何桂清由於在江蘇學政任內，喜歡談兵，屢次上奏，論列軍務，為文宗所欣賞，因此，在咸豐四年四月，調補倉場侍郎，到秋天漕米海運畢事，繼黃宗漢而為浙江巡撫。此中當然有「巧妙」；大致內有他的同年軍機大臣彭蘊章的援引，外有也是他的同年的黃宗漢的支持，但穿針引線王有齡功不可沒，當然也有朱大器的謀畫在內。
何桂清撫浙，王有齡自然更得意，咸豐五年調補首府杭州府知府，不久又兼署督糧道。同一年，賞戴花翎，並奉旨交軍機處記名，遇有道員缺出，請旨簡放；這稱為「內記名」，越過吏部這一關，是補缺最優先的「班次」。
咸豐六年，王有齡又奉委兼署鹽運使，護理按察使，集糧政、鹽務、司法於一身，為浙江第一能員，也是浙江第一紅員。因此遭人之忌，有個通判叫徐徵，告了一狀，告何桂清獎薦不公，奉旨明白回奏。何桂清「年少氣盛」，覆奏的語氣，不免亢激，因而下詔責；何桂清便只好稱病辭官，已經打點行李回鄉了，而忽有意外的轉變，奉旨以二品頂戴署理兩江總督。
據說轉變的經過是如此，兩江總督怡良，因病免職，文宗召見軍機，商量繼任人選；他說：「兩江總督一缺，以籌餉為命。派誰去好？」
「以何桂清為宜。」彭蘊章毫不遲疑地答奏：「何桂清在浙撫任內，籌給防守徽州兵勇數萬人的餉，應付裕如。」
徽州原屬兩江該管，與浙江無干；但地勢上卻是密切相連的，因此徽州的防務劃歸浙江。這是加重了浙江的負擔，而何桂清毅然挑起這副擔子——文宗最恨封疆大吏，自劃界限，不但各人自掃門前雪，如秦人之視越，甚至將雪掃到他人門前，推出了事，所以此時想到何桂清的好處，也是毫不猶疑地接納了彭蘊章的建議。
這一來，王有齡的行蹤也改變了。當何桂清辭官之前，先替王有齡作了安排；利用「內記名」的方便，外放為雲南糧儲道——何桂清回雲南，王有齡改官雲南，依然可以朝夕過從。
這雖是出於感情深厚的安排，卻到底是不得已之舉；既然何桂清有此意外的恩典，王有齡當然要留在江南做官。於是拜託新任浙江巡撫曾國藩的同年晏瑞書出面上摺說，浙江辦理防剿，與安徽接壤的寧國府正在吃緊之際，請求派王有齡幫辦浙江軍務；等到各路軍情稍鬆，再行馳赴新任。這有個名堂，叫做「奏留」；凡遇到軍務、河工等等有關國計民生的大事件，都可以「奏留」得力人員，通常也都可以邀準的。
王有齡留在浙江，是為了改官兩江的第一步；第二步是在寧國府克復後，由何桂清與江蘇巡撫趙德轍會銜出奏，說王有齡在浙江籌餉如何精敏，現在江蘇的稅捐，非他來清查整頓不可。這也有個名堂，叫做「奏調」；向例封疆大吏除了翰林以外，外官道員以下，京官司員以下，都可以奏調。而且文宗派何桂清繼任江督，本就是為了籌餉；所以奏調王有齡的摺子，自是「准如所請」。
王有齡到了兩江，先在上海整頓海關；關務把持在書辦手裏，黑幕重重，經過王有齡的清查整頓，公庫增收了兩百多萬銀子。由於這一勞績，何桂清保他陞官江蘇按察使；不久又署理布政使，就是藩司，掌管一省的財政與人事。
江蘇的地方官最多，兩江總督駐江寧，江蘇巡撫駐蘇州；藩司亦有兩員，稱為江寧布政使與江蘇布政使，前者管江寧、淮安、揚州、徐州四府，及通州、海州兩直隸州；後者管東南膏腴之地的蘇、松、常、鎮、太五府州。照系統上說，江蘇藩司的直屬長官是江蘇巡撫；兩江總督隔了一層，是管不到的，而此時的情形不同。
其時因為江寧失守，兩江總督駐常州；常州既為江蘇藩司所管，所以王有齡便事事請命於何桂清，趙德轍根本不在他眼中，每次「上院」，仰面朝天，滔滔不絕地講他辦了些什麼事，辦得對不對，巡撫是不是同意？他都不問。趙德轍受不了這股氣，又拿他沒奈何，只好告病辭官。
接趙德轍遺缺的是徐有壬，由湖南藩司升任；未到江蘇以前，就聽說王有齡跋扈專橫，決心要殺殺他的威風。
第一天到任，會過學政，便是接見藩司；王有齡習性不改，上院帶兩個極漂亮的小跟班，每人手裏一支雲白銅的水煙袋，站在他左右，輪流替他裝煙。
「慢慢！」徐有壬揮手阻止小跟班送煙，「老兄官做到藩司，還不曉得官場的通例嗎？」
王有齡愕然，只好請問：「請大人指點。」
「向例：藩司謁見巡撫，只許吸旱煙，不許吸水煙。老兄雖然才略無雙，不過做此官，行此禮，定例不可違背。」接著用很威嚴的聲音對那兩個小跟班說：「你們下去！」
王有齡的氣焰一挫，對徐有壬的禮貌不同了；但辦到公事，因為有何桂清撐腰，擅專如故。
其時金陵被圍，已經一年有餘，存糧將絕，人心惶惶；而太平天國內部，大鬧奪權的內訌，楊秀清與韋昌輝的衝突以後，石達開獨樹一幟，遠走西南，偽朝只能託命於兩個人，一個是外號「四眼狗」的陳玉成；一個是被公認為太平天國第一人物的李秀成。
為了號召「勤王」，洪秀全接受李秀成的建議，封陳玉成為「英王」，賜「八方金印，便宜行事」。但陳玉成作戰慓悍絕倫，而威信不孚，所以太平天國各路將帥，不遵他的調遣。同時，由於清軍利用降將，想通款曲於李秀成；因而反促成李秀成的被重用，洪秀全「進封秀成忠王、都督中外諸軍，錄尚書事，賜尚方劍，八方金印，便宜行事，自主將以下，先斬後奏」。時為咸豐八年十二月；正是徐有壬剛到任的時候。
咸豐九年二月，李秀成大會諸將於安徽樅陽；此會有一極重要的戰略宣布，李秀成說：「官軍精銳，聚集金陵，而餉源在蘇州與杭州。如今金陵城外的長壕，已經構築完成；『江南大營』的張國樑又是有名的勇將，所以要解金陵之圍，不論內外如何硬攻，都難得手。我現在決定，以輕兵間道，奇襲杭州；杭州告急，蘇州亦必震動，官軍怕我們絕他的餉源、糧道，一定分兵相救；然後我們諸路合圍，直搗江南大營，大營一破，不但金陵圍解，蘇杭亦皆為我所有。」
戰略雖已決定，卻一時難以實現；因為金陵外圍，官軍雲集，每一路都逼得很緊，使得李秀成無法脫身。
一直到了咸豐十年李秀成方能出金陵；三天以後，張國樑率領水陸諸軍，攻克浦口九洑洲，約期攻上關、下關，以為金陵指日可破。而何桂清則以九洑洲之戰，籌餉有功，加官銜「太子少保」，與胡林翼齊名，並稱長江上下游、胡何兩宮保——此為何桂清一生事業頂點；過此就走了下坡，而且一落千丈，垮得極快。
當官軍將帥士兵，無不得意洋洋，躊躇滿志的當兒，李秀成親領精騎一千餘人，由皖南鳩江越清弋江，出寧國後路；解圍以後，疾趨廣德，撲入浙江泗安——泗安守兵十五營大潰，總兵李定泰逃之夭夭。於是李秀成分兵兩路，一路由他族中弟兄李世賢率領，攻擊湖州；一路由他親自指揮，自安吉、武康進犯杭州。
這一支奇兵，震動了兩江，也震動了朝廷。朝旨命接替向榮的欽差大臣，也就是負江南大營全責的和春，兼督浙江軍務，分兵赴援。
江南大營的戰將分兩個系統，向榮的舊部，多為他的同鄉四川人；同樣地，張國樑的部下，多為他的同鄉廣東人。當時大家希望張國樑能親自出馬，赴援浙江，但圍攻金陵，正當功在垂成之際，不僅陣前易將，為兵家大忌，而張國樑亦不願將可到手的功勞，拱手讓人，因而只有派蜀將援浙，此人叫張玉良，重慶人，其時的官職是肅州鎮總兵，受命統率援浙諸軍。
由張玉良擔任浙江方面的主將，是何桂清與和春會商後所作的決定；同時何桂清又在奏報援浙經過，順手放了浙江巡撫羅遵殿一枝冷箭，說他「主守不主戰，守近不守遠」。所謂「守近不守遠」，是指羅遵殿將守湖州一路的重兵，移防省城，湖州虧得有趙景賢的團練，不然危乎殆哉！當然「守近不守遠」確是措置乖方的事實，但何桂清放那枝冷箭，卻是別有用心，目的在為王有齡開路。
張玉良援浙，路過蘇州，王有齡留他住了兩天，為他講解杭州附近的形勢，而就在這「面授機宜」之際，李秀成的軍隊，已經直薄杭州，羅遵殿和駐防將軍瑞昌、副都統來存，晝夜防守，相持了十天；李秀成在清波門掘了一條地道，用火藥轟開二十餘丈，蜂湧而進。瑞昌退保子城——或稱滿城，在湖邊上，是駐防旗人的營區；苦苦守了六天，張玉良的八千援軍到了。
李秀成的目的，就是要引誘江南大營分兵援浙，好減輕金陵被圍的壓力；一看張玉良的兵到，立即展開撤退的計劃，先設疑兵，在城上遍插簇新的旗幟，表示他亦有援軍新到。張玉良見此情形，未免膽怯；將八千援軍，安頓在距杭州四十里的塘樓，同時派人混入杭州，與瑞昌取得聯絡，預備內外夾擊。
可惜，他們的行動慢了一步；李秀成使了一條奇計，找了許多瞎子來當更夫，一面偃旗息鼓，全師而退，走天目山，經孝豐，一日一夜行軍三百里，回到廣德。