與雅布等人所想的不一樣，鄭克臧攝取京口只是為了剪除清軍在長江中最後一支完整的水上力量，至於京口、鎮江的防務，事實上並沒有投入太多的兵力，只是駐紮了區區三個海龍驤師團而已，其餘大軍全部直下江寧在龍潭、棲霞、烏龍山一線相繼上岸，隨即從東、北兩面進抵石頭城下，將兩江總督傅拉塔、京口將軍金世榮以下團團圍住。
鑒於鄭成功當年的失敗，鄭軍一開抵江寧便立刻布置炮兵陣地，以大小火炮對城牆實施猛烈炮擊。不過朱元璋用了二十一年的時間才修成的南京城牆歷時兩百餘年依舊堅固異常，不要說鄭軍的團屬輕炮無法撼動，就是師屬三寸半（12磅）炮轟擊上去也不過只是不輕不重的擾痒痒而已，只有重型的四寸攻城炮對於城牆還略有威脅，但一則數量太少，二來炮身太重即便以最優先順序遞送，真正運到第一線的也不過寥寥幾門。
當然鄭軍的炮擊還是牽制了清軍的注意力，相當數量的清軍被吸引到儀鳳門（興中門）、鍾阜門、金川門、神策門（和平門）一線，以至於收攏了部分京口八旗潰兵後依舊捉襟見肘的傅拉塔只能下令堵塞其餘各處城門。
見到炮擊一時不能奏效，不願也不能頓兵于堅城之下的鄭克臧當即下令在西、北兩面城牆下大張旗鼓的挖掘坑道。雖然只能鄭軍可能玩弄虛虛實實的伎倆，但是清軍不得不廣泛設置聽音瓮缸以備鄭軍可能的行動。
「主上，幕府山上的中軍營帳已經布好了。」侍立在鄭克臧身後的侍衛長陳彤向鄭克臧報告道。「幾位都統制大人也已經接到命令，午時後前往大營軍議。」陳彤看了看還在用千里鏡仔細打量南京城防的鄭克臧。「主上，該下船了。」
「形勢無常，軍情時刻有變，也的確不該讓軍前無將。」鄭克臧的話有些調侃的味道，事實上根據鄭軍的體制，都統制不在還有總參謀和副都統制，並不會出現主將不在部隊就無法及時應變的問題。「再說京口那面的情景是瞞不過雅布多久的，還是早一點拿下南京孤才心安呢。」說著鄭克臧收起收起手中的望遠鏡。「換船、上陸……」
「南京的城防固然很堅固，但是清虜守兵太少，斷無面面俱到的可能，如今本藩陸師除在福建、廣東的八個師和留守東寧的左武衛師以外，其餘八個師全部已經聚集在南京城下了，可謂孤注一擲了。」鄭克臧掃了掃面前俯首帖耳的一眾武臣們。「本藩的前途、大明的國運，漢人的未來在此一舉，望諸卿奮力一戰。」
「臣等定然不負主上厚望，」以吳淑、林升為首的軍頭們齊聲應和道。「拿下南京城，為先王雪恥，為本藩爭前途、為大明續國運、為天下漢人不做夷狄奴才！」
鄭克臧滿意的點點頭：「南京乃為大明國都，若能規復想必聖上也不吝公侯之賞。」
聽到鄭克臧的許諾，兩眼放光的群臣又是一陣誓言，對此鄭克臧擺手道：「孤本來也不願意用藩中健兒的血肉來克複名城，但南京城防堅固本藩炮火無效，至於挖掘坑道也頗多阻礙，所以……」
說到這，鄭克臧加重了語氣：「孤只要南京城，不要傷亡數字。」
群臣們身子一震，鄭克臧注意到了這一點，語氣一緩：「這幾日，本藩的試探也有一定的結果，金陵城中的清軍兵力不多卻是事實，其主力又為本藩牽制在城北一線，因此，還望諸卿通報全軍，以激勵各部奮勇殺敵……」
長夜已經過去，天色一點一點的明亮起來，在寅時初便吃過早飯的鄭軍次第集結起來，四月本來是江南地區淫雨霏霏的日子，但似乎知道今天將有一場血戰般，日頭早早的升了起來，將吸飽了水分的土地逐漸烤乾。
守城的清軍一大早就發現了面前這些橫戈待枕的鄭軍士兵，從兵勇到將弁都緊張了起來。此時再度隆隆作響的炮聲更加劇了他們的擔心和恐懼，以至於就連傅拉塔和金世榮這樣的一品大員都匆匆趕到了城頭督戰。
但戰事並沒有從神策門、金川門一線的北城開始，相反，左右射聲師首先對朝陽門（中山門）、正陽門（光華門）實施強攻。當無數的鄭軍將手中捆紮好的浮具丟入寬闊的南京護城河後，東城的清軍便只能拆東牆補西牆從太平門、通濟門等處抽調援兵。
可是隨後鄭軍左、右虎賁師在聚寶門（中華門）、三山門（水西門），左、右神武師在石城門（漢西門）、清涼門（又稱清江門）、懷遠門（定淮門）等處發動的攻擊卻讓清軍疲於應對。傅拉塔和金世榮心知道中了鄭軍牽制之計，但是面對依舊杵在神策門、金川門、鍾阜門外的左龍驤師、右虎衛師兩部，他們又無法輕易調動兵力出援。
經過短暫的商議，金世榮趕到儀鳳門抽調守兵五百，並親自率部增援懷遠門。不過清軍好不容易抽調出的兵力在鄭軍不計傷亡的攻擊面前只是杯水車薪。巳時初，左虎賁師選鋒哨第一隊率先登上聚寶門邊上的城牆，隨後在清涼門、光華門都有鄭軍突破城防。
聽說正陽門被鄭軍攻克，滿城受到威脅，傅拉塔也顧不得守備北面四門了，隨即匆匆率兵退往太平門，試圖經由後宰門退往滿城堅守。儘管傅拉塔試圖悄然無聲的撤退，已經成了驚弓之鳥的清軍卻做不到這一點，以至於撤退剛剛開始，已經得到汛報的尹民通和陳保全兩人便判斷出清軍的動向，立刻指揮右虎衛和左龍驤兩師發動強攻。
看到右虎衛兩師開始攻城，各門守將慌了心神，他們有人率部加速撤退，有人指揮手下折返回來守城，更有的脫下衣甲連帶一鬨而散的部屬逃入城內的民居中隱遁，以至於傅拉塔最後只帶著不足一千五百人的部隊匆匆自後宰門和西華門逃回滿城。
但是即便傅拉塔逃回滿城，南京易手的大局已經無法改變了，突入城內的鄭軍打開被封閉的城門，更多的鄭軍順著洞開的城門湧入了這座古都，很快鄭軍便徹底控制了滿城以外的整個南京城，包括曾經充當過康熙行宮的兩江總督行轅、藩司、糧道、江寧織造、江寧府、江寧縣、上元縣等官衙相繼落到鄭軍的手中。
與此同時，左射聲師在付出了近千人的傷亡之後，也在朝陽門附近的城牆上站穩了腳跟，甚至把數門兩寸半（4磅）野戰炮吊上了城頭對滿城內的目標直接射擊。雖說鄭軍的輕炮的威力其實很小，但是從城牆上射來的炮彈還是嚴重削弱了滿城內殘餘清軍的鬥志。
午末，通濟門和毗鄰的滿城小門落到了鄭軍手中，隨後鄭軍又攻克了西華門，至此只有後宰門還保留在清軍手中，但此刻的傅拉塔已經無力回天了。隨著都統衙門和將軍衙門的相繼陷落，殘餘清軍已經被壓縮到了後宰門和太平門之間，總兵力也只剩下了不足七百人。
一身一品大員服飾的傅拉塔此刻渾身沾滿了血污，當然這並不是他自己身上的，但是看著身邊護衛的戈什哈一個個倒下，手中握劍的傅拉塔也只能仰天長嘆一聲，隨即沖著南方康熙所在的方向叩了三叩後將寶劍在自己的脖子上一拉。
傅拉塔一死，身邊的清軍便更無鬥志，機靈的便從太平門上懸下逃入紫金山中，愚鈍的便伏地跪倒等待著命運的審判，還有人學著傅拉塔自殺以為大清朝廷效忠，很快最後的抵抗也瓦解了，南京就此徹底落到了鄭軍手中。
找到金世榮和傅拉塔屍首的消息傳達幕府山鄭軍大營，全營一片歡呼聲，在一陣萬歲的山呼中，鄭克臧冷靜的命令道：「把左右虎賁、左右神武、左右射聲等六師都撤出城來立刻重整，左龍驤師駐滿城、右虎衛師整頓江寧及上元兩縣治安，凡有亂軍一體鎮壓……」
傳令的侍衛退了出去，鄭克臧回到地圖面前端詳著，此時邊上的吳淑探問道：「南京既然攻克，接下來本軍是不是該解除了雅布所部的威脅？」
「雅布和繆齊納不過兩萬，雖言是禁旅八旗的精銳，但在江南水網之地能有多少力量還無從說明。」鄭克臧回頭看了看這位浙江總兵。「孤在想，在南下取江浙的同時是不是該怕一支部隊西進蕪湖、安慶。」鄭克臧說得也是當年張煌言的進軍方略，只不過當年鄭成功功敗垂成累得張煌言無功而返而已。「可是如今本藩兵力並不充分，即便調兵，也止多能抽調一師之眾，要接連收復蕪湖、安慶……」
吳淑知弦歌而明雅意，當即沖著鄭克臧微微躬身：「臣請自領一師西進，必為主上取得皖南和安慶，以為本藩底定江南之西面屏障。」
「好，甚好，」鄭克臧欣喜的點點頭。「有吳卿出馬，孤就放心了。」說著鄭克臧保證道。「孤會安排水師隨同開進，斷不會讓卿成了孤軍的……」