21世紀初，日本的首都東京被外部入侵者Mu（讀作"moo"）用半圓形的障壁與外界隔絕。 身處障壁外部的人稱該障壁為"TokyoJupiter"（因障壁的外觀酷似木星），身處內部的人則相信「東京以外的世界已經滅亡」。 數年之後，居住在東京的主角神名綾人在趕往模擬考試的試場途中，遇上了電車意外。 綾人在尋找救援的途中，遇到了一名神秘少女「美嶋玲香」，並在她的引導之下，到了一座地下神殿。 此時，東京上空突然出現了會「唱歌」的神秘「物體」，並與綾人產生了「共鳴」，使他在神殿倒下了。 在混亂的意識之中，綾人說了一聲「RahXephon」。 然後...