沙納海雖然率大部逃遁，但匆忙之間為了儘可能的運走部隊，糧秣兵械火炮之類大多遺棄在江南。因此其部退過長江之後，生怕鄭軍乘勝追擊，於是便棄了黃州、漢口、孝感等地，匆匆退往安陸、德安整備兵馬。
清軍即退，黃州府上下便果斷的棄暗投明，派人過江向鄭軍請降。不過，興沖沖而來的使者們卻找不到一個可以做主的人———吳淑病入膏肓，已經沒有幾日可活了；武昌守將崔平雖然死保武昌有功，但也與劉寧安謀逆有涉，正夾緊尾巴做人，自然不能大包大攬；至於王新化既非嫡系又是客軍，甚至連武昌城都進不來，自然也不能做主———於是不得不困頓在武昌城內如沒頭蒼蠅一樣亂撞。
好在，這群聯絡的使者沒有等待多久，能做主的人便自安慶而來。
九月十七日，沙納海退出鄂東後的第三天，內閣元輔、文華殿大學士、太子少師、新昌伯洪磊以督師的身份進入武昌（鄂州），隨即接過了吳淑手中的兵權。
得聞，洪磊到達，崔平在猶豫了兩天之後，輕騎簡從趕到武昌縣向洪磊負荊請罪。洪磊親自迎出轅門，就此上演了一幕為國惜才、用人不疑的活話劇。隨後，感激涕零的崔平親自引導鄭軍主力進入武昌府城。
進入武昌之後，洪磊第一時間接見了王新化，由於其部在之前遭到沙納海的沉重打擊，所以此時的王新化在洪磊面前恭敬有加，並主動提議將岳陽一線的防務移交給鄭軍。對此，洪磊笑而接納，對此王新化卻啞巴吃黃連般有苦難言。
對於王新化的小心思，洪磊心知肚明，於是在接見了黃州府一眾乞求歸附的使者後，使用督師的權力，擢升王新化署理湖廣總兵一職，並令其率兩師之眾北進，前進至黃陂、孝感一線，謹防沙納海捲土重來。
王新化此時尚有三師部眾，只讓他領一萬人北上，明顯是為了削弱他的實力，但王新化也明白，這是鄭克臧對自己佔據岳陽後再無寸功的懲罰，因此不敢抗拒，乖乖的領兵北上了。而王部剩下的五千人，則與崔平部殘兵二千合編為兩個新師，由崔平帶領北進。被任命為署理湖廣副總兵的崔平，也不負洪磊所望，在水師長江艦隊的支援下，先兵不血刃的收復了漢陽府，隨後一路收復漢川、沔陽（洪湖和仙桃）。
不過仗打到這個程度，清廷方面固然因為損兵失地、糧秣不濟而無力再戰，但鄭方也面臨著武昌府城內外殘破、十餘萬罹難百姓嗷嗷待哺的境地而束手束腳。於是，雙方各自舔舐傷口，當年的湖廣戰事就此落幕。
正當洪磊以工代賑安撫武昌百姓的時候，油盡燈枯的吳淑終於撒手歸西。消息傳到正在領兵攻打安慶的鄭克臧的耳里，鄭克臧不由大慟，親自主持遙祭，並賜這位反正後忠心耿耿效力鄭藩矢志抗清的老將「武靖」的第一等謚號，命其子吳鏗襲懷遠侯爵位，收為侍衛，以此為全軍及新附眾將的表率。
祭奠完吳淑，重新收拾心情的鄭克臧改武昌縣為鄂縣，又命洪磊移附郭的江夏縣、漢陽縣於兩府城南，其中在金口築江夏縣城、在漢南筑漢陽縣城，兩城夾江對峙，互為犄角。旋即，鄭克臧又改漢陽縣為華容縣，並盡調長江艦隊進駐鄂縣、華容縣、嘉魚縣、岳陽府，由是，鄂東的局面暫時得到了穩固。
九月二十二日，廣西戰報傳來，何乾所部並龍驤軍第一師先克柳州、後取南寧，廣西各地相繼降服，鄭軍前鋒已經攻入貴州。鄭克臧得聞捷報，當即改易廣東總督陳夢煒為廣東巡撫、江西巡撫顧同山為江西布政使並命湖南總督呂雪芳轉任廣西、吳淑之弟吳潛由都察院左都御史轉任湖南總督……
西南戰場多有捷報，可最關鍵的安慶戰事卻沒有半分進展。安慶城北依龍山，東湖西河南臨大江，整體地勢與揚州一樣較低，鄭軍無法採用掘進戰術逼進城牆，因此不得不先用新附軍填埋護城河道，然而抵近強攻的辦法。可安慶城內的清軍兵力豐厚，巡撫兼提督的王維珍也幾度對安慶城牆進行加固整修，因此鄭軍雖然炮火密集，將士用命，驅趕新附軍也不遺餘力，但卻遲遲不能拿下堅城。
面對潑天一樣消耗的糧秣物資、鄭克臧甚為焦慮，鄭軍上下也因為攻城中的慘重傷亡而日漸士氣低落。不得已鄭克臧只能改強攻為圍困，同時為了轟開安慶城牆，鄭克臧還不顧擱淺的可能下令調來東洋艦隊的大型戰艦。
當七千料的「銅山島號」和七千五百料的「南澳島號」巨大的身形出現在安慶江面的時候，站在安慶城頭的一眾清軍將校動搖了。儘管大型戰艦無法駛入皖口，但是鄭克臧必定攻克安慶的信念已經傳遞到了他們的腦海中，所有人都在暗自問自己，在外援斷絕，苦撐危局的情況下，區區孤城能堅持多久，自己有沒有必要為清廷一條道走到黑。
看到人心浮動，漢軍鑲藍旗出身的王維珍焦慮成疾，終於在鄭軍日夜不停的炮擊聲中一病不起。因為明鄭方面的清算漢奸的方針而對清廷忠心耿耿的王維珍既然無法視事，疑神疑鬼的藩台阿敏便想主持大局。但阿敏雖然是滿洲正宗，可問題是城內地位比他高的人多了去了，光光擁有總兵頭銜就有七八個之多，至於位列一品的隨征都督也有兩三人。
因此，阿敏自說自話署理巡撫兼提督的作法引起了極大的不滿。可阿敏絲毫不加收斂，反而以意在通敵為名，扣押了兩名反對他的總兵，這下就引起了眾怒。原本沒有心思跟鄭軍暗通曲款的綠旗兵高層，現在也為了自保而不得不遣使聯絡。
就這樣，根據向鄭方輸誠的結果，武定三年十月十三日深夜，四名清軍總兵、副將各率標兵、營兵聯手叛亂，與依舊忠於清廷的部隊在城內發生火併。在混亂中，也不知道誰打開了安慶各門，引鄭軍進城。鄭軍因為深夜不辨敵我，又深恐是清軍誘敵深入之計，因此只是控制樅陽、鎮海、康濟、正觀、集賢等五處城門及相連城牆後並未深入城區。
不過這樣已經夠了，等到天明之後，發現鄭軍已經控制各門的清軍知道大勢已去，紛紛棄兵乞降，城內滿員則紛紛自盡，還卧倒在病榻上的王維珍被親信家人獻於鄭克臧駕前。這位病得奄奄一息的巡撫兼提督大人，涕淚直流的向鄭克臧請求饒命。鑒於其是第一個乞降的清廷封疆，鄭克臧出於宣傳目的予以特赦，隨後將其送往應天醫治。就此安慶之戰以及鄭方整個一期北伐宣告落幕。
鄭克臧留下兩師兵馬歸屬淮南總兵席大平指揮、鎮守安慶、宿松等地，又將俘獲及投誠的清軍編為工程部隊以一師監管，驅使其在六合、滁州、江浦之間另建一座新城，以備為未來的國都、北伐的基地。
可惜鄭克臧的這一設想隨著第二年的黃淮大水災化為泡影，最終他權衡再三並沒有停下建設工程，只是縮減工程量，並將新城作為江北淮南行省首府，以滁州舊稱新昌命名，併入滁州、和州舊地與原隸屬應天府、泗州直隸州的江浦、六合、天長、盱眙四縣。
當然，等到新昌府正式建立也已經是武定四年年末的時候了。
做完這些，鄭克臧又派遣兩師兵力替換湖廣前線的龍驤軍第三、第四師歸還原防，剩餘的十二個分別開往池州、太平休整，然後鄭克臧親自帶著俘獲的一眾清軍文武迴轉南京，獻捷午門。迫不得已接受皇太侄之位的舒城王朱慈炴顫顫巍巍的在午門接受鄭克臧的獻俘，然後代替纏綿病榻的武定帝授予鄭克臧太師、太傅的加銜，並因鄭克臧之功追封朱成功、朱錦為越王，鄭克臧生母陳昭娘為一品夫人、越王妃。
武定三年十月二十日，鄭藩門下的文武百官上勸進表恭請鄭克臧取代明室登基為皇，鄭克臧以祖孫三代忠於明室為由不許。時隔兩天，南京及江南百姓再度上表懇請鄭克臧登臨至尊之位，鄭克臧又以尚未驅逐韃虜為由再度拒絕。
鄭藩諸臣便醞釀著第三次勸進，對此，鄭克臧親自召集百官，說明情況和想法，安撫群臣毋庸著急，並允諾內外稍安、體制健全之後自會代明而立，如此才使得意欲充當開國功臣的鄭藩上下暫時按捺住沸騰的心思。
不過，代明的聲勢已經造出去了，整個中國乃至外藩都已經知道了明祚不永，在這種情況下，廢太子朱慈烯因為酒色過度及傷寒入體未能有效醫治而暴斃的消息傳出，所有人都當作理所當然的事情……