在孫中山整頓同盟會的倡言下，宋教仁、陳其美、譚人鳳等均持同一態度，宋教仁更是激進，直接聲言：「將選擇同盟會中穩健分子，集為政黨，變名更署，與同盟會分離。如今只有解散同盟會，才能救黨派分歧之中國。」
李想暗暗訝異，宋教仁難道這時候就萌生組建國民黨的念頭了？同時也暗暗心折，要論才幹，宋教仁絕對可稱民初第一人！南京政府的組織框架就是全在他的主持下建設好的。
孫中山聽了之後卻搖了搖頭，無比鄭重地表示道：「俟民國成立，全局大定之後，再訂期開全體大會，改為最閎大之政黨，仍其主義，別草新制，公布天下。」
這樣看來，孫中山不同意宋教仁這種激進看法，他雖宣稱要改組同盟會為公開的議會政黨，但不同意取消同盟會名義，也不贊成馬上改組。
宋教仁份外受不得孫中山這樣拖拖拉拉，優柔寡斷的性格，他牽頭在上海成立的中部同盟會本來就跟孫中山沒有關係，早就在做「選擇同盟會中穩健分子，集為政黨」的事情。但是孫中山這時候深浮眾望的歸國，成為同盟會巨大的凝聚力所在，他不得不表示尊重。勉強壓下怒火，瞪著孫中山微笑問道：「為什麼？」
孫中山溫和一笑道：「所以不贊成馬上改組，一是因為中華民國成立之初，凡我同志，皆奔走國事，無暇顧及黨事。二是為了避免一黨專制。當南京臨時政府成立之時，中國無所謂政黨，同盟會席革命成功之勢，若及時擴充規模，改組政黨，則風靡全國，亦意中事。同人等屢以是勸，而鄙人不為稍動者，知政府之進步，在兩黨之切磋，一黨之專制，與君主之專制，其弊正復相等……自己已執政權，倘又立刻組織同盟會，豈不是全國俱系同盟會，而又復似專制？」
因此，孫中山堅持保存同盟會名義，暫不改組為議會政黨，而只是加以適當的整頓。
宋教仁臉色放緩，點點頭算是同意了。
孫中山這次整頓同盟會的努力，雖也收到一定的效果，使宋教仁、張繼等人放棄了「變名更署」的主張，表示願繼續留在同盟會內，以「保持革命精神」，但卻未能使多數這個會議之外的同盟會員接受他暫不改組，以求他黨「發達」的意圖。
之後，孫中山又同黃興、陳其美、宋教仁、胡漢民、汪精衛、張靜江、馬君武、居正等密商組織統一的中央革命政府。
汪精衛微笑道：「鑒於目前的情況，大家商定，要推選你為臨時政府大元帥……」
眾人還是首次聽到「臨時政府大元帥」這個古怪的職位，略一思索，才明白了，均發出不滿的聲音。一直旁聽的李想也忍不住插入不屑地質問汪精衛道：「這算個什麼職務？政府管事的是大元帥嗎？」
汪精衛見狀，也耐不住性子嘲諷道：「你在這裡旁聽就可以了，插什麼嘴？」
李想為之色變，正要喝罵，胡漢民知機喝道：「兆銘，李帥說的對，政府管事的是臨時大元帥嗎？」
汪精衛，默然無語，但兩眼仍凶光閃閃的瞪著李想，似乎極不服氣，但是卻堆出虛偽的笑容道：「南北和談，擬開國民大會決定君主民主問題，如今國體未定，所以先選一個臨時大元帥。」
李想陰陽怪氣的說道：「你這種幼稚的想法，必然給革命帶來悲劇。」
眾人均聽出他們兩人針鋒相對，一時火藥味濃重之極。
孫中山拍了兩下手掌，吸引了所有人的注意後，笑道：「我的態度很明確，既要建立政府，就要選舉總統，在西方任何一個國家裡，無論是總統制還是內閣制，大元帥都不是國家元首。」李想悶哼道：「其實，醉翁之意不在酒，有些代表是想虛位以待，把位置留給袁世凱，才用一個大元帥來打發你。」孫中山欣然笑道：「『打發』一詞用得妙，妙不可言。可我孫中山是那麼好打發的嗎？」立時引來一片掌聲。
沉默許久的黃興也有自己意見發表：「我認為袁世凱是一個奸黠狡詐、敢作敢為的人。但由於我們沒有足夠的力量與袁世凱抗衡，對袁世凱的武力恫嚇又存有相當大的不確定因素，不如以滿足袁世凱的慾望，使袁對清室無所顧惜，從而實現清室退位及民主共和制度的理想目標。否則，袁世凱像曾國藩替清室出力，把太平天國搞垮那樣，來搞垮革命。所以，只要袁世凱肯推翻清室，把尚未光復的河山奉還漢族，給他一個民選的總統，任期不過數年，可使戰爭早停，人民早過太平日子，豈不甚好！」
眾人都想不到黃興公然說出這樣的話，都呆了起來，一時全場靜至落針可聞。
孫中山色變起立，向左右道：「我們是革命黨，不是要找誰去商量什麼，更用不著看著袁世凱臉色行事，我建議：正式選舉總統，這樣反倒可以促使袁世凱來主動找我們商量。」「對於南北和議，我持保留意見。」黃興說道，「但是我同意正式選舉總統，我可以馬上遁初去南京，讓十七省代表在南京正式投票選舉臨時大總統。」孫中山看到老戰友在這件事情上大力支持，他又回到席位座下，道：「推翻滿清，建立共和，不是誰來當官的問題，這是多少先烈臨死都不忘記的理想，而理想是不能用來做交易的。」客廳里一下子變得極為安靜，片刻，汪精衛咳了一下，說道：「唐紹儀口風有變化，最近在漢口和上海兩次提到，如果南方革命黨能推舉袁世凱為臨時大總統，他就贊成共和……對於袁氏非此法不行也。其軍隊必如此乃可解散。開國會之後，必為民主，而又和平解決，使清廷易於下台，袁氏易於轉移，軍隊易於收束，竊以為和平解決之法，無逾於此。」孫中山嘆道：「那共和國豈不成了袁世凱的抵押品了嗎？」李想一副不把天下人放在眼內的姿態，懶洋洋地把半邊身挨在身旁的小几上，漫不經意道：「這個籌碼不小，只怕後患也是無窮。」「我們不能不看到現實……」汪精衛說了半截話，見廖仲愷瞪著自己，咽了下半句。
「還是討論一下政府的組織形式吧。」想不到問題這麼多，雄心壯志的孫中山也有點英雄氣短。
「我建議向法國一樣建立總理內閣制。」宋教仁在日本留學期間曾專門研究西方政治制度，對歐美的「議會政治」極為欣賞。這也牽扯到他同意南北議和，讓大總統位與袁世凱的問題。他是個主張革命黨走政黨政治的道路積極分子，他認為即使袁世凱做了大總統，他只要積極發展同盟會勢力，取得內閣議會的多數席位，組織政黨內閣，自然可以將大總統架空。故他認為革命黨不必爭大總統，而只在組織內閣。至於內閣總理的人選，宋教仁自然保留一點私心。
宋教仁的這點私心，一般人是擦覺不到的，比如李想，孫中山和黃興。
但是會議室里政治老油條不少，宋教仁埋下的對付袁世凱的公心他們視若不見，對他的這點私心卻是洞若觀火。
胡漢民不屑地打量著宋教仁，冷冷道：「你是想自己當總理，所以才主張內閣制。」
「我推舉克強擔任總理。」宋教仁心中暗嘆，他也知道自己在同盟會內部威望不夠，特別是才能太過出眾，遭人嫉妒。武昌起義發生前，居正曾到上海請宋教仁等前去主持，最終沒有成行，導致革命後從床底下拉出黎元洪當領袖。對此宋教仁是後悔莫及，他之所以極力主張責任內閣制就是為了保障民國的大權不落在舊官僚、舊軍閥的手裡，他又對胡漢民說：「改總統製為內閣制，則總統政治上權力至微，雖有野心者亦不得不就範，無須以各省監製之。」
但他主張實行責任內閣制，不僅和孫中山有分歧，當時也沒有多少人贊同。所有人幾乎下意識的反對他，最關鍵的還是因為他太耀眼了。辛亥這場席捲天下的風雨最耀眼的就是兩個人：武就是李想，文就是宋教仁！
宋教仁也是在辛亥風雨中真正顯露出政治才幹，主要還是在南京的斡旋活動。革命軍攻克南京前夕，江浙聯軍內部就矛盾重重。宋教仁奔赴鎮江去見林述慶、柏文蔚，就是調和聯軍。南京城下後，在林述慶、徐紹楨、程德全等之間，都督問題不能解決，他又一次到南京調停，奔走於林、徐之間。林憤然說：「革命黨本非爭官而來，必欲爭，則請稍五分鐘，余即可解決矣。」宋教仁說：「毋出此，請君讓之。」林答應立即出兵渡江，準備北伐。這就是所謂「金陵奪印」。
但不久，南京的江浙聯軍軍官聚眾鬧事，迫使各省代表會將原來選舉的結果（黃興為大元帥，黎元洪為副元帥）倒置，重選黎元洪為元帥。南京革命派中擁護黃興的人，要逮捕鬧事軍官、懲辦改選代表。南京，又處於革命軍內部火併的前夜。也是虧得能幹的宋教仁從中斡旋，才避免了發生武力衝突，使南京的政局得以維持。
宋教仁所在的湖南同鄉的龍公館，一時成了南京的一個樞紐機關。內部有意見，從這裡交換。外來的消息，也從這裡探聽。神經病章太炎那時就發表宣言說「總理莫宜於宋教仁」，孫中山長於議論，是元老之才。建置內閣只有宋教仁最適合當宰輔，他「智略有餘，而小心謹慎，能知政事大體」，還說他有宰相之望