清康熙三十四年、明武定三年七八月間的兩道內容相近的詔書一經傳出，頓時讓交戰的南北雙方都大吃一驚。沒有人會想到在戰事危急、勝負未分的時刻，各有一位皇太子會罔顧時局，冒然在根本之地發動螞蟻撼樹般的武裝叛亂。
雖說南方那位太子奉著清除權奸歸政皇室的最高名義，比之不忠不孝的北方那位太子或多了幾分理由，但「有識之士」無一不將兩人視為不知進退不識如何趨利避害的魯莽滅裂之輩。因此斷言道即便其等僥倖上位，也未必能對大局有所補益。
當然北方的消息傳到南方後，鄭藩上下痛心疾首，自認為南京之變及劉寧安部主力的東撤讓北伐大軍失去了一舉奠定勝局的機會，因此對明室更是冷眼相待、破口大罵；而北京的康熙得到南方的消息後也一度也捶胸頓足，認為常寧的擅自撤退丟了扭轉戰局的良機，因此下令奪了他的主帥之位，以庄親王博果鐸取而代之。
好在雙方的主帥畢竟都是一時的英主，知道錯過了便錯過了、世上沒有後悔葯可吃的道理，更何況他們清醒的認識到最終導致雙方偃旗息鼓的是天意而非人力，因此短時間就調整了心態，把目光移向接下來的大戰。
接下來可能的大戰會出現在哪？只要稍微知道歷史，就能一眼發現目標。是的，守江必守淮，但無荊襄便無淮，這個道理不但康熙明白，鄭克臧也是懂得。既然如此，那麼眼下尚在進行的武昌圍困戰就勢必牽動雙方的注意力。
於是康熙和鄭克臧都開始想盡辦法向湖廣堆積兵力。不過，橫亘在鄭軍面前的尚有扼住長江咽喉的安慶，若不能拔出這個眼中釘肉中刺，不但不能大規模的用兵湖廣，還要擔心新近得手的淮南江北之地的安全。對於清軍而言，若是佔據甘肅的策妄阿拉布坦得隴望蜀或是不願意撤軍，那被牽制在陝西的川陝晉豫等省綠旗兵也輕易不能南調。
怎麼辦？雙方唯有爭奪時間，看是鄭軍先打下了安慶，還是清廷這邊先安撫了西准大軍。當然，武昌城下的戰鬥也很重要，可以說將決定整個戰役的先後手。
八月二十五日，首批增援的鄭軍抵達瑞昌。第二天，來不及休整的鄭軍水陸齊進，一舉擊破當面清軍的阻截，順順噹噹的解救了被圍近月的興國州（陽新）。
八月二十七日清晨，鄭軍水師長江艦隊一部自陽新出擊，中午時分在東坡赤壁附近的武昌縣（鄂州）江面處成功截獲清軍運糧船隊一支，俘獲大小糧船二十三條並俘獲隨船渡江的清軍援兵八百人，依次為發端，清軍在武昌（縣）至嘉魚間的水上交通再度中斷，清軍被迫改以夜間偷渡以維持江南部隊的補給，效率自然大不如前。
八月二十八日，西進洞庭增援王新化部的長江艦隊一部駛向荊州，沿途一路釋放銃炮，驅散民船。警訊傳來荊州震動，清軍不敢在江上迎擊鄭軍，便準備採用鐵鎖橫江的辦法阻擊鄭軍前進。但橫江的鐵索卻成了鄭軍回爐煉鐵的原料，荊江兩岸的聯繫依舊被阻斷。只是鄭軍水師的艦船數目有限，身在敵控區又不能過於分散行動，因此清軍還是能通過荊州上游與江南繼續聯繫。
八月二十九日，率部與洪磊會師的鄭克臧在安慶城下檢校三軍，衝天的歡呼聲連城內都得以耳聞。正當安徽巡撫兼安徽提督王維珍百般安撫下屬、堅定守城意志之時，鄭克臧下令湖廣總兵洪拱柱與江西總兵吳淑對調職務。同時鄭克臧急令身在南昌的吳淑趕赴興國州主持大局，並且再抽調龍驤軍兩師增援武昌。
同日，鄭克臧又任命席大平為淮南總兵，主持沿淮防線設置。鑒於此時安慶城下尚有包括新建三師在內的十九個師及編余的新附軍六千餘人，鄭克臧便又撥出其中三個北調廬鳳，同時又命勇衛軍第一師統制楊伯康率所部及新附軍兩千進兵六安直隸州，以預防清軍從大別山北麓及潁州府南潛入戰區。
九月一日，圍攻武昌的清軍攻破城北草埠門（又名為武勝門，在積玉橋處），情急之下，守將崔過拆東牆補西牆，從文昌門、漢陽門、平湖門一線抽調兵力緊急救援。雖然花了九牛二虎之力打退了清軍的進犯，但西城三門同時又派人告緊。
眼見得武昌府城破在即，江上突然傳來隆隆的炮聲。原來橫行的長江艦隊見勢不妙，果斷逼近江南，對進攻三座城門的清軍後方陣地實施猛烈炮擊。指揮攻城的清軍主帥沙納海因為擔心鄭軍水兵在關鍵時候上陸對清軍施以背後一擊，所以只好下令已經登上武昌城頭的清軍撤兵。由是，當日的武昌府城才得以僥倖保全。
不過，城內的疲態盡顯，若是援軍再不至的話，恐怕城破就也在眼前。
為此，抱病趕往興國州指揮戰事的吳淑聞訊不敢怠慢，立刻驅動三萬大軍直薄武昌縣。圍攻武昌的清軍迫於外線壓力，不得不放鬆了對武昌府城的進攻，轉而實施圍困，主力東移，試圖先行擊潰前來解圍的鄭軍。
此時，南線的王新化部也在鄭克臧的反覆嚴令下以一部北進，剛剛附敵的通城、崇陽、蒲圻等縣隨即再度轉換門庭宣布效忠大明，活生生的上演了一幕城頭變幻大王旗的奇景。
但是王新化的步子還是太慢，通城三縣易幟後，在嘉魚、咸寧、通山等地投清的劉部多有歸附之意，可王新化卻擔心冒進之後遭到清軍主力的打擊，因此遲遲不能應諾。既然南線的威脅不大，自然清軍得以從容調度，把全部精力用來應對西來的鄭軍。
可沿江進至武昌縣境內的鄭軍卻遭到了一場突如其來的危機：主帥吳淑本來就是抱病而來，此時往來奔波，再加上勞心勞力，一時間便病情加劇卧床不起了。
在此情況下，幾位平級的都統制或言退兵或言堅守或主張繼續進兵，彼此無法相互說服，不得不一方面派船趕赴安慶彙報請示，另一方面在艦隊的掩護下沿江就地築營堅守。
清軍方面並不知道鄭軍出現的變故，但鄭軍行動的詭秘卻讓沙納海窺出幾分機會。
由是，一夜軍議之後，清軍決定立刻進攻，搶在鄭軍建成營砦之前將其擊潰。然而，沙納海萬萬沒有想到，鄭軍利用水泥在短時間內就築起了若干工事，雖然因為尚未徹底干透而不甚堅固，但其所設想的趁虛而入的計畫卻就此破產了。
鄭軍各師依託現有工事，遠則炮擊，近則施以步銃，再加上江面上的紅單船屢屢發炮助戰，清軍雖然幾度猛攻、傷亡不小，但卻收穫不大，連一座鄭軍的堡砦都未攻克。
受到挫折的沙納海並不甘心就此罷手，他轉而想切斷鄭軍的糧道，但是鄭軍有水師助戰，滾滾長江是清軍無法阻斷的天然通道，因此沙納海的圖謀再度破產。不得已，清軍只能依城立砦，與鄭軍形成對峙。就這樣，王新化的北進部隊就成了戰役的關鍵。
然而，王部卻沒有這個覺悟，在遲疑了數天之後，王新化部最終緩慢北進。可機會已經錯過，原本答應投入王部門下的劉軍部將李高再度為清軍開出的價碼所誘惑，對王部閉門不納，王部困頓於咸寧城下，只得做攻城準備。
沙納海抓住這一機會，派出一千多人的馬隊輕騎百裡間襲。正在攻打咸寧的王部根本沒有想到清軍會如此迅捷的出現在自己面前，於是在猝不及防的情況下，萬餘兵將當場潰散，清軍順勢掩殺，王部不但屍橫數十里，慘狀無以描述，而且丟了剛剛到手的崇陽、通城，丟盔卸甲的遁回岳陽。
但沙納海的這番勝利於大局無補，就在他獲得咸寧大捷的前一天，剛剛轉任江西總兵的洪拱柱率三個半師的鄭軍在分宜、宜春、蘆溪三戰中連續擊敗入寇的湖南清軍之後，並順勢反攻入湖南境內。
早就摩拳擦掌的湖南總兵毛洪言也趁機調兵北上，兩部形成聯兵的事態，從東南兩面逼近了長沙。
而尚留在洞庭湖中的長江艦隊一部十餘條紅單船突破清軍水師阻撓也殺入了湘江。
湖南巡撫兼湖南提督桑額見鄭軍勢大、力不能敵，便一早捨棄了長沙城，率領萬餘殘軍倉惶逃回寶慶。
清廷剛剛任命的鎮南將軍四格此時也無計可施，只好率另六千多人遁回常德。
如此一來，岳陽南面的威脅算是徹底得以解除，王新化部的主力便可無法推託的專心應對北線戰事。正是因為明白當前的局面，同時也是為了洗刷之前作戰不力的形象，王新化便在長沙易手後的第三天，親自督率整頓過的三師之眾迤邐北上。
由此，湖廣清軍將直面南北夾擊的不利局面。
沙納海也是沙場老將，他明白要解決當前的危機唯一手段便是不顧武昌縣境內的鄭軍主力，集合包圍武昌府城的清軍一路南下，先擊潰了王新化部，再相機奪取岳陽。不過真要這麼做的話，他必須不顧兩個方面可能的動作。不僅如此，由於鄭軍水師縱橫江上，他還要考慮糧秣能否支撐到攻克岳陽。
於是思前想後輾轉反側的沙納海決議主動撤軍，不過撤軍還要問鄭軍長江艦隊答不答應。所以沙納海每日晝間虛張聲勢，然後多路齊發、連夜搶渡，在南北兩路鄭軍反應過來之前，將大部分的力量撤過了長江。最後還是夜航的長江艦隊