但是，不管「還原生命歷程」如何原創，也不管「觸摸諸子體溫」如何奇妙，離開了「對諸子文本作『全息』的研究、考證和闡釋」，這一切就只是紙上的畫餅。 在「諸子還原系列」的三個關鍵詞中，「全息」雖然只是實現「還原」「生命」的方法和手段，但在學術研究中，就像生命歷程比結局更為重要一樣，研究方法和論證過程有時比研究結果更有價值，因為學術原創常常就體現在研究方法和論證過程之中。
楊義先生給「全息研究」下的定義是：「所謂全息，起碼應該包括諸子書的完整真實的文本與諸子全程而曲折的生命，以及上古文獻、口頭傳統、原始民俗、考古材料所構成的全時代信息。這一系列信息源之間相互參證、相互對質、相互闡發、相互深化，用以追蹤諸子的生存形態、文化心態、問道慾望、述學方式，由此破解諸子篇章的真偽來由、諸子思想的文化基因構成、諸子人生波折在寫作上的投影、諸子著作錯雜編錄的歷史過程及具體篇什的編年學定位。」 就像通過全息成像後能得到多維圖像一樣，經由全息研究的「諸子還原」能讓人看到諸子的「全貌」——諸如諸子的生命歷程、心路歷程、血緣基因、文化基因、述學方式、價值取向、篇章真偽……新的研究方法自然會成就一種新的學術形態，創造一種新的學術格局與境界。
當然，設計這種全息研究方法固然不易，將它成功付諸實踐更加困難。先秦諸子與我們的時空距離很長，而留給我們的文獻又很少，當年孔子對殷、夏曾有「文獻不足征」之嘆，現存的諸子文獻就更不足征了。作者對此的感受比孔子還要強烈：「由於諸子的家世、生平資料在先秦兩漢載籍中缺乏足夠的完整性，存在著許多缺失的環節，歷史留下的空白遠遠大於歷史留下的記載，這就使得諸子生命的還原成為學術史上難題中的難題。」 譬如墨子，雖然他開創了「世之顯學」，戰國後期的韓非還將孔墨並稱，但由於墨家學派後世無傳，有關墨子生平的史料少得可憐，比較可信的只有《史記》中一兩句零星的記載，而且都是在他人傳記中順便提到他，《孟子荀卿列傳》說墨翟是「宋之大夫，善守御，為節用。或曰並孔子時，或曰在其後」。《魯仲連鄒陽列傳》說「宋信子罕之計而囚墨翟」。另外，《漢書·藝文志》「《墨子》七十一篇」後，附有「名翟，為宋大夫，在孔子後」的小注。僅憑這兩三條記載要想還原墨子的生命歷程，說它是「學術史上難題中的難題」沒有半點誇張。且看作者是如何因難見巧的。從《墨子》和其他文獻中多處記載墨子居魯，《呂氏春秋》漢高誘注也稱墨子為魯人，他斷定墨子「當為魯人」。從墨子在楚王面前自稱「北方之鄙人」，推斷墨子不是「魯國上邑人士，而是其邊鄙之工」。從《墨子·魯問》中「魯之南鄙人有吳慮者，冬陶夏耕，自比於舜。子墨子聞而見之」句，推斷墨子的居地也「靠近魯之南鄙」。從《魯問》「子墨子出曹公子而於宋」，《墨子·公輸》墨子「歸而過宋」，推論「墨子並非居宋，或者並非宋人」。作者還從《墨子》中找到另一墨子為魯之南鄙人的內證：「墨子也只有居地靠近魯之南鄙，才有《非攻中》所說的『南則荊、吳之王，北則齊、晉之君』，『東方有莒之國者』的方位感覺。」再從墨子里籍在魯之南鄙，「從發生學上釐清墨學作為草根顯學的思想文化資源」，考證「魯南鄙之東夷文化」 「給墨子思想嵌入哪些文化基因」，並由此為墨子後來的「草根顯學」奠定了基礎。接下來作者從《墨子》的《所染》《三辯》《公孟》中，找到墨子「近儒脫儒之造士過程」的內證。《淮南子·要略》這段話則構成墨子脫儒歸墨的外證：「墨子學儒者之業，受孔子之術，以為其禮煩擾而不說，厚葬靡財而貧民，（久）服傷生而害事，故背周道而用夏政。」 僅這幾節有關墨子里籍的考辨、文化基因的追溯、學脈的考察，就涉及歷史地理學、人文地理學、民俗學、史學、文獻學、思想史等方面的知識，可見，做好全息研究必須具備廣博的知識和開闊的視野。
不同的研究目的決定了不同的研究方法，不同的研究方法又要求研究者不同的知識結構。要還原諸子的生命歷程，就得以全息的方法進行全方位研究，因為一個人的生命歷程觸及人生的方方面面，如果只從一個角度研究一個側面，其結果必然和盲人摸象一樣片面和偏頗，而要進行全息研究，就得有多方面的知識和多方面的才能。作者在《莊子還原·序言》中交代自己研究莊子的知識和方法時說：「我們採用了地域文化學、人文地理學、姓氏譜系學、深層心理學、自然生態學、歷史編年學、地方志研究等領域的知識和方法。」 已經出版「諸子還原四書」和已經發表的《〈論語〉還原初探》，每部每篇都是少見的大文，每本「還原」都探討和破解諸子十餘個問題和謎團，這種全息研究有點像古代的車輪戰法，要讓研究對象八面受力。與之相應，研究者必須熟悉學術上的「十八般兵器」，掌握學術上的「十八般武藝」，要擅長考辨，還得擅長思辨；要成為版本校勘的專家，還得成為田野調查的能手；要精通歷史編年，還得善於心理分析；當然還得有細膩的感覺，更得具備敏銳的直覺。
作者在論及自己的諸子還原研究時說：「透過歷史煙塵和歷代學術的曲折，去弄清諸子是誰，不僅是血緣上『他是誰』，而且是文化遺傳、文化基因、文化脈絡上的『他是誰』。這是發生學研究諸子為道之本的關鍵點。」 可是，要透過歷史的重重迷霧破譯諸子的血緣基因和文化基因，非具備敏銳的直覺和思想的穿透力不可。沒有敏銳的直覺再有用的材料也會視而不見，沒有思想的穿透力就看不清材料之間的蛛絲馬跡。譬如，《史記·老子韓非列傳》交代：「韓非者，韓之諸公子也。」依戰國時期慣例，稱「韓之諸公子」的人不是某國王之子便是某國王之弟，那麼，韓非是哪位國王之子或之弟呢？在現存史料中找不到隻言片語的相關記載，傳統的考證方法對此束手無策，難怪過去從來沒有人追問這個問題，但這一問題不僅事關韓非子的血緣基因，也涉及韓非子的「文化臍帶」，翻不過這個「峭壁」還談什麼「韓非子還原」？作者以他對材料的敏感與洞察力，讓冷冰的材料「告訴」我們「韓非是誰之子、誰之弟」這一千古之謎。作者梳理《韓非子》全書涉及韓國歷代君主的近二十則材料，通過排除法一個個否定無關的記載，而在《韓非子·說林下》一則材料中感覺到了韓非對韓釐王的特殊態度：「韓咎立為君，未定也。弟在周，周欲重之，而恐韓咎不立也。綦毋恢曰：『不若以車百乘送之。得立，因曰為戒；不立，則曰來效賊也。』」據文獻載，當時蟣虱在楚不在周，那時周也沒有力量納蟣虱入韓，所以文中的「弟」並非蟣虱。而周室雖然力量衰微，但仍是天下共主，冊封諸侯還得周天子下詔書。周室「恐韓咎不立」，這不正說明周室認可韓咎的合法性嗎？作者從這一直被人忽視的話中「讀出」了韓非的身世：「以春秋筆法給韓咎即後來的韓釐王加分，這是其他韓君未有的『禮遇』。」《韓非子》一書記錄歷代韓君止於韓釐王，對韓釐王的記述又別有深意，作者由此推斷「韓非應該是韓釐王之子、桓惠王之弟、韓王安之叔輩，在這三王時期都得列為『韓之諸公子』」 。《韓非子·說林下》中這則材料如果屬於信史，而且它的確出自韓非手筆，楊義先生無疑為我們破譯了韓非的血緣基因。要能破解這種「學術史上難題中的難題」，至少必須具備豐富的歷史知識，熟知古代的「春秋筆法」，尤其離不開對材料的特殊敏感。
作者曾將他「全息研究」的諸子還原方法，歸納為「於文獻處入手，於空白處運思」 。這是因為先秦諸子留下的材料中，斷裂處和空白處實在太多，要是研究者不能從空白處運思，不能從斷裂處找到連續，還原諸子的生命歷程根本就無從著手。如果我們不了解諸子的部族、家族，不了解他們生活的地域、民俗、傳統，我們就不可能讀懂諸子，也不可能走進諸子存在的深處。譬如一本《老子》就給人留下許多謎團：「一、《史記》是為老聃作傳，還是兼為老萊子、太史儋合傳？司馬遷是提示後人不要把三人攪混，還是他本人就辨析不清？二、老子故鄉苦縣賴鄉的山貌水文、氏族狀態、原始風俗信仰，為《老子》寫作輸入何種文化基因？三、老子是出生在陳、楚邊緣之地的母系氏族嗎？何以《老子》書中有那麼明顯的女性生殖崇拜，又把父系稱為『眾父』？……」 作者一連提出了這樣九個一直沒有解開的謎團。這些謎團有的長期被人忽視，有的被人越攪越亂。如果去讀讀《老子還原》，看看作者是如何抽絲剝繭，理清一團一團亂麻，看看作者如何追蹤老子的文化基因，如何考索老子的出生部族，我們就不得不佩服作者讀書有間，能從「無」中發現「有」，從「斷」處看到「續」；不得不承認作者心細如髮，思致縝密，整理亂麻絲絲不亂；不得不讚歎作者的史學與史識，精於考辨也精於識斷。
還原諸子的生命歷程，既要求作者識斷精審，也要求作者視野開闊。清代中後期不少