鄭克臧不借著一期北伐勝利的東風奪取明室的江山，並不是他指望著大明的招牌還能為他繼續招攬各地的豪傑，也並不是因為他相信了天道輪迴和因果報應，更不是他擔心身前身後的罵名，想學習魏晉的前輩們把篡奪的重任交給後人。
之所以如此，其實道理很簡單，從並無根基的明室手中奪取皇位非常容易，但要守住這如畫江山卻不是一件簡單易行的事情，更何況，北面那位強敵還虎視眈眈著，這個時候匆匆帶上這頂至尊的帽子並不是一件聰明人做的事情。
不過，鼎革的風聲已經傳出去了，影響也無法挽回了，在此情況下，鄭克臧也只能抓緊時間借著大明的軀殼為自己再謀求一些可得利益，其中，利用篡奪在即的風聲把心懷不滿之輩引誘出來現身便是附帶的收益。
當然，清除前朝余逆固然重要，更重要的是利用緩衝期建立新朝的政治架構並試行某些政治主張也是鄭克臧設計的非常重要的一環。為此，鄭克臧甚至顧不得新年在即，於武定三年十二月初下令改組招討大將軍幕府。
事實上，由於鄭克臧身兼大都督府大都督並在大都督府的框架內容納原有的東寧各司，因此所謂的招討大將軍幕府完全是個空殼，不過今日不同往昔了，現而今出現在眾人面前的幕府顯然是為了國家中樞機構的雛形。
這個略具雛形的中樞機構基本沿襲了東寧各司的格局但也略作調整，其中設立了負責掌管道路和官方設施建設的郵傳部，專門負責河道、橋樑及堤壩整修的水利部，負責陸師編製、教學、條令、銓敘、晉陞、貶謫、校閱、預算、兵器製造的陸軍部和負責水軍同等事務的水軍部，負責全國預算、決算和經費調撥的度支部，負責礦山開採、商品生產、銷售的鹽鐵部，負責教育的學部，負責官員任命、銓敘、分發、考核的審官院，負責祠祭、典禮和儀制的禮儀院，負責審理案件的大審院，負責監察的監察院，負責警察事務的警政衙門和負責監獄的獄政衙門，負責稅收的、由度支部、鹽鐵部共同派員掌握的稅務衙門，負責外蕃和外國往來事務的總理蕃洋列國事務衙門，由稅務衙門、警政衙門、總理蕃洋列國事務衙門派員共同負責的海關衙門，負責國庫的國庫衙門，負責鑄印貨幣的貨泉衙門，有陸軍部、水軍部、鹽鐵部、度支部共同派員管理的馬政衙門，負責醫政和官方醫療的太醫院，負責內外章奏和臣民密封申訴之件的通政院。
至於隋唐以降歷朝歷代都設置的翰林院以及鄭克臧試圖仿效法國科學院設立的格致院，這一次都沒有被納入幕府當中，同樣情況的還有詹事府、欽天監。
以上各部設從二品的尚書和從三品的侍郎各一員，部下設司，司設從四品郎中一員和從五品的員外郎各一員，司下設科，每科有從六品的主事一員，從七品的從事兩員，正八品至從九品的書辦若干員。除了上述人員以外，部司還有正四品、正五品的巡官各一員，正六品和正七品的巡官若干員。其中尚書、侍郎、郎中、員外郎、主事均留京辦公，巡官除承擔分擔部務以外還要出差地方。另外，部有負責部務的正六品左右丞各一員，司有負責協調職責的正七品司務一員，其下也有書辦若干。
各衙門設正三品的會辦大臣一員，正四品的協辦大臣一員，其下設相當於部屬司的局，局設郎中、員外郎，局下設科，科設主事、從事、書辦，至於巡官、左右丞、局務也一併設置，只是各級官員的品階均比各部要低了一等。
審官院、大審院、監察院各設正二品的正卿和正三品的少卿一員，通政院和太醫院同樣設置正卿和少卿，只不過通政院的正卿、少卿只有正三品和正四品，而太醫院的正卿、少卿更是只有從三品和從四品。
相當於原來吏部的審官院，下設文選、差遣、考功、存檔等四個廳，分設正四品提舉一人，正五品管勾一人。廳下設處，每個處有正六品都事一人，正七品知事兩人，從七品以下書辦若干。院內同樣設置巡官若干，以幫助從事紛繁的政務。
類似大理寺的大審院則在少卿以下設正四品院監一人，從四品院丞兩人，主持院務，此外還有十二名正四品的評事，四名正五品的典律，正七品以下的書辦若干。一旦出現需要大審院出面的重大案情，由正卿挑選若干評事和至少一名典律組成合議庭，進行審理。
等同於都察院的監察院在少卿以下設立負責監察中央及地方的正五品官階的監察御使二十二人。因為監察御史的人數較多，所以鄭克臧特意砍掉了並稱「科道」的六科給事中，這樣一來監察的責任全部壓在了御史的頭上，為了讓監察院能承擔起這副重任，在每名監察御史之下又有四到五員正六品的監察侍御史和相同數目的正七品的監察侍御史里行作為助手。此外，院內同樣設負責院務的正四品院監和從四品院丞，管理文書檔案的正七品典簿以及正七品至從九品之間的書辦若干。
太醫院則設立正五品的醫宗、從五品的大醫師、正六品的一等醫師、從六品的二等醫師、正七品的一等醫士、從七品的二等醫士、正八品的三等醫士、從八品的一等醫生、正九品的二等醫生、從九品的三等醫生等十個等級的醫官，並在民間採用天地良平四個等級區分醫生的行醫資格，至於院務，同樣由院監和院丞等來負責。
在部，院，衙門之上，鄭克臧還重新設置了政事堂，政事堂由首相、財相、兵相、律相和內相組成。財相在度支部、鹽鐵部以及國庫、海關、稅務諸衙門的尚書、會辦大臣中產生；兵相由陸軍部和水軍部的尚書輪流擔任；律相又叫法相，在大審院、監察院和警政、獄政兩衙門的主官中挑選；內相則在內大臣中挑選；首相又分平章軍國事和參知政事，前者為正，後者為副，各一員，一般參知政事由郵傳部、水利部、學部、禮儀院等不出「相」的部院衙門主官出任，至於首相則在年老重臣中選擇。平時各相獨當一面，最多與首相商議政務，原來明清內閣的票擬權由各相分刮，以避免一人如張居正般獨攬大權。但若遇到重大事件及國策擬定或需要多個部之間溝通處理的事情，則由首相召集在御前先召開政事堂會議解決。
除了這些行政方面的部門以外，鄭克臧還將參謀廳改組為樞密院。樞密院設樞密使一人，副使二人，同知一到三人，僉事四人，同僉事三到五人，一等到四等贊畫若干人。與宋代的樞密院由文官出掌不同，鄭記樞密院是由武官掌握的，但其平時只有向最高統治者建議的權力，並無養軍之財和調兵之權，完全聽命於最高統治者本人並受制於文官掌握的陸軍和水軍兩部，只有戰時才經由最高統治者授權獲得指揮部隊的權力。
按照鄭克臧的設計，今後在各省同樣要設立起分院、分衙門、分部，各府、各縣也要設置職能相同的地方機構，當然，名稱不一定非要這麼定，但劃細條塊，釐清部門間責任是肯定的。不過，由於眼下缺乏足夠數目的合格官員，所以只能先中央後地方的搭起架子，離真正施行還有一段路要走。話說到這，有些東西又不能不說了，要是真的讓鄭克臧完成了政改，那離他建國立號也就指日可待了。
招討大將軍幕府重新組建完成之後，大都督府內的機構隨即撤銷，大都督府也就於朱明王朝的其他幾個一樣淪為了職官，而幕府職才真正是差遣。但鄭克臧還不滿足，因為這一套東西尚不能在地方上施行，於是他又在臨近歲尾封印的前兩天發布一道命令「附郭離城」作為他地方行政改革的開端。
所謂「附郭離城」也就是把所有在同一城區範圍內的府縣分開，由府來掌握城市的管理權，至於附郭的各縣則移除城外另外選擇縣治。這樣一來，雖然要花廢相當數目的錢財來建設新的縣城，但卻可以成立新的商業中心，同時釐清管理範圍———府縣同城的時候，府常常侵佔縣對城市的管理權，而這一現象在兩縣同城的情況下更為明顯———更為日後全國範圍內的審判權改革做了鋪墊。
也許是覺得單單一個「附郭離城」還不夠，鄭克臧又在後一天下達了「域名劃一」的命令。要知道，在當時，縣州府的名字是絕對不會搞錯的，但是在縣以下，各個地方的稱謂不同，有稱「都」、「圖」，又稱「鄉」、「村」，也有稱「堡」、「里」的，還有像東寧一樣用保甲的，名目紛繁，不是熟稔的根本搞不清楚上下級關係。為了解決這個問題，鄭克臧正式下令劃一，縣轄鄉，鄉轄保，保下牌甲，以此來增強縣對鄉村的控制。
幾道命令下完了，沒幾天也就過年了，不過武定四年的正旦大朝卻沒有覺行，一方面武定帝已經病入膏肓了，另一方面鄭克臧也不願意再向朱明天子行禮叩拜，於是本該隆重舉行的大朝儀不了了之，倒是夏王府里重演了當年安平城內的朝拜儀式……