兼并了舟山隊之後，新成立的舟山分艦隊很快清除了房錫鵬舊部的影響，一眾部將紛紛調往金蘭、西渤泥及西歸浦、蝦夷地等南北海外都督府，只剩下極少數早就跟鄭軍眉來眼去的老人馬留了下來。除了清除不安定分子以外，新成立的大衢山都督府還著重加強了對島斗船場、萬良及石子門炮台的建設，等新基地的建設逐漸走上正規了，一度沉寂的舟山分艦隊也重新在東大洋及灰鱉洋、普陀洋上活躍了起來。
「蠢貨，現在才發現，已經晚了。」聽著清軍水寨里越來越密集的金鼓聲，站在【鷺江號】上的顏道及露出一臉的不屑，隨即用冷冰冰的語氣命令道。「升信號旗，命令【花嶼號】、【淡水河號】自由炮擊……」
永曆四十二年五月二十二日，經由冊子水洋、橫水洋而來的鄭軍炮船在繞過西蟹嶼、大盤嶼後出現在定海港外，又過了小半個時辰，清軍定海水寨徹底化作了一片火海。期間定海鎮僅存的幾隻戰船試圖衝出水寨靠近鄭軍炮船，結果在鄭軍並不算十分密集的炮火中相繼被擊毀擊退。見到唯一的反擊手段不能見效，殘餘的六百餘名清軍棄寨而逃，遁入明代遺留下來的昌國守御千戶所城（註：昌國縣城、定海縣城）死守待援。
「通知尹統制下船。」顏道及的目光追著丟盔卸甲的清軍身影，嘴裡同時命令著，他所說的尹統制便是擔任過童子營教習、童子軍第二鎮所屬崑崙第二標長槍營營官的尹隆，從某種意義上說這位尹統制還是顏道及的老師之一，不過顯然顏道及對其並沒有太多的敬意。「告訴他，清軍已經逃入昌國城，接下來就看他的了。」
右龍驤師第二團是舟山分艦隊組成之後加強到舟山一線的，其主要目的就是循著房錫鵬、周雲隆的思路用於浙蘇兩省沿海地區的襲擾作戰，不過新來乍到還沒有在其他地方開張就被顏道及全部拉到了舟山本島，顯然準備玩一票大的。
然而，作為標準配置的正規軍，尹隆部只有一個炮哨計三門三寸炮和六門二寸半炮而已，這樣的火力在千人級別的野外作戰時尚屬可觀，但要用來對付由密實夯土和條磚壘砌而成的千戶所城就有些困難了———須知道，明代構築的昌國城是在宋代昌國縣城的基礎上構築的，小則小矣，但卻易守難攻。
正是由於事先了解過昌國城的特點，有著心理準備的尹隆在雙足尚未真正踏足舟山島之前便命令道：「通知梁義建率領第五哨及炮軍哨控制舊三姑寨一帶，等待團指及中壘、輜重兩哨進駐。」
年輕的團參軍轉身而去，尹隆想了想接著又下達了一道命令：「著第一哨控制豐阜門（東門）、第二哨控制文明門（南門）第三哨控制太和門（西門）、第四哨控制永安門（北門），告訴各哨務必不要讓城內之敵流竄各鄉……」
事實上，由於鄭軍的推進速度並不是很快，其實確有部分機靈的清軍並沒跟著大隊逃入昌國城中，反而藉助鄭軍海兵兵力不足控制全島、水師力量不足以控制橫水洋、冊子水洋、崎頭洋、金塘水道、螺頭水道等廣闊海域的便利，或以小舟或僅靠竹排、木板逃往大陸，這些人顯然是幸運的，要知道遁入昌國城中的清軍很快就會因為事發突然未及儲備糧秣、海禁撤民城內空虛無助等原因陷入了內無糧草外有重兵的窘境。
說起來清軍缺糧不假，可需要通過東寧轉運糧秣的鄭軍同樣面臨著不能持久的困境，為此在登陸後的第二天，尹隆所部就發動了一次試探性的進攻。但是直射的二寸半炮雖然打穿了包鐵的城門，然而卻無法阻止清軍用磚石將其重新填補，至於在炮火掩護下的進攻又遭到清軍用鳥銃和弓箭的頑強抵抗，不得不在丟下幾具屍體後便半途而廢了。
「如今只能比比誰家身邊的糧食更多了。」聽到尹隆這邊的情況介紹，顏道及的臉色非常差，但他總算按捺住了心中的那點不快，跟尹隆商議著。「把中壘哨交給我，我帶他們到岸上去搶些糧食回來……」
聽話聽音，尹隆當然明白對方意猶未盡的潛台詞，於是他決定道：「我把第五哨也給你！」
於是載上兩哨海兵的顏道及部由象山港而黃墩港，在橋頭胡登陸寧海北，一路鳴銃防炮作出直撲寧海縣城的架勢，但卻在溯彥公河南下一段之後忽而轉向西北梅林，一舉攻佔這個幾乎不設防的小鎮，掠走糧店及大戶存糧近百石並人口男女近百人。等到寧海守軍匆匆問詢趕到，鄭軍已經帶著收穫回到了海上。
其實早在五月二十三日，清寧紹台道便向杭州總督衙門及紹興陸師提督衙門請援。但浙江水師在攻台覆滅後並未得以立刻恢複，此後該部殘餘又累次遭到鄭軍的打擊，僥倖保存下來的單位也多殘破不堪，因此根本沒有力量解救被圍的定海鎮。
五月二十六日，率領五千援軍抵達寧波的浙江陸師提督指揮部隊進入鎮海境內，然而望洋興嘆的清軍根本找不到船來載渡，被迫滯留在鎮海境內坐視定海鎮在煎熬中覆亡。
昌國城內的定海鎮殘部雖然也幾度試圖突出重圍，然而鄭軍雖攻城無力，但卻能用新式的火銃死死封鎖清軍的逃生之路。清軍左突由闖，卻屢戰屢敗，雖然因此節約了不少口糧，但到了五月二十九日，只剩下四百餘人的昌國城內清軍還是陷入了糧盡待哺的境地。
「幾位大人，下面的弟兄們已經開始吃陣亡袍澤的腐肉了，再不想個出路，就算鄭軍不攻城，咱們都要活活餓死在這裡。」走到眼下這一步，困守在昌國城中的清軍們對於大清朝廷的那點忠心已經蕩然無存了。「或是大人們開恩把藏起來的那點米也分給弟兄們，這或許還能再堅持兩天。」
「反了天了，你個陳禿子，你想幹什麼？」聽說要動自己的乳酪，右營參將當即就跳了起來。「想投海逆的話，老子現在就成全你，來人，摘了他的頂戴，拉出去斬首示眾。」參將嚎叫了半天，卻沒有如願的看到親兵們衝擊來，當即有些慌了神。「人呢？來人呢！」
「大人別叫了，都來不了。」匪號陳禿子的千總陳覓望著內荏外厲的參將大人冷冷一笑隨即把大門一推，只見屋外都是持刀拿槍的士兵，一個個用赤紅的眼睛看著屋內的眾人。「我們只想活命，還請大人做主啊。」
屋內的綠營將官們面面相覷，好一會守備江昌文站了起來，走到陳覓的身邊，扭頭對著還坐在那的同儕們說道：「我知道幾位顧及在紹杭的家人，我不一樣，我那口子背著我偷人，這樣的家不要也罷。」
「好死不如賴活著。」有人帶頭，接下來自然有人效仿，這不，這邊一位把總也跟著站了起來。「朝廷顧不上你我的死活了，我自己總歸要想辦法的，這個時候家人也就顧不上了。」
「千古艱難唯一死。」又是一名都司站了出來。「我也是不想死啊。」
看著一個個同儕慢慢走到了自己的對立面，定海鎮如今地位最高的副將如泄了氣的豬尿泡一樣倒坐在地上，好半天之後，他解下自己的佩刀丟在地上：「降就降了吧，就怕鄭軍這邊不肯罷手……」
「我出城去跟鄭軍交涉。」陳覓一口打斷了副將的話。「要是我未時之前回不來，大傢伙就衝出去拼上最後一把吧。」身邊的幾百名清軍默然無語的看著自告奮勇的陳覓，就聽陳覓用如炬的目光掃了掃面前這些貪生怕死的官長們。「不過之前，把剩下的米都交出來，讓大傢伙都能吃上最後一頓……」
六月初一，斷糧四天的舟山清軍被迫投降，隨即被驅使南下進攻昌石水師營。當這些連衣服都沒有換的新附軍出現在昌石清軍面前時，引發的震動可想而知。
六月初三，鄭軍又拔除了昌石水師營。受到這一連串失敗的影響，為了不造成更多的損失，浙省總督石琳命令原水師各鎮協棄海登陸，並再度重申嚴格執行封海遷界的指令。
可是浙江素有八山一水一分田之說，這極少數的平原又多在沿海地區，執行遷界令不但讓浙江損失了近三成以上的稅賦，更造成了人心動蕩、物價騰貴、被遷百姓與接收地百姓為了土地和水源發生械鬥衝突等各種各樣的矛盾，後世有人對此評價到「民疲也」。
在這種情況下，不少百姓甚至主動逃亡海島，以等待鄭軍的收容。而且更讓浙省方面吃不消的是，鄭軍得寸進尺，又連續驅使新附軍抄掠海鹽、乍浦、平湖、金山、川沙、慈城、上虞，打著鄭軍旗號的探馬更是多次越過雁盪山、天台上向浙省內陸滲透……