在《浮士德》中，靈魂以立體的形式向內延伸，在這個結構內它又分為三個層次。第一個層次（也就是表面層次）由浮士德本人體現，他的矛盾的內心生活，他的悲歡離合，他的不由自主的追求等等就在這個層面上展開。第二個層次屬於梅菲斯特，梅的矛盾體現為皇宮中的對立，魔鬼山上精靈們同老學究們的對立等等，女巫所在的煉丹房，則是種促使矛盾爆發的機制。梅菲斯特可以控制第一個層次，在第二個層次中，他是策劃者和展示者。第三個層次則顯現為古老的希臘風景，以及地底的母親們的風景。第三層次的風景是最為深奧的，連梅菲斯特都不能馬上把握，而是需要一個轉折性的適應。希臘風景中的主體是人面獅們和雕頭獅們，美人鳥們，還有山洞裡福爾庫阿斯的女兒們等等，它們的古老令梅菲斯特吃驚，在它們身上，美與丑、生與死是直接統一的，今人所習慣了的那種區分對它們不起作用。而地底的母親們則是實體分離出來的影子，雖無實體，卻能達到存在的永恆。靈魂的這些層次以及對這些層次的豐富飽滿的描繪，令人信服地展示了浮士德身上那種異質的力量的來源，讓讀者看到了人性機制啟動的立體風景。
浮士德在人生的轉折點上陷入了要不要活下去的痛苦的內心折磨，他過著人格分裂的生活，內在的生命力得不到發揮，終日被淹沒在理解他人觀念的枯燥繁瑣之中，卻從未創造過什麼，而他對這種生活不甘心，決心改變局面。在這個靈魂矛盾的第一層面上，他同他的藝術自我相遇了。從地下鑽出來的梅菲斯特就是浮士德那出了竅的靈魂，他的模樣既令浮士德吃驚又令他感到似曾相識，於是自然而然地，浮士德開始聽他的將令。他以浮士德所不習慣的果斷、冷酷和專橫，激發著浮士德，帶領他在人生中一邊衝撞一邊體驗，從而將他的理性一步步提升。但是這個屬於靈魂第二層面的梅菲斯特，自己也是一個矛盾，一個分裂的統一體，這不僅表現在他對浮士德的態度上（參看「梅菲斯特為什麼要打那兩個賭？」）而且也由這個層次的風景作了很好的描繪。皇帝就是這個層面上的理性，表面上，他的王國淫慾泛濫，他自己什麼也幹不了，反倒讓人的獸性主宰了一切。但梅菲斯特自有妙法，他使理性與慾望之間展開聖戰，通過神秘的方法得勝，達到暫時的平衡，促使矛盾提升到一個高級階段。他所策劃的戰爭給讀者一種悠久的歷史感，讓人透過硝煙看到了幾千年的滄桑。布羅肯山上那些粗野的精靈們則是第二層面上的慾望，它們人數眾多，在地獄裡擁擠著、奔跑著，一心想要搶在別人之前向上飛升，到塵世上去作惡。這些精靈們天不怕地不怕，好像誰都管不住它們。但被撇在一旁的委曲的理性（尾脊幻視者）卻暗示著慾望的運作還是有某種規律的，只不過這個規律人不能一勞永逸地掌握而已。規律或生命的律動屬於誰的範疇？仍然是屬於篝火邊那幾個憤世嫉俗的怪人，也屬於尾脊幻視者。他們的義務不是指揮、控制，他們的義務僅僅只是傾聽、認識慾望，並在這當中自娛。但認識本身就是一種致命的否定的力量，它不能消滅衝動，卻可導致衝動的方向、形式不斷變化，梅菲斯特因而得以永葆青春。所以說梅菲斯特是「否定的精靈」，這有兩方面的意義：一方面，生命本身以惡的否定的形式，摧毀一切向善的努力；另一方面，嚴厲的深層次的意識將一切生的慾望一概加以否定，為的是達到更高層次的善。靈魂的第二層次又反映了第一層次的矛盾演化，並總可在第一層次里找到對應的意象。在劇中，這兩個層次總是穿插出現，給人身臨其境的感覺。比如浮士德同瑪加蕾特的熱戀，就是典型的將理性拋在一邊，執著於魔鬼般的衝動的過程，其間他也有過幾次自省，但這些自省正如尾脊幻視者一樣無力，青春的生命力太蓬勃、太狂妄了。不過尾脊幻視者雖表面軟弱，卻是有神通的，他的超人的意志終將把浮士德的追求弄成一個圓的軌跡，魔鬼山上浮士德的徹底反省和後來的自覺承擔就是他的意志在起作用。當梅菲斯特懷著古怪的意圖故意貶低皇帝時，浮士德就忍不住要為他辯護，因為他很久以前就看出了皇帝向善的本性，因而相信這樣一個人是不會以惡為自己生活的全部的。浮士德為皇帝辯護也就是為自己內面那快要誕生的新理性辯護，於是他不由自主地卷進了那場荒謬的聖戰，並順從聖戰的特殊規律獲得了勝利。他們同皇帝一起打贏的這場戰爭就是浮士德同海倫那場生死戀的投影。由於抱定了善的信念，不論推動戰爭的慾望多麼卑賤（參看鬧得凶、撈得快、抓得緊這三個人的表演），人也是勝券在握。雖然這勝利成果馬上又被化解，人又陷入更緊張的矛盾中。同樣，浮士德與海倫的關係中，不論雙方的動機多麼違反道德，多麼利己主義（一個是背叛丈夫與人通姦，一個是勾引他人之妻），兩人之間爆發的純潔的愛情終究會獲勝。雖然愛的結果是矛盾緊張化導致破裂，最後一切化為了一場空。這其實也是衝動帶來的認識暫告一段落，浮士德同那位皇帝一樣，又進入了更高的理性境界。在作者的作品裡，靈魂中這兩個層面的演出如同博爾赫斯描寫過的兩幕劇一樣，以不同的形式表演著同一件事，前台與後台，內與外天衣無縫地構成了劇中劇，而觀眾，需要極其敏銳的感覺，才能窺破其間的奧秘。
第三個層次的風景更為難以理解。作者選擇了古希臘這塊人性發源的土地作為表演的舞台。也許是人同自己靈魂深處的自我已經久違了的緣故，這個層面上的精靈比梅菲斯特層面上的更覺突兀，深奧。那些古風十足的獅子們丑得「叫人膽戰心驚」，它們說話粗野，動不動就對梅菲斯特咆哮，因為它們瞧不起當代人的猥瑣。但梅菲斯特很快就發現了它們的美，並陶醉在這偉大優美的氛圍之中了。他感嘆道：
「流星交射，缺月生輝，在這稱心的地方真是寫意，我想就你的獅皮暖和一下自己。離開這兒上天去，實在是太虧……」
相反，一眼看去儀錶優美，聲音悅耳迷人的美人鳥，卻隨時會露出兇相，要人的命。並不是它們偽裝自己，而是人不習慣真實的自我。如果人要領悟真正的希臘精神，就得像梅菲斯特那樣美醜善惡兩極同時收進自己的內心，既看到燦爛的光，也看到濃黑的影。第三個層次里的精靈，全都是那種集邪惡與高貴於一身的古代幽靈。那麼這些幽靈又是如何樣統治自己的內心，使自己具有「偉大、優異的風度」的呢？劇中接著向觀眾展示了血腥的殺戮和野蠻的奴役。能夠將如此極端的對立與衝突統一於一體的靈魂內部，必然會有更為殘酷可怕的鐵腕機制在運作。這個機制是由小矮人、螞蟻、大元帥和獅子們組成的，它們的暴行令人髮指，用殺戮的手段來解決矛盾是它們的家常便飯。除了殺戮，眾多的下級們還得終年在無盡頭的苦役中煎熬、呻吟。奇怪的是這種苦役又正是它們所盼望的、惟一的存活方式。大元帥組織的殺戮行為終於激起了反抗，烏雲似的鶴群從天空撲下來，向這支部隊討還血債，它們的攻擊使得大元帥的軍隊全軍覆滅。這是一次生命向強橫的理性進行討伐的戰爭。表面上理性完蛋了，但只要抬頭看看威嚴的月神路娜，她的從容的風度，就知道一種更高的理性仍然在統治，也許她是新誕生的，也許本來就在那裡。模樣恐怖的福爾庫阿斯的女兒們也是同獅子們處在同一層次的精靈，因為缺乏對比，她們從來不知道自己是美還是丑，她們在黑蒙蒙的洞窟里蹲了幾千年，從未受到外界的污染。梅菲斯特看出了這幾位混沌之女身上的高貴的空靈之美，覺得任何塵世的美同她們相比都要遜色，這種美深深地打動了他，使他打定主意要借用她們那世俗眼光來看是醜陋至極的外形，去喚起希臘美女海倫心中的原始慾望。後來發生的事說明海倫也從這醜陋的形象中認出了自己的本質，從而使梅菲斯特的計謀得逞。令海倫與福爾庫阿斯發生共鳴的毫無疑問是她們那同一古老的血統。除了希臘風景之外，地底的母親們的虛幻飄浮的風景也屬第三個層次，梅菲斯特本人一定也常去那種地方吸取力量。母親們就是從肉體中分離出來的純精神，她們連實體都沒有，卻可以在那不為人知的地方永恆地存活下去。這種事雖離奇，卻已構成了歷史。藝術、哲學和宗教都證實了這種歷史的存在。浮士德在地底究竟看到了什麼是不能清楚敘述出來的，只有通往那種地方的歷程令他刻骨銘心，他所能表達的也就是這個歷程。靈魂之所以會出現這第三個層次的風景，是因為浮士德要進行更為輝煌的生存，他同海倫的結合，結合破裂後仍然自強不息直到老年，以及老年最後的英雄壯舉，都是與這個層次的風景吻合的。精神越發展到高級階段，靈魂深處的革命越激烈。到了最後階段，理性的折磨甚至將浮士德的雙眼都弄瞎了，但他的選擇仍然是以對抗的姿態活下去，活到最後一刻，直到時間本身戰勝他。然而臨死前的那一刻他仍然是個勝利者，也許在那一刻他還同他日夜渴望的母親們匯合了呢。第三個層次的原始風景並不是人人都能看見的，那是人類靈魂的故鄉，只有對於那些最大膽最真誠的探索者來說，它才是存在的。作者將他親歷的事件告訴了讀者，但讀者