騎在鐵之掃帚上的魔女滑翔在夜空之中。這裡是《塔京》。靈魂術士們（soulwizards）聚集的魔法之都。能夠改造自己的靈魂，消耗死者的靈魂並製造出[奇蹟]的人們便是靈魂術士。 時鐘塔學園·雙子宮所屬的魔術師·黑乃一將作為[自由騎士]，與自己的守護靈布倫希爾德一同進行著《兒雷也》討伐任務。 擁有動物靈專家這麼個外號的一將通過妙計戰勝了《兒雷也》。從燃燒殆盡的敵方基地中發現了擁有金髮少女姿態的機械《索菲亞=04》。它給了一將幸運與不幸……