明鄭水師的勝利並不足以讓鄭主在戰場上取得絕對的主動，正當安南內戰的雙方繼續圍繞橫山長城一線相互廝殺的時候，明鄭攝取蝦夷地的後果終於浮出了水面———經過幾個月的陳情和運作，江戶幕府老中會議終於作出了決定。
事實上早在六月間，松前志摩守矩廣就親自從陸奧南下江戶哭訴遭到明人的入侵。但是對於出身譜代大名的老中們而言，松前家不過是一介區區旗本【注1】資格的交代寄合，在日本政治地圖上只是路人甲的存在，至於兩浜組也不過是近江的一個普通商業組織，與名聞天下的關西、關東的豪商根本不能相提並論，在幕府內的影響力甚為低微，再加上蝦夷地實在過於偏遠，因此一開始幕府並不准備為此大動干戈。
然而松前矩廣四處遊說，首先說動了曾經因為琉球歸屬而與明鄭發生過武裝衝突並因此蒙受了巨大人員傷亡和經濟損失的外樣大名島津家。島津家雖然是外樣，但家主繼豐剛剛迎娶了將軍綱吉的養女竹姬，因此也算得上是德川家的一門眾，地位自然不是松前可比的，由島津家出面運作，會議的風向就有所改變了。
接下來兩浜組也以聯絡上了關西豪商集團。把持絲割符仲間的關西豪商集團跟明鄭的關係也早就十分緊張了：一方面，雖然明鄭已經開發私商赴日貿易，但是由於明鄭官方牢牢從源頭控制外貿品的價格，導致對日本而言最重要的絲織品的價格依舊居高不下，關西豪商集團因此蒙受了極大的損失；另一方面，關西豪商鼓動長崎奉行所扣留鄭智、鄭柔等人，儘管從某種程度而言是幫了鄭克臧的忙，但是從禮法上卻給了鄭克臧一擊耳光。
既然雙方的矛盾已經趨於激化，因此在兩浜組的懇請和鼓動下，關西豪商集團也就半是被動、半是主動的在幕後推波助瀾。由此，老中會議新一輪的討論結果與前一次會議達成的一致來了個180度的原地大調頭。
明泰順元年、日本元祿十一年八月十九日，長崎奉行所代表幕府向明鄭在日商館遞交一份國書，國書中明確提出「明鄭自蝦夷地撤軍並將全島交還松前藩、賠償松前藩白銀四萬兩、抵日商品由日方訂價、渡讓琉球宗主權」等四項要求。長崎奉行還聲稱，若明鄭不應允上述條件，幕府將派兵自行奪回蝦夷，且今後將詩情況禁絕明、日之間貿易。
對於日方夢囈般的要求，鄭克臧當然予以拒絕。在他看來日方所謂中斷明、日貿易的威脅太過可笑，明、日貿易事實上已經無法中斷，即便雙方之間直接交流的途徑被迫堵塞，明鄭亦可以通過由其管控的朝、日及琉、日之間轉口貿易將大明商品在日銷售繼續下去，而日方卻要因此承受額外增加的轉口成本，吃虧的還是日本人自己。
至於日軍進攻蝦夷地的可能雖說不是沒有，但鄭克臧卻是不懼，畢竟蝦夷地在陸奧以北，單單一個補給問題就該讓幕府頭疼不已，更何況，如今的日本，海賊大名早就變成了旱鴨子，沒有制海權，日本人能不能登陸蝦夷島還是一個問題，即便在明鄭水師疏忽下登陸了蝦夷島，也基本上只能落下個有來無回的結果。
正是基於以上兩點考慮，鄭克臧並沒有理會幕府方面的最後通牒。
當然戰略上蔑視、在戰術上重視。是年九月二十二日，鄭克臧南巡湖南、廣東之前正式授權樞密院，一旦確認幕府出兵蝦夷地或者日本沒收華商商品、驅趕明鄭船隻，可不必請旨立刻命令東洋艦隊北洋分艦隊進佔對馬及壹歧作為報復。
此外為了應對可能發生的明、日戰爭，東洋艦隊的提督公所移駐蝦夷地、而北洋分艦隊的總領公所也臨時以往石狩川城。蝦夷地都護府還額外獲得六萬貫內帑，以擴建函館、十勝、釧路、根室、室蘭五處港口，其中函館、釧路和室蘭為主要港口，十勝和根室為備用港口。為了確保明鄭在東蝦夷地的存在，水師武備學堂捕鯨隊也隨後奉命移駐釧路。
明鄭已經做好的應對的準備，此時日本方面因此遲遲沒有接到明鄭方面的回應，且發覺大明赴日商船的數目也出現了暴減的趨勢，所以幕府判斷認為明鄭可能是拒絕了己方的要求。根據遞交給明鄭的照會的內容，幕府應該立刻對明鄭實施絕交和商業制裁以及軍事打擊。
然而事到臨頭了，幕府內部又有人出現了動搖。
有人會驚訝，箭在弦上不得不發了，怎麼還會有人動搖，是不是這些人親鄭？亦或是這些幕府大佬被鄭藩收買了？其實根本不是這麼一回事。
原因很簡單，幕府沒有錢了。
日本元祿年間的世道，一言蔽之正由繁榮陷入慢性的財政危機。
江戶前期日本天下太平，農業生產快速發展，到了元祿年間，耕地面積已經增長到戰國末期的三倍以上，再加上這一時期德川幕府為了鞏固統治，將戰國時期「六公四民」的年貢標準調整為「四公六民」。耕地面積增長了，年貢降低了，農民手中就有了錢。有錢了，消費就相應增加，這便刺激了商業和城市的發展，再加上幕府掌握的金銀銅礦的產量居高不下，在三代將軍家光時代幕府一度積攢下來六百萬兩的金銀。
可是經濟的繁榮養成了奢靡浪費的風氣，為了享樂，出產甚少的日本大量進口國外商品，而日本本身沒有足夠的貨物外銷，這一進一出便造成了巨額的出超。僅僅在慶安元年（1648年）至元祿十一年（1698年）這五十年間，僅明鄭一方就從日本獲得黃金一百三十三萬七千四百兩、白銀十九萬二千二百貫，可以說明鄭之所以能在清廷的封鎖下堅持下來並成功反攻，日本金銀的流出居功至偉。
但是對於日本而言，這些流入明鄭和荷蘭人手中的金銀已經佔到了慶長六年（1601年）以來日本百年金銀開採量的四分之一，且日本國內的金銀礦山的開採已經相繼告罄，因此這一金銀外流的局面是持續不了多久的———也正是因為這個原因，有眼光的日本豪商集團才對捲走大量財貨的明鄭表示極端的不滿。
如果說金銀外流只是長期隱患的話，四代將軍家綱和五代將軍綱吉的窮奢極欲去讓幕府的財政出現了危機。元祿八年，為了保證幕府用度，綱吉同意了勘定奉行荻原重秀改鑄劣幣的建議，幕府籍此獲取了數百萬兩的收益，但市面隨即出現惡性通脹、物價暴漲的局面。
在這種局面下，作為幕府中堅力量的七千六百九十餘旗本和御家人陷入了生活困頓的境地。為了不至於動搖幕府的根基，在此前，老中會議上一直有對其進行救濟的提議。
救濟是花錢的，打仗也是要花錢的。
是救濟重要還是打仗重要，幕府高層對此爭論不休。
贊成出兵的認為應該趁著現在幕府財政還算寬裕打上一仗，對內可以宣揚幕府武威，震懾應為該改鑄貨幣而心生不滿的百姓、武士甚至大名，而且還可以迫使明鄭降低輸入貨品的價格、徹底解決阿芙蓉的輸入問題。
反對者卻認為與明鄭作戰輸了將動搖幕府統治根基，贏了也賺不到一分銀子———明鄭最多不要了蝦夷地這個出產不多的荒島———而且一旦明鄭惱羞成怒，斷了中國商品進口，在荷蘭人已經因明鄭的武力被迫撤銷在長崎商館的情況下，日本將徹底出現商品荒。與其到時候進一步激化民間的不滿情緒，不如把錢用在救濟之上。至於對於明鄭的無禮，反正蝦夷地又不是日本本島，既然明鄭想要，不如乾脆賣給對方，或以此換得一定時間內的輸入商品減價。
調和者認為幕府完全可以效仿平定島原之亂那樣，讓北陸的大名以軍役形勢出動聯軍，甚至連登陸、輸送的船隻都可以讓商人們報效。這樣一來，幕府就有能力在出兵作戰的同時對旗本和御家人實施救濟。
贊成出兵者雖然比較認可調和者的言論，但在出兵問題上卻與反對者一樣，主張必須由幕府來主導蝦夷地的戰事，如此的話，幕府是必須派出一定的力量及主持大局的老中到北陸的，錢還是要花，只是少花一點而已。而不管多花少花，反對派卻堅持認為這是為島津家以及關西豪商火中取栗，不符合關東豪商以及幕府的根本利益。
公說公有理婆說婆有理，討論的結果還沒有出來，時間已經悄悄留在了。十月初，陸奧與出羽已經開始降下第一場雪，更不要說更北面的蝦夷已經冰天雪地了。這如此嚴苛的環境中，不要說幕府軍，就連習慣北陸苦寒的諸藩大名也不可能派兵出征。
既然今年是出不了兵了，爭論不休的老中會議便只能先達成了救濟旗本和御家人的決議，當然關於具體的救濟金額必然還有一番不小的爭議，至於與明鄭絕交、開戰，既然明鄭對幕府的國書裝聾作啞，幕府自然只好當作對方尚在考慮，一切拖到來年春耕之後再說了。
【注1】旗本：松前家到1715年才獲得1萬石大名資格。