遠在武昌的鄭克臧並不知道巴達維亞發生的一切，因此基於持續威懾日本的目的，他遂於武成四年二月十五日正式下達了對水師的改組命令。
根據這道命令，除長江內河水師、西洋水師珠江艦隊、西洋水師金蘭艦隊湄公河分艦隊等內河水師艦隊以外的夏軍水師按海域分布正式編組為北國、浙海、閩台和西洋四支水師。
負責日本、朝鮮、海東及渤海灣海域巡航任務的北國水師下轄第一巡航艦隊、第三巡航艦隊、第一信報船艦隊、第一軍輸船艦隊和蝦夷地分遣隊。
其中第一、第三巡航艦隊各編有三個標準巡航船分艦隊，每個標準巡航船分艦隊下轄巡航船四隻及信報船兩隻；第一信報船艦隊亦編製有三個標準信報船分艦隊，每個信報船標準分艦隊下轄信報船四隻；第一軍輸船艦隊則編製四個標準軍輸船分艦隊，每個軍輸船分艦隊下轄一萬五千料大小的混合樣式運輸船兩隻；蝦夷地分遣隊系由北國水師下屬的各艦隊抽調艦船組成，負責津輕海峽以北直至苦無島附近北遼海的巡航任務，另外蝦夷地船場建造的艦船也會暫時編入該分遣隊進行海試。
除了艦隊的部分，北國水師還下轄濟縣、福江、蝦夷地等三個鎮守府和龍驤軍第四師。
夏軍水師鎮守府的編製都大同小異，一般都編製一支擁有輕型快帆信報船、老式戎克船、槳帆船及小型快舸、長龍在內各種雜式船隻的港口特務艦隊以及用於守備炮壘、承擔港口防務、維持各艦隊緇補的伏波軍一部。當然，蝦夷地鎮守府與蝦夷地都護府並非一回事，一個是水師港區管理機構，另一個則是殖民地行政當局，兩者不可混淆一談。
至於龍驤軍第四師則主要駐紮在濟縣西歸浦港、福江縣有川港、日本對馬藩嚴原港、朝鮮海州港以及北朝鮮的南浦港———北朝鮮的南浦港因為深入敵境，所以僅有不到一團兵馬扼守互市商港外的棱堡區；嚴原港的駐軍則是用來震懾當地倭人，給新近接收對馬的田川家撐腰的，所以也不過只有半團；有川港方面只來得及規划了駐軍營地並無無實質性的兵馬入駐；該師主力兩個多旅依舊分別駐守海州和西歸浦，以應對各個方面可能出現的危機。
負責扼守長江門戶及舟山、福寧列島並協防琉球的浙海水師下轄第一巡洋艦隊、第二巡洋艦隊、第四巡航艦隊、第二信報船艦隊、第三軍輸船艦隊、第六軍輸船艦隊和琉球分遣隊。
其中第一、第二巡洋艦隊各編製三個標準巡洋艦分艦隊，每個標準巡洋艦分艦隊下轄各型巡洋艦兩隻及信報船兩隻；第四巡航艦隊下轄四個標準巡航船分艦隊；第二信報船艦隊編製三個標準信報船分艦隊；第三軍輸船艦隊編製三個標準分艦隊；第六軍輸船艦隊編製四個標準分艦隊；琉球分遣隊則由上述各部抽掉艦船、兵力組成，負責巡航北至日本薩摩南到東寧基隆的整片琉球海域，三都澳船場建造的新船也會暫時編入該分艦隊進行海試。
除了上述艦隊以外，浙海水師還代管水師大學堂下屬訓練艦隊。水師大學堂訓練艦隊包括信報船分艦隊、戎克捕鯨船分艦隊、近海運輸船分艦隊、槳划船分艦隊等，主要負責在外洋海域訓練新晉水師武官和部分水師官兵。
浙海水師另外還下屬崇明鎮守府、大衢山鎮守府、三都澳鎮守府和龍驤軍第一師，其中龍驤軍第一師第一旅駐寧波、第二旅駐嘉興、第三旅駐太倉、師統制部和師直屬團哨駐松江。
負責福建、東寧、潮州沿海及東沙、中沙、南沙並納閩、長島諸海域巡航的閩台水師下屬第三、第四巡洋艦隊、第五巡航艦隊、第六巡航艦隊、第四信報船隊、第二軍輸船隊、第四軍輸船隊和納閩分遣隊。
其中第三、第四巡洋艦隊與第一、第二巡洋艦隊一樣各編製三個標準巡洋艦分艦隊；第五、第六巡航艦隊則各轄三個標準巡航船分艦隊；第四信報船隊下轄兩個標準信報船分艦隊；第二、第四軍輸船隊各轄三個標準軍輸船分艦隊；納閩分遣隊則由上述各部抽調艦船、人員組成，負責納閩、長島、南沙、中沙等北婆羅洲附近海域巡航任務。
閩台水師另外還下屬海壇鎮守府、金廈鎮守府、澎湖鎮守府、南澳鎮守府、納閩鎮守府和龍驤軍第三師，其中龍驤軍第三師主要駐紮在東寧地區，另有一個團左右的兵力日常輪戍納閩地區並協助納閩鎮守府、納閩都護府震懾汶萊蘇丹國，確保各世襲都總管控制北婆羅洲。
負責廣東、廣南、瓊州、安南、越南、金蘭、占城、真臘、暹羅、呔泥、凌牙門、坤甸等海域巡航的西洋水師是原三洋水師中唯一得以保留原來名字的，其下除下轄的珠江內河艦隊、金蘭艦隊湄公河分艦隊等內河艦隊、分艦隊外，該水師還下轄第五巡洋艦隊、第二巡航艦隊、第三信報船艦隊、第五軍輸船艦隊、第七軍輸船艦隊、金蘭艦隊、海峽艦隊。
其中第五巡洋艦艦隊同樣編製三個標準巡洋艦分艦隊；第二巡航艦隊則下轄四個標準巡航船分艦隊；第三信報船艦隊下轄四個標準信報船分艦隊；第五軍輸船艦隊下轄三個標準軍輸船分艦隊；第七軍輸船艦隊下轄四個標準軍輸船分艦隊；金蘭艦隊因為單獨負責金蘭、占婆至暹羅灣沿海的巡航任務，所以混合編製兩個標準的巡航船分艦隊、一個標準的軍輸船分艦隊和一個標準的信報船分艦隊；海峽艦隊同樣由兩個標準的巡航船分艦隊、一個標準的軍輸船分艦隊和一個標準的信報船分艦隊組成，負責馬六甲以東至蜈蜞嶼間海域巡航任務。
經鄭克臧親手計算，完成改編並補充入相應艦船之後的華夏水師將擁有六十位炮的一等巡洋艦十二隻、五十二位炮的二等巡洋艦十八隻、四十四位炮的一等巡航船三十八隻、三十八位炮的二等巡航船三十二隻、二十八位炮的三等巡航船二十六隻、十二位火炮的一等信報船五十二隻、八位火炮的二等信報船八十隻、一萬五千料（900噸級）以上的重型軍輸船五十四隻，其餘如四位火炮的小型信報船、福船、廣船、鳥船、沙船及槳帆船、槳划船並走舸、快蟹、長龍等舢板數目數以百計……
華夏水師尚在接受命令改編，北方清軍便搶先一步行動起來。二月十六日，山東巡撫雅努親自至黃縣役使登萊百姓沿海設置烽火台；二月十七日，直隸巡撫貝和諾也行文天津、滄州等地知府，勒令工期興建烽燧；由此清廷環繞整個渤海灣的預警機制開始建立。
康熙四十二年二月二十六日，清登州水師又以四十條漁船搭載二百多水師官兵成功登上南北長山島，接著又從並不存在的夏軍手上成功收復相鄰的廟島、大黑山島等一系列島嶼，初步控制了廟島水道和長山水道。
三月初七，在南北長山島初步建立起烽火瞭望台和屯兵點的山東清軍繼續北上奪島。結果在付出了「重大」代價之後，成功奪回了空無一人的砣磯島及附屬一些小島，基本建立起對南砣磯水道、高山水道、北砣磯水道的預警。
等到三月十五日，例行巡航的兩艘夏軍信報船駛入渤海海峽的時候，卻詫異的發現，從北城隍島開始，渤海口諸島次第燃起烽火，並且烽火以夏軍瞠目結舌的速度向遼東、山東半島一路擴散，直達夏軍水師官兵視力所不及的遠方。
「清軍這是搞什麼鬼？」兩名夏軍通報船指揮官用信號旗聊了一會還是不明所以。「走，回去向上官報告，清軍怕是有大的動作了……」
清軍的確有大的動作了，三月初十，一千外火器營、一千八旗新軍並三千新營制綠營攜武成永固大炮十位並輕型神威將軍炮三十位自京津地區出發，一路東行，僅耗時七天便穿過在他們眼裡最危險的遼西走廊抵達盛京。
稍後這股清軍休整三日，於三月二十五日越過鴨綠江進入北朝鮮。
此時北朝鮮僅保有極其貧瘠的咸鏡、平安兩道及黃海道、江原道的一部分，戶籍不足三十萬，兵力不足三萬，只是靠著南朝鮮方面對徹底滅亡北朝鮮會迫使清廷大舉介入的擔心及五千駐平壤清軍對南朝鮮軍的現實威懾才勉強維持下來。好在，佔有四道、戶籍百萬、擁軍五萬的南朝鮮方面也有隱憂，出於對華夏方面強迫朝鮮履行約定、渡讓朝鮮王位的擔心，南朝鮮方面其實也不願意立刻統一了朝鮮，從而為華夏平白做了嫁衣。
正當南朝鮮內部親夏一派與反夏力量還在篤悠悠的重複著過去慣常的黨爭，清軍已經拉開了反擊的序幕。三月三十日，率軍入朝的八旗新軍左翼都統一等公坡爾盆統一指揮新舊八旗及綠營兵八千在平壤誓師、隨後越過大同江，途徑黃州後直撲要津麒麟道。與此同時，為了迷惑在南浦的夏軍，清軍還假意互市，結果夏軍守將還在考慮為數十車遼東巨木搭建倉庫之際，清軍前鋒馬隊以及奪取了麒麟道。
清軍旋即捨棄海州不攻，先奪了禮成江畔的金川郡城，隨即直逼重鎮開城……