少女.最終在時空管理局裡工作.