當學園都市在為大霸星祭忙碌著的時候，無能者（Level0）的少年——上條當麻和完全記憶了十萬三千本魔道書的修女——茵蒂克絲，像往常一樣享受著他們放學後的日常。 但當上條因某個契機偶然觸碰到某個建築物時，隸屬於『必要之惡教會』的魔法師——史提爾?馬格努斯突然發動了攻擊。 史提爾是來解決潛入了學院都市的魔法師的。這些憎恨著科學側的魔法師們來自於印度神話系魔法結社「從天而降的諸神之門」。 就在他們想在學園都市各處設下名為「阿耆尼之祭火」的魔法術式以造成大規模破壞的時候，上條和史提爾鎖定了這些人的藏身處。然而，站在他...