一八六八年的六月中國的遠征艦隊已經在台灣府集結完畢，遠征軍將分為兩批，海雲峰率領以威遠號鐵甲艦為首的作戰艦隊先行出發，陸軍乘坐的船隻由於速度較慢會在後面尾隨海軍的主力艦隊。李富貴在台灣有如此大的軍事動作當然讓李鴻章有些不安，實際上他完全弄不懂李富貴為什麼要和西班牙開戰，在李鴻章看來現在正是埋頭髮展的好時機，這幾年兩廣有了不少的變化，因為修通了廣州到南京的鐵路李鴻章也覺得自己已經跨入到蒸汽機的時代，廣東雖然因為捐稅比較重人民的生活並不怎麼好，但是市面上還算繁榮，李翰章的洋務局一直沒有什麼效益，但是仍然為社會培養了一批人才。李鴻章對於新學非常重視，所以洋務局裡很重要的一項工作就是培養了解現代知識的新人，由於投入力度大倒是頗有成效，可惜他們那一套腐朽、死板的機制留不住人，最後都被洋人或者張樹聲那邊給拉去了，李翰章倒也不介意，反正他只關心每年畢業生的人數。
這一切讓李鴻章很有成就感，他覺得如果這時候對外開戰必然會讓這些經濟成果毀於一旦，為此他不惜用電報長篇大論的向李富貴闡述自己的觀點。李富貴對這種迂腐的觀念付之一笑，沒有多加理會，只是邀請李鴻章一起出兵，或者派軍事觀察員來參觀戰事，李鴻章也拿他沒辦法。
大清國向西班牙遞交的宣戰書已經送到了馬尼拉，而與此同時北京居然還不知道這個事情，努涅斯海軍上將因為害怕中國人的鐵甲艦而放棄了遠征中國的打算，他現在最擔心的是華裔會為中國軍隊擔任內應，因此建議殺掉馬尼拉城中所有的華人，這的的確確是李富貴沒有想到的，他並不知道在歷史上西班牙人並不是第一次這樣幹了。胡安同意了努涅斯的建議，土生土長的華裔將被處死，而那些傳教士和商人則被驅逐，王卅一因為無法移動仍然被關在監獄裡，說到底西班牙人仍然把中國人當作野蠻人來看待。六二一慘案震驚了整個東亞和東南亞，三千個亡魂向世人宣講著這場戰爭的殘酷。得到這個消息的李富貴又一次嘗到了怒火燒穿理智的感覺，海雲峰立刻率領艦隊啟程，海雲峰的艦隊雖然所有船隻都具有機帆動力，不過這個時代所有的船隻都不具有用蒸汽機遠距離航行的能力，所以這一路上仍然完全依靠風帆。
在進入馬尼拉灣的時候艦隊正好碰上一艘出港的西班牙炮艦，西班牙船突然遭遇這樣強大的敵人立刻打算掉頭逃回港去，海雲峰看到突襲的計畫已經敗露乾脆命令所有戰艦生火追趕，西班牙炮艦的艦齡已經非常老了，最終沒有逃過逐漸添加輔助動力的中國艦隊，經過短暫的交火之後就被送進了大海，不過這一場衝突也讓海雲峰突襲西班牙艦隊的打算落了空。
得知中國艦隊已經到達的消息，努涅斯立刻命令所有艦隻起錨，他手中除去剛剛被擊沉的那艘炮艦之外還有十條戰船，不過真正有戰力的只有三艘巡洋艦和兩艘炮艦，當然還有最讓努涅斯驕傲的旗艦——主力艦「聖馬利諾」號，在當年它下水的時候其噸位、防護和火炮都是一流的，他相信憑藉這支艦隊肯定能夠擊敗來犯的中國人，雖然從剛才炮火的密集程度來看中國艦隊的火力也相當強大。
海雲峰對於戰事的看法和努涅斯完全不同，他知道「聖馬利諾」號有著相當龐大的噸位，可是這艘戰艦下水已經有二十多年了，在當年其主力艦的身份就可以讓它面對其他艦種的時候毫無畏懼，可是現在一切都改變了，新式火炮的出現使得木質主力艦的時代已經一去不復返了，他這次帶來的作戰艦隻只有五艘，除了旗艦之外是四艘巡洋艦，不管比較噸位還是火炮的數量中國艦隊都不佔優。但是海雲峰仍然對這一場海戰的勝利充滿信心，他是海軍學院科班出身，後來又一直在海上打滾，非常明白這些年來海軍的進步有多大，在這個時代不要說落後二十年，就是十年的差距就足以讓他們去見閻王了。海雲峰的艦隊中除了定遠和鎮遠外都是新船，而定遠和鎮遠雖然因為艦齡較老無法安裝旋轉炮塔，但是李富貴還是把它們使用的火炮給換成了大多數國家認為不適合用于海戰的後膛炮，這大大加強了兩艦的火力。
努涅斯率領艦隊出港後向西駛入較深的水域準備作戰，因為他的艦隻都是風帆動力，所以需要更大的迂迴空間，海雲峰對於馬尼拉灣的水文情況並不是非常了解，所以他並不打算和西班牙人作大範圍的機動，實際上他命令艦隊排成人字形直接向西班牙人衝去，這讓努涅斯大吃一驚，他並沒有想到中國人會採用這樣的戰術，馬尼拉灣雖然不算廣闊，不過對於這十幾條船還有很寬敞的。現在對手一上來就刺刀見紅很顯然另有企圖，努涅斯認為這是中國人想憑藉裝甲艦和上面裝配的撞角來一場旗艦對決，「聖馬利諾」號的火炮數量多於對手，如果進行戰列炮戰他覺得對自己更有利。所以努涅斯立刻命令艦隊調整方向，避開中國人的鋒芒，這一下正中海雲峰的下懷。
海雲峰藉助它的船在速度和靈活性上的優勢立刻咬住了西班牙艦隊變陣過程中產生的小小混亂，避開了排在前面的主力艦直接插入西班牙艦隊的尾部，集中炮火打擊那兩艘噸位小火力弱的炮艦，在兩次齊射使其中一艘喪失了作戰能力之後海雲峰命令艦隊保持隊形死死的咬住西班牙艦隊的尾巴，實際上後面的戰事一直在這種兜圈子的形式中進行的，努涅斯不斷的調整方向希望能夠用他那數量龐大的側舷炮對準中國人狠狠地來上一下子，遺憾的是他不但船隻操縱不靈活的而且火炮的射程也輸給了中國人，所以中國船即便出現在他的炮火方向上他也很難發起有效的打擊，這艘裝備了七十八門火炮的巨艦在大多數時候只是徒勞的在海上打著圈。
在付出了很小的代價之後海雲峰擊沉了西班牙的一艘巡洋艦和兩艘炮艦，剩下的那兩艘巡洋艦眼看著就要喪失戰鬥能力，努涅斯這個時候才明白自己面對的是一隻一流的海軍，不斷落在「聖馬利諾」號上的炮彈也讓他明白自己的戰艦並非是堅不可摧的，實際上每一發炮彈的爆炸都給他的船造成了相當的傷害，雖然堅硬的船體還沒有無法承受的跡象，但是人員的傷亡很大，而且船的動力和操控也都受到了影響。
在這種情況下努涅斯也只好承認了自己的失敗，既然戰鬥的勝負已經分了出來那麼他接下來的任務就是如何逃回去，雖然他也知道就算逃回去自己的艦隊也很難逃脫覆亡的命運，因為馬尼拉並沒有能夠保護戰艦的炮台，實際上那些大炮可以阻擋敵人的登陸，但是想要掩護停泊在海上的戰艦他們的射程明顯不夠。
海雲峰可不想把敵人放回去，事實上他對這艘主力艦頗感興趣，已經下決心要俘獲對手，所以海雲峰沒有去管那兩條在前面逃竄的巡洋艦，而是命令把所有的炮火都傾瀉在「聖馬利諾」號的上層建築上，很快「聖馬利諾」號就在這種猛烈的打擊下喪失了動力，努涅斯發現自己已經成為任人宰割的羔羊，這種羞辱讓他下決心與戰艦共存亡，同時迫使他下這種決心的另一個因素是在馬尼拉屠殺華裔的行動，這場行動由他提議由他執行，所以如果落到中國人手裡他相信自己決不可能得到什麼好下場。
海軍上將有必死的決心可是其他人就沒有這麼堅定了，實際上所有人都在等待著懸掛白旗的命令，這在海戰中是十分常見的事情，尤其是一對一的單挑中，在這種戰鬥中將對方戰艦擊沉是一個非常緩慢的過程，而且雙方距離又很近，所以失敗的一方總是有足夠的時間和信息來判斷自己的形勢，現在在西班牙人的船上就算傻子也看出繼續抵抗下去已經沒有任何意義了。
當威遠號上要求西班牙人投降的信號被掛起來之後，「聖馬利諾」的艦長帶領著大副、二副來到了努涅斯的面前，他們也看出努涅斯殉艦的意思，所以已經商量過了，如果勸說不行就來硬的，總之大家不能為他一個人陪葬。
「上將閣下，我們已經沒有能力再繼續戰鬥下去了，在這種情況下繼續抵抗已經沒有意義了，我希望您能夠下令放下武器。」艦長馬克尼少將直接提出了他們的意見。
努涅斯的眼睛一下子瞪得老大，「投降？你們瘋了嗎？難道你們不知道我們在菲律賓世世代代殺了多少中國人，他們怎麼可能會放過我們，你們在菲律賓也住了這麼多年了，難道對東方民族還沒有足夠的了解嗎？」
馬可尼少將搖了搖頭，「中國現在的統治者是個虔誠的基督徒，相信我們投降後他會給我們符合人道主義的待遇。」
「你胡說，」努涅斯暴跳如雷，「李富貴是個徹頭徹尾的偽基督徒，我敢和你們打賭他絕對是打著基督的幌子來對付我們西方人的，要不了多久他猙獰的面目就會露出來，現在來攻打馬尼拉只是剛剛開始。」
馬可尼聳了聳肩膀，「如果您現在不肯下令投降我們都看不到明天的太陽了，那個什麼賭約就更是無從說起了。」
「不行，我絕不允許投降。」努涅斯的態度異常的堅決。
馬可尼向兩個手下使了個眼色，這兩個人立刻衝上去將努涅斯摁倒在地，馬可尼轉身對下面的水兵宣布：「鑒於努涅斯