就在定遠作戰第二階段開始的時候，遙遠的南方，同樣發生了一場戰事，與關寧軍和俄軍是以步兵交戰不同的是，此場戰事是以水師為主，雙方進行的是一場大規模的海戰。戰爭的結果是劉國軒統領的大明台灣水師全軍覆沒，此戰標誌著大明朝在中華境內最後一縷香魂被徹底斷送。而葬送它的就是千古漢奸施琅與姚啟聖，二人都是漢人。
連日來關注各路兵馬動向的趙強本來也沒想起台灣來，但不知為什麼，北上開拓隊出發後，他就有些困意，想到自己已經很久沒有好好休息過了，便將一些事務交待下去，回到住處蒙頭大睡。不過奇怪的是，明明有睡意，卻怎麼也睡不著，無奈之下，趙強只好獃坐在床上，尋思自己這是怎麼了。許久，他才意識到，是南方的台灣牽動了自己的神經，雖然他一直不去想這場註定失敗的戰爭，不去想這場讓漢人為之魂牽的戰事，但是這場讓康熙所謂「統一」中國的戰事實在讓趙強悲哀不已。
哀漢人不幸，哀鄭家不爭，哀己無能為力，哀天道不公，亡我大漢！
趙強對鄭家沒什麼好感，但無論他們的政治集團出於何種目的扶保明室，畢竟在台灣，漢人文化、衣冠得到了傳承。鄭家還是功大於過的，趙強暗嘆一聲，腦中閃過一幅幅畫面。
康熙十九年，鄭經和清朝的戰爭失利，放棄廈門、金門，退往台灣。福建總督姚啟聖打算趁勢進攻台灣，但遭福建水師提督萬正色反對，加上一些大臣支持萬正色的看法，康熙也顧慮在西南的吳世璠未解決，決定暫緩進攻。
康熙二十年，鄭氏王朝發生政變，年僅12歲的鄭克塽繼任延平王，大權實際上為馮錫范、劉國軒掌握，鄭氏官員的向心力開始動搖，負責與清朝談和的傅為霖甚至願當內應。姚啟聖認為是進攻台灣的好時機，但萬正色仍反對出兵。姚啟聖知道施琅仇視鄭氏王朝，必能幫助他擊敗鄭軍，便向康熙帝推薦施琅。康熙帝也不滿萬正色反戰的態度，便同意施琅擔任水師提督，萬正色調任陸師提督。
按照康熙的規劃，應由姚啟聖、萬正色、巡撫吳興祚一起商討作戰，施琅卻打算排除姚啟聖等人的節制，以便能全權進攻台灣，不過康熙帝只同意吳興祚負責後勤，仍然命令姚啟聖和施琅共同出兵。
康熙二十一年五月初五，清軍抵達銅山島，姚啟聖和施琅卻在出兵的時機產生爭執，姚啟聖主張利用冬天的北風，施琅主張利用夏天的南風，導致清軍無法順利出兵。最後康熙於十月初六裁定施琅負責前線作戰，姚啟聖改任後勤作業，才讓施琅如願取得統帥權。十一月初三施琅率領約21000人，軍艦238艘前往興化平海衛訓練軍隊。
姚啟聖軍權旁落後，為避免施琅獨得戰功，轉而和鄭氏王朝談判。但是施琅主戰意志堅決，且負責談判的劉國軒不接受剃髮易服，談判因此破裂。康熙二十二年五月廿三日，康熙下令施琅儘速進攻，因此爆發六月的澎湖海戰。
永曆三十三年（台灣沿用永曆年號）起，滿清實施遷界令，嚴重打擊鄭氏王朝的貿易，糧食補給也出現問題，鄭經下令每戶人家每個月必須多繳一斗米，將領也必須用自己的俸祿充軍，仍沒辦法解除危機。當時英國商館就如此看待鄭氏王朝：「台灣王之境況甚不安定，不易抵抗滿清人，滿清人常施恫嚇，國王因其財富被消耗，故每日向人民橫徵暴斂，亦不能使軍隊滿意。是以我國不惟受敵人（清軍）之威脅，亦恐軍隊（鄭軍）因缺餉而叛變。」
永曆三十四年鄭經退守台灣後，澎湖成為前線要地，防守卻很薄弱。直到十月，施琅抵達廈門以及傅為霖為清軍內應事情爆發，劉國軒才前往澎湖強化守備。劉國軒抵達澎湖後，在娘媽宮、風櫃尾、四角嶼、雞籠嶼築城；東蒔、西蒔、內塹、外塹、西嶼頭、牛心山設置炮台。同時在海邊建造矮牆並配置火銃，阻止清軍登陸。
永曆三十七年，劉國軒得知施琅準備進攻，便從台灣本島調度鄉兵到澎湖，並將商船以及私人用船都改為軍艦，準備決戰。
康熙二十二年六月十四日，施琅從銅山島出發，姚啟聖也撥3000人同施琅出征。十五日鄭軍哨船發現清軍已到花嶼、貓嶼一帶，趕緊回報劉國軒，當晚清軍在八罩島過夜。
十六日施琅進攻娘媽宮，以速度快的鳥船當作先鋒。劉國軒讓林升、江勝指揮水軍；邱輝為先鋒，自己在娘媽宮港口督戰。當時受風勢阻擾，清軍不敢前進，只有以藍理為首的7隻艦隊突入鄭軍。
施琅再派出第二波鳥船部隊，交戰不久後開始漲潮，一些清軍船隻被海水沖向岸邊，鄭軍趁勢將艦隊分成兩翼包圍清軍。施琅見狀趕緊突入鄭軍，想解救被圍困的船隻，卻被林升率軍包圍。施琅在交戰中被火銃射傷右眼，不過沒有失明；林升也被大炮打斷左腿。林升負傷讓鄭軍失去指揮，施琅藉機撤離戰場，到西嶼附近的海上休息。
施琅於十七日返回八罩島，八罩島地形險惡，船隻遇暴風很容易撞上島邊的暗礁，農曆六月又是容易發生颱風的時節，施琅卻很幸運沒碰到颱風。劉國軒得知清軍在八罩島休息，親自進攻卻被施琅擊退。施琅趁勢於十八日佔領虎井嶼、桶盤嶼。
二十二日，施琅決定發動總攻擊，將艦隊分成三路進攻，剩下約80艘當後援部隊：中路：共有56艘船，分成8隊，每隊有7艘船。由施琅親自指揮，作為主力進攻娘媽宮。右路：共有50艘船，從東蒔攻入雞籠嶼、四角嶼，之後會合中央部隊夾攻鄭軍。左路：共有50艘船，從內塹攻入牛心灣，讓鄭軍誤判清軍要在此地登陸。
天亮前，開始颳起颱風。辰時受颱風影響，海上吹起西北風，鄭軍順著風勢進攻，一時處於優勢，清將朱天貴被炮擊而死。到了中午，颱風受到赤道鋒面帶的影響，海上開始吹起南風，風向轉變成對清軍有利。施琅命令全軍反攻，順著風勢發射各種火器，並且以數船圍攻鄭軍一船，鄭軍全面崩潰，江勝戰死、邱輝自焚。劉國軒眼見大勢已去，率領殘餘部隊從吼門退往台灣，澎湖各島的鄭軍都向施琅投降。施琅戰勝後，考慮台灣水道非常險惡，進軍困難。施琅決定暫緩進攻，採取攻心戰術，讓鄭氏王朝從內部崩潰。施琅派人醫治受傷的投降鄭軍，並配給他們衣服、糧食，再將士兵送回台灣。還拉攏鄭軍將領為內應，防守淡水的何佑首先私通施琅，其他將領也跟進。
鄭軍戰敗的消息傳到台灣，人心開始不安。為了延續政權的生存，有將領提出進攻菲律賓，得到馮錫范的同意。卻傳出遠征軍只想搶劫，還打算逃往海外，因此劉國軒阻止此計畫。後來在劉國軒大力主張下，鄭克塽於七月十五日向施琅投降，並於八月十八日剃髮易服，正式宣告鄭氏王朝的滅亡。
算來台灣已經失守了，可惜那十萬漢民了，趙強心情有些沉重，曾幾何時，他也動過將台灣的漢民遷移到遠東來的念頭，但是組建一支龐大的水師卻讓他只能望洋興嘆。
澎海之戰鄭軍表現只能說一般，為國捐軀者有，不願投降而自殺的也有，大將戰死自焚者更有，但慘烈程度遠不及崖山之戰來得那樣慘烈，那樣讓人痛不欲絕。
趙強承認，他看澎湖之戰的心情與看崖山之戰的沉重完全不同，澎湖之戰讓他覺得遺憾，崖山之戰卻讓他情不自禁落淚。
同樣的異族入侵，同樣的漢人最後一戰！南宋與南明是何等相似，但在民族氣節的最後一戰上，二者的相差卻是天地之別。
南宋朝廷在臨安雖然投降蒙元，但福建、兩廣大片地區仍處在流亡小朝廷的控制之下，李庭芝也在淮東、淮西地區進行著頑強抵抗。但淮東、淮西等地相繼失陷，李庭芝戰死。景炎元年十一月，元軍逼近福州，此時福州有正規軍17萬，民兵30萬，淮兵萬人，足可一戰，但由於主持朝政的陳宜中膽小怕事，因此小朝廷立足未穩，就又開始了逃亡。離開福州之後，小朝廷只能四處流亡，輾轉泉州、潮州、惠州等地。景炎三年春，來到雷州附近。逃亡途中，宰相陳宜中借口聯絡占城，一去不返。端宗在逃亡途中患病，四月十五日病死，年僅11歲。端宗死後，群龍無首，眼看小朝廷就要分崩離析，陸秀夫慷慨激昂，振作士氣：
「諸君為何散去？度宗一子還在，他怎麼辦呢？古人有靠一城一旅復興的，何況如今還有上萬將士，只要老天不絕趙氏，難道不能靠此再造一個國家么？」眾臣便又擁立年方7歲的趙昺為帝，改元祥興。
元軍步步為營，不久雷州失守，形勢危急。張世傑數次率軍反攻雷州，但都沒有成功，於是將流亡政權遷至崖山。歷史似乎註定了要選在這裡翻開空前悲壯的一頁，宋軍到達崖山時，尚有正規軍和民兵20萬人，而進攻的元軍只有數萬，僅就兵力而言，雙方相差懸殊，且元軍不善水戰，宋軍無疑佔有優勢。但張世傑此時指揮出現了嚴重失誤，他判斷蒙古人的優勢是騎兵，不擅水戰，必須依靠水軍與之作戰，因此放棄了對崖門入海口的控制，把千餘艘戰船背山面海，用大索連接，四面圍起樓柵，結成水寨方陣，把木製戰船兩側用襯墊覆蓋，以防