經四朝立三帝的鄭克臧逐漸加快了自己開國的腳步，保康元年二月十七日，鄭克臧正式從南直隸中分割出江（北）淮（南）省，省會在新昌府，並以原大都督府警察經歷司司官、招討大將軍幕府警政衙門會辦大臣、領侍衛內大臣閆剛為第一任江淮總督。同時鑒於皖中和蘇北間湖泊、運河分割的地形，繼續保持兩總兵的格局。
二月二十日，鄭克臧又以釐定政務為名撤消了各省布政司、按察司、都指揮使司，使得三司的職務與中央部院一樣成為了加銜、虛銜。隨後，鄭克臧宣布在浙江、江西、福建、廣東四個遠離戰區的身份設立從二品都督，總地方軍政。但事實上，都督即不掌握監察權、審判權，其名義中的軍權也通過水陸軍分署和各省總兵來施行。
設立都督之後，各省的政體隨即按照幕府體制進行改制，改制中也發生了一些變化，其中原本撤除的屯田司被恢複且併入水利部、戶政歸口於警政衙門管轄等等。並由此形成了從三品轉運使（鹽鐵部）、兵馬使（陸軍部）、水軍兵馬使（水軍部）、提學使（學部）、督造使（郵傳部）、都水使（水利部）、支度使（度支部）和監察御史、大審院分院使、禮儀院分院知院事及按察使、提獄使、鴻臚使（總督蕃洋列國事務衙門）、市舶使（海關衙門）等一系列新舊官銜組成的微縮中央機構的新的省級政府以及等而下之的府縣政府。
不過，組織架構雖然發生了變化，但府、直隸州、散州、縣和在設置流官的少數民族地區的廳的區劃制度卻沒有發生本質的改變，只是各級官府的主官、佐官的品階有了變動，其中府尹為從四品、直隸州州尹為正五品、散州州尹為從五品、縣令升格為了正六品。
府尹之下設正五品通判一員，通判既是府尹的副手，同時具備制約府尹的權力，若是通判不在府尹下達的命令上副署，就一如在詔書尚沒有總理大臣和分管內閣大臣的印璽一樣是無效的。此外，府的區域內若是有散廳———散廳是用來管理面積較大的縣的部分地區或幾個縣相鄰地區的一種行政區劃———則設分管從六品同知一員或若干員。
同知有自己的一套班子，並不在府城辦公。而在府衙內設立管理府堂的正七品主簿一員，其下有掌管府衙出納文移諸事的經歷司、掌勘磨卷宗等事的照磨所，更有正八品的經歷、照磨以及等而下之的書記、典吏等。
府衙之外則是各部院衙門的支署、支院、支局，其各按體制各敘品階，接受府衙和本部院衙門分署、分院、分局的雙重領導。不過府、直隸州及以下散州、縣、廳不設監察院支院，亦不設禮儀院支院和海關支局，沿邊各府境內或有設立海關的，其管轄權也在省一級。
直隸州的設置跟府相近，因為直隸州的面積、人口普遍較府為少，因此直隸州設從五品通判外不再單獨設立同知。散州究其實質是經濟、人口指標較高的縣，因此設立正六品州同一員，其下同樣設置主簿一員，正八品，但不設經歷司和照磨所，相關事務由書記、典史直接向主簿負責。縣則設從六品縣丞和從八品主簿，至於縣尉則予以撤銷。散州、縣和散廳實際政務由相對於署、院、局的各房負責，在其下的鄉一級還設置正八品的鄉約、在貿易集市設施從八品的市令、管理渡口的正九品渡丞等。唯一在散州、縣、散廳不設的是大審院的分支機構，一般而言，盜竊等輕罪由警政房推官來代為判罰，財產官司由府一級的大審院支院派出巡迴法庭審理，更嚴重的殺人等案件在州府審判。
既然有散廳，也就必然有直隸廳，所謂直隸廳是清代留下來的行政區劃，直屬於省、等同於府和直隸州，且主要設置在設有流官的少數民族地區，鄭克臧將其全盤繼承下來，不過清廷的直隸廳設置同知、通判，而鄭藩的直隸廳只設正五品知事和正六品副知事一員，以下同樣設置主簿等官吏並由於直隸廳下無縣和散廳的設置，所以領管各房。
用於改朝換代的政治改革已經全面推行了，但鄭克臧手中卻沒有那麼多官，特別是合格的官來填補上述空缺。儘管從武定元年開始，明鄭就連年舉行鄉試，倒要扭轉只會八股制宜的學風卻不是一件簡單的事。而且由於缺乏足夠合格的教師，鄭克臧倡導的縣府太學三級教育體制根本只是一個空架子，根本無法滿足現下的需要。
為此，鄭克臧只能優先填補中央和省一級的空缺，另外再大量提升這些年來加入明鄭政權的各地士子，甚至出現了入仕兩年三年，就被任命為五六品實職官的局面，可以想像這些人泰半是不合格。但是鄭克臧也只能硬著頭皮咬著牙齒先幹起來再說，等日後人才充裕了或回爐或另外安置。不過，這種應急手段倒也成了鄭藩的廣告手段，引得無數眼紅的讀書人紛紛投身從龍大業，倒使得士林中反對鄭藩取材方式的言論一掃而空。
「易卿，這些年卿在童子營及軍器司的辛苦，孤是清楚的。」看著跪倒在自己面前的法蘭西矮子，鄭克臧很是從容的拔出佩劍，擱在對方的肩膀上。「故賜你指揮使的顯爵，並賜功民田一塊、金錢佰枚、銀貫三千、絲綢五十疋。」激動的五體投地的易施勞保住鄭克臧的靴子親吻不放，對此鄭克臧只是用劍脊拍了拍他的肩膀。「起來說話。」
「偉大的國王陛下，作為您最忠實的僕人，我願為您付出所有。」起身後的易施勞依舊語無倫次。「請您放心，臣下一定，一定為您充當馬和狗的作用。」
邊上的侍衛及內侍差一點笑出了聲，對此鄭克臧卻頗為滿意：「很好，現在孤有一個重任交給你，希望你能替孤來完成。」
易施勞莊重的向鄭克臧保證道：「請國王陛下只管吩咐，臣一定替陛下做到。」
「那好，孤且委你為格致院院監，你且回泰西歐羅巴一趟，為孤招募學者，無論是物理、數學、地理學、化學的知名學者，乃至普通教師，你能聘請多少就聘請多少回來，孤不吝這些開銷。」鄭克臧豪氣衝天的說到。「只要你能聘請五位以上歐洲知名學者來南京，孤就冊封你世爵，十名以上可以多加你一倍的功民田。」
雖然易施勞的中文還有些磕磕巴巴詞不達意，但是他在東方時間已久，自然知道指揮使的榮譽爵位是不能跟世爵相比的，而且明廷世爵的起點是伯爵，伯爵在歐洲那可是了不得的爵位，而光宗耀祖衣錦還鄉不正是他來東方淘金的目的嘛。
所以易施勞毫不猶豫的保證道：「請陛下放心，明天，我就返回歐洲，為陛下聘請學者。」
「不急，」鄭克臧卻擺擺手。「你好好回去整理一下行裝，耶穌會派來請見的教士正好要返回澳門，你可以搭他的船一併走，另外，孤還會再批給你一船貨，你可以運到澳門或者萬丹、巴達維亞等地售賣，賣得錢足夠供你在歐洲開銷的了。」
易施勞臉上歡喜異常，但不知道想到了什麼，突然有些緊張的看向鄭克臧：「陛下，請歐洲學者的事，您是不是也交辦了澳門耶穌會了？」
鄭克臧意味深長的看了易施勞一眼：「沒錯，耶穌會要在朝廷治下廣泛傳教，總該要付出些代價的，讓他們幫忙聘請教士只不過是最簡單的一項罷了。」
鄭克臧並沒有實話實說，事實上耶穌會此番派人北上除了請求鄭藩給予廣泛傳教權以外，還針對了教廷頒布的禮儀問題的訓令做了解釋。由於通往北京的道路被明鄭切斷，康熙又遣返了部分在京教士，因此天主教在中國的傳播受到了極大的挫折，在這種情況下，耶穌會急切希望從鄭克臧這邊打開缺口。
但是禮儀問題的要害在於一方面教廷的訓令與中國的人文情況不符，另一方面教廷堅持對教士及信眾的管理權又牽涉了中國主權和王權。因此，在上述問題上與康熙一樣沒有退步餘地的鄭克臧明確告訴對方，傳教是可以的，堅持教廷的訓令也是可以的，但凡是執行教廷訓令的中國籍信徒將面臨不得出任公職、不得承襲爵位的處分。另外明鄭方面還將執行嚴禁信眾捐助教產、懲罰性加重信眾稅賦等一系列的反制手段。在這種看似相對於德川幕府直接殺戮、驅逐信徒來說較為緩和的手段下，天主教在華傳播必然會受到極大的打擊。
為此，耶穌會的使者非常惶恐，一再試圖打消鄭克臧的決定。鄭克臧則趁機要求耶穌會重新向教廷提出建議，並希望耶穌會幫助招募泰西學者。有求於鄭克臧的耶穌會使者自然一口答應下來，才有鄭克臧和易施勞交談的這一幕出現。
可這麼一來，易施勞便感受到了絕大的壓力，畢竟耶穌會在東方和歐洲都有極大的勢力，與之相比，自己即便得到東方貴族的頭銜和鄭克臧的資助，也未必有對方的效率。
因此易施勞眼珠一轉：「不，不，耶穌會的使者還要去澳門，這樣會耽擱我的行程，請陛下立刻安排我起程吧，畢竟早一天為您招募好學者，我也好早一天放心。」
「卿真是勤於政事啊。」成功讓貓吃了辣椒的鄭克臧會意的笑了起來。「那就如卿所願，明日就成快船南下吧……」