「如有強大的精神力/把各種原素/在體內湊在一起/沒有天使/能夠拆開/這合二而一的雙重體/只有永恆的愛/才能使二者分離。」
這是在靈魂升天的場景中天使們所唱的歌。人性是一種非常奇怪的東西，善和惡、美和丑、殘暴和溫柔、冷酷和熱情，這些對立的東西在它內部都是不可分的，所以人只能沉淪於深深的地獄。身處地獄中的人夢想的是天堂，所以上帝就給了人一種希望，讓人通過愛從自己的肉體分離出靈魂，讓這靈魂超升。那麼什麼是藝術境界里的永恆的愛呢？那是一種對於人性的信念，懷有這種信念的人對於自己在塵世中的所作所為便會有種衡量的標準。這個標準變成了人的自我意識，人就對自己身上的獸性有了一種制約。但這種制約本身又受制於獸性的衝動。所以「合二而一」的雙重體是無法分離出來的，雙方永遠處在激烈的交戰之中，戰火硝煙，你死我活，人似乎只能住在地獄裡。然而當一個有信念的人在地獄中掙扎之際，他卻逼真地看到了天堂的微光在他上方閃爍，而他的體內，的確有某種東西正冉冉上升與上方的光芒匯合！這是上帝為他安排的生存方式，他內心充滿了感激。第二部的最後一幕表演的就是靈魂升天的過程。
那是一個天堂與地獄連接之處，各種層次里散居著聖隱士：「愛之幽居在此」。首先再現的是恍惚入神的神父：他在溝壑里飄上飄下，他決心去掉空幻無意義的軀體，讓內部的精神裸露。
「箭矢，請將我射透/戈矛，請將我痛毆/棍棒，請把我打爛/電閃，請把我貫穿/好讓空幻的一切/早早全都消滅……」
緊隨他的是在「深淵裡呼號的神父」。這名神父向宇宙通報了天主的愛，描繪了自然（內心）中最激烈的衝撞與永恆的和諧，及二者相輔相成的奇異景色。他請求天主給他力量，讓他睏乏的心點燃愛的火花。然後天使般的神父出現了，他引導那些未曾體驗世俗的夭折的升天童子向更高的境界飛升。升天過程中要經歷塵世的驚險旅途，神父擔心沒受過鍛煉的童子會害怕，就讓他們鑽進自己眼中，用他的眼代替他們看。然後天使般的神父又將他們送到更高的地方，讓他們在那裡成長。因為他們未經歷過塵世的苦難，還沒有成為不朽的天使。途中他們遇到搬運浮士德靈魂的眾天使。天使們報告說，是他們將愛的玫瑰撒到魔鬼身上，使魔鬼感到尖銳痛楚，他們才乘機搶走了靈魂。那種交戰的瞬間實際上是兩極相通的瞬間，也是善被從惡（肉體）中釋放出來的瞬間。升天童子剝下浮士德靈魂的「繭殼」，使他可以往更高處飛升。這時崇拜聖母的博士出現在山的最高、最潔凈的石窟里，博士歌頌著聖母，同時也歌頌著悔罪女，接著榮光聖母就飄然而至，包括格蕾琴在內的悔罪女圍繞著她。充滿了愛心的悔罪女於是被善與美的象徵聖母提升到了永恆。格蕾琴驚喜交加地看見了往日情人的靈魂，他們終於在天堂匯合了。格蕾琴唱道：
「看吧！他已掙脫舊日軀殼/在塵世的各種桎梏/並從靈氣的微妙罩袍/將最初的青春之力顯出/請允許我將他指點/新的白晝還使他目眩。」
雖然浮士德生前對天堂的事並無興趣，但兩種生存的異道同歸，還有天使們的對他的靈肉的描繪，表明了浮士德理想追求的價值。最後的神秘合唱指出生的本質是虛無，追求的價值已在過程中實現，凡在精神上有信念的人都會得到永恆女性的垂顧，得以追隨她飛升。