大明崇禎四年十月初，漢軍龍驤衛、飛騎、萬騎、金吾衛左右兩軍，連同炮軍共約六萬人，自浙、粵、湘三省分路攻入福建。初時各軍行進甚是順利，左部漢軍連是漳、泉，逼近福州；自浙入閩的漢軍飛騎萬騎則旬日間攻克建寧、延平，與攻入汀州府的龍驤衛會師合圍福州，再加上左部漢軍，六萬餘漢軍將福州城圍的水泄不通，城內明軍雖然人數尚且略多於漢軍。只是大半是遠來的客軍，遠來自湖北、兩廣，雲貴滇兵，這些客兵每戰必逃，逃必擾民，兩手沾滿沿塗百姓的鮮血，真正的硬仗卻是一次也沒有打過。而真正勇於做戰的，只是福建當地駐軍，還有鄭芝龍家人部曲數千人，若不是依靠這些兵士，福州一日便被攻下。
漢軍連日轟城，徹底切斷了福州與外地聯繫。施琅所部水師又從舟山開赴福州港口，徹夜不停的轟擊福州城內。城內房屋崩壞無數，百姓軍士死傷遍地。那鄭芝龍心知城破之日必死，率領家丁部下拚命守衛，自漢軍圍城之日起便未下過城牆。又強募百姓上城修補，城牆崩壞，便用百姓房屋磚瓦木料隨時候補。圍城十日，漢軍急切間竟不能下。
劉國軒等人無奈，只得飛騎報與張偉，張偉接報立時大怒，知道是諸將因戰事即將平息，不欲使士卒多增死傷所致。只是事關江南大局，若是福州一戰拖的過長，只怕那些心向明朝的降官降將又欲生亂，因此立時命人持大將軍令符，飛馳入福建軍前，命漢軍接令後三日內克城，逾期不能破城，則前線將領盡數免職，下軍法部獄。
接到張偉書信命令，前線各將皆是大急，只是福州城高堅險，鄭芝龍又早有準備，深溝堅壘以待，守城的閩軍和鄭氏家兵拚命做戰，接到命令後漢軍立時強攻一次，但沒有龍武衛相助，缺乏肉搏兵種的漢軍傷亡太大，各將眼看部下紛紛倒在城下，皆是看的兩眼出血，心疼之極。到是左良玉臨機一動，令萬騎射手紛紛射箭入城，上附招降文書。命那些客兵反水，攻擊閩兵。若是他們依命而行，則到時盡數赦罪，若是跟著閩人繼續抵抗，城破之日，盡數屠滅。
客兵原本就是害怕漢軍攻城後屠城，是以雖不能力戰，卻也跟在閩兵之後搖旗吶喊，以壯聲威。待接到漢軍招降書子之後，軍心立時不穩。鄭芝龍雖派兵嚴防，卻又哪裡防備的住。到了晚間，數千客兵發一聲喊，持刃狂沖至城門之處，將鄭氏家兵攆走，搬開塞住城門的沙包土石，大開城門，迎接漢軍入城。早有準備的漢軍立時沖入，以火炮在城門內一陣狂轟，火槍齊發，萬騎的強弓亂射，不分閩兵客兵，當場就射殺無數。可憐那些沖在最前頭的客兵本欲博個頭彩，得些好處，卻被殺紅了眼的漢軍一陣亂槍打的如蜂窩一般，慘死當場。城門一失，有著優勢火力的漢軍對著數量及戰力低劣之極的明軍，只是一場單方面的屠殺罷了。
待攻到福州總鎮府前，鄭芝龍屬下卻有不少自澳門買來的洋槍，再憑上幾門小炮，他那府衙又修的高大結實，一時間竟攻不下來。還是劉國軒惱了，命人推來幾十門火炮，齊齊對準了鄭府一陣狂轟，將那鄭府炸的雞飛狗跳，亂石崩雲。從半夜至黎明時分，火炮一直輪番轟擊，初時鄭府內尚有人還擊，待到天亮大亮，漢軍諸士卒一眼看去，只見處處斷瓦殘垣，殘肢斷臂。漢軍入內搜索了半日，方在鄭府大堂之下將鄭芝龍的屍體扒拉出來，早就死的硬挺。
「這人也是一代梟雄！命人好生收斂，送回他老家，命他的族人好生葬了。」
劉國軒一聲令下，早有漢軍士卒押著在城門俘獲的鄭氏家兵過來，命他們尋些草席將鄭府內所有死難的上下人等盡數包裹了。尋些老成可靠的，給了銀兩盤纏，將這些屍體送回給安海鄭氏處置。
眼見那些殘兵敗卒在廢墟堆里尋找屍首，扒拉出一具鄭氏族人的屍身，便以草席包裹，放在一邊。張瑞等人因見無事，向劉國軒告一聲罪，自去別處巡查。那福建巡撫朱之馮原是要上吊自殺，誰料草繩搓的不實，吊了兩次俱不成功。待漢軍攻入巡撫衙門，此人早就斷了死志，獃頭獃腦的盤膝坐於巡撫衙門大堂之上。被漢軍一舉擒獲，為防各省客兵和閩軍殘卒禍害百姓，張瑞等人借了他的巡撫關防大印，並漢軍軍法部招帖告示，並所有駐防明軍盡數前來自首投誠，逾期不至，或是擾亂百姓者，盡數誅殺。
因此戰太過慘烈，死傷甚眾，又有零星散兵四處躲藏抵抗。雖第二天就命人前往南京報捷，城內卻是戒備森嚴，四處追剿散亂敗兵，拿捕明朝官員。槍聲火光並零星的炮聲數日內不曾停歇。算來自漢軍攻佔鎮江、南京，竟未有過如此激烈抵抗。到後來劉國軒與張瑞等人會商，下了戒嚴令，所有百姓官紳，出門者視同叛逆，窩藏明軍者，發現明軍不報者，一併視為助逆，一體依律處置。如此這般，直亂了十日之後，福州方才大定，撤戒嚴，恢複商貿行人。
十餘日軍民人等不得出行，只有漢軍監督下的運屍隊方能出門，因屍體過多，為防疫病，卻是不能掩埋，只得命人在城外晝夜不停的燃燒焚毀。鄭府上下死難的屍體早就運出城外，卻因戰事尚未平息，四處混亂不堪，不得啟行。百餘具屍體放在城外，雖是深秋天氣，卻已是開始發臭腐爛。那負責運屍的小兵頭目無奈，只得進城稟報了劉國軒，請他開恩，讓他們即刻起行。劉國軒因當年一同隨張偉奉侍鄭芝龍，雖無甚故主之情，卻也不欲使芝龍身後事太過難堪。竟格外開恩，命人於城內搜尋了幾十副棺木，送出城去，將鄭府有頭臉的盡數裝斂了，以防屍臭。又特命張瑞派出一隊飛騎，護送這些人回安海。卻又想起一事，將那些鄭氏家招集過來，問那幾個頭目道：「咱們家大將軍初投鄭老大的時候，他有個兒子在日本平戶出生，是鄭老大與一個日本女子所生，叫什麼田川夫人來著。這母子可曾回國，又可曾死在福州城內？」
那幾個親兵頭目面面相覤，不知道這漢軍大將是何用意，各人一時猶疑不定，皆是不敢回話。
「你們莫怕！我來福建之前，大將軍曾經有諭，命我善待鄭氏家人。又想起當年投靠鄭老大時，他正好有一子出世，是以吩咐幾句。若是死了，也就罷了。若是沒死，大將軍命我派人好生照看著。鄭老大家資千萬，大將軍命抄沒以充軍用。若是鄭老大尚有後人在，自然要留些家財供他使喚。」
「回將軍，大將軍所言，當是鄭森。他現下八歲，去年隨其母回來福建，現下隨母親在安海老宅居住，是以母子平安，並未死難。」
劉國軒點頭一笑，到也不以為意，因命道：「我寫一封書子，給當地縣官，令他好生照料。鄭府家財漢軍必定要抄沒，不過到是會留下二十畝地，千兩銀，一處家宅，給他們安身就是。你們到安海後，願意留在當地，可為廂軍，可為靖安巡兵，若都是不願，也可四散為民。只要安份守法，自然不會有人為難你們。若是心戀舊主，還想做亂……」
他努起下巴，向著不遠處焚毀屍體的化人場方向冷笑兩聲，向這百餘人厲聲喝道：「這便是下場！」
見各人都是諾諾連聲，都道願意安份為民，不敢做亂。劉國軒在馬上大笑幾聲，在馬屁股上打上幾鞭，滿面春風的去了。
福建戰事一畢，張偉命劉國軒就地於福州駐蹕，撥了一些船隻與他，命他防範福建與台灣；命左良玉駐蹕廣州，派偏師入南寧，攻佔廣西，至於廣西、雲貴等地土司，命漢軍不得與其衝突，待將來更換敕書，仍命土司鎮守當地，不使生亂就是；命張鼐駐蹕南昌，其金吾衛一部駐長沙；孔有德並金吾衛一部，萬騎一部，加之兵，約三萬人駐襄陽、荊州，連同投誠明軍改編的近兩萬廂軍部隊，約五萬人警備荊襄，此處甚為緊要，是以駐防兵力亦是最為強大。
中央官制改革事畢，雖張偉並沒有建號稱帝，卻也是令行禁止，諸事順手。何斌自台灣而來，接手戶部。一至南京，便著手清理帳目，接手各州縣的財賦大權。舉凡庫藏、各地存銀、來往帳目、田土丁銀收取憑單，盡數被他理順分清。以皇明規制：戶部掌天下戶口、土田之政令。下統四部，曰總部，管理田土、農桑、賑濟、存恤、會計、漕運。設郎中、員外各一，主事四，都吏一，令吏十二，典吏二十五；其餘有度支、金部、倉部，全管國用開支、賞賜、雜支、出納、倉庫府藏等物，設官如總部同。除了將收取賦稅一項撥給專門的稅務部外，又專設海關一署，將與外國貿易一事專委海關，其收取的關稅等收入直入中央。雖然地方官員此刻多半從缺，那些署吏因張偉甚忌明朝小吏舞弊貪墨，此時正在甄別人選，盡數不用；卻因賦稅免收，各地又暫行軍管，縱有盜案之類，也是由靖安部下統各地方行司管理，是以地方官員竟暫且無事。待中央戶部將各種雜務接管過去，更是越發的海晏河清，天下太平。
至於黃尊素領兵部，不過是裁撤明朝冗兵，統計明朝軍械、軍戶戶籍等務。張偉讓他為本兵，不過是借其清名罷了。其餘各部，亦都仰承內閣之命辦法，革除舊弊，卻也並不大張旗鼓施行新政，是以江南兵革漸息，各地平靜如昔。而身處最底層的百姓，卻因免了所有苛捐雜稅