經過「達賴喇嘛」的使者的勸說，康熙二十七年五月中旬，噶爾丹果然率領三萬大軍大舉開入喀爾喀蒙古境內。土謝圖汗察琿多爾濟在六月初得到准格爾東侵的戰報，立刻通報額爾德尼召的哲布尊丹巴，哲布尊丹巴從色楞格河調來五千人由察琿多爾濟之子噶爾丹多爾濟率領與三音諾顏部部長丹津喇嘛之孫率領的五千援軍一起增援土謝圖汗。
可是這一萬多援軍尚未與察琿多爾濟會師便在特穆爾與准格爾主力遭遇，在一比三的絕對劣勢下，土謝圖軍大敗，噶爾丹多爾濟領著三百餘部逃亡翁吉河一帶躲避。得勝的噶爾丹則在審訊俘虜後派出大匠丹津鄂布木前往額爾德尼召抓拿哲布尊丹巴，他本人親率二萬三千多人的主力部隊進攻車臣汗本部。
哲布尊丹巴活佛得知准格爾軍隊襲來，慌亂之中率領土謝圖汗的妻子兒女及一眾喇嘛、奴僕連夜逃亡車臣汗部。丹津鄂布木在額爾德尼召沒有找到哲布尊丹巴，便下令焚燒廟宇和經卷作為報復。由於喀爾喀蒙古本部已經二百多年沒有發生大的戰亂，曾經武勇的蒙古騎兵如今怯弱的跟母雞一樣，得聞准格爾人大舉進攻車臣汗部後，喀爾喀舉部大嘩，各部紛紛拋棄氈帳、羊群、牛馬、駱駝向南方逃亡。
哲布尊丹巴試圖阻止逃難的蒙古人，將其重新組織起來增援察琿多爾濟，但總歸於無效，不得已，哲布尊丹巴也只好跟著難民穿過戈壁大漠，前往漠南蒙古避難。整個內外蒙古的邊界上到處是人心惶惶的喀爾喀難民，防守邊境各處卡倫（註：哨所）的清軍根本無法阻攔，外蒙百姓紛紛湧入錫林郭勒盟的蘇尼特、烏珠穆沁等旗境內。
八月三日，噶爾丹率領的准格爾軍主力在土拉河（註：今烏蘭巴托邊上的圖勒河）一帶遇上察琿多爾濟的土謝圖軍主力。雙方激戰三日，不分勝負。第三天晚上，准格爾軍隊夜襲喀爾喀兵營，土謝圖軍全軍大嘩，將士相繼潰散，直到天亮之後察琿多爾濟才設法收攏了部分屬下穿過戈壁同樣逼入蘇尼特旗境內。
此後噶爾丹遇到了前往色愣格斯克參加中俄邊界談判的索額圖使團，於是命其帶信給康熙，言及「如果哲布尊丹巴投奔皇上，或據之不納，或者將他抓來送給我。」
清廷使團遣人將此信帶回北京，康熙大為憤怒，認為噶爾丹妄自尊大。根據康熙的態度，在隨後召開的朝會上，各大臣提出若清廷拒絕接納喀爾喀逃人，哲布尊丹巴將無路可投，勢必向噶爾丹投降，屆時外蒙廣大地區將落入准格爾手中，對清廷的核心統治區漠南蒙古及直隸地區將造成極大的威脅，為此必須保全哲布尊丹巴……
已經顯得略微昏暗的洋面上，一隊打著鄭軍兩色旗號的通報船正緩緩靠向岸邊，因為清廷封界遷海還沉寂了許久的海島突然變得熱鬧起來，淡淡的炊煙在岸邊升起的同時，大批的漁獲也從淺海處被打撈了上來。
看著正在享受戰前最後一頓晚餐的將士們，以統領身份指揮這次突襲的侯晉官臉色有些沉重的命令道：「打旗號給花嶼、貓嶼兩船，讓他們保持警戒，這裡畢竟不是東寧，移鎮海壇的浙省水師隨時隨地可能會派出哨船巡航此地。」
這裡已經是興化灣的外海南日島的所在，距離海壇的浙省水師駐地連半日的水程都不到，可以說已經在了清軍的鼻尖下。可侯晉官手中的實力才多少呢？不過是一千料至一千五百料的通報船十二艘，全部舷側火炮數目不過四十四門三寸長炮。以如此孱弱的火力應對一省的水師，侯晉官委實不能不加以小心。
「水師學堂的林賢林山長已經在戰前跟大傢伙都介紹過了海壇一帶的地理水情了，本官就不再冗言了，本官現在就說一句話。」吃過晚餐，侯晉官把一眾船長都召集了過來。「在座都是通報船的船長，平日開戰連湯水都不一定撈得到，今次出戰是鞏軍門在主上面前力爭來的，本官問你們，這場仗包不包打？」
「包打！」一開始聲音還有些稀稀拉拉，但隨著一聲包打之後，再說第二遍時，十幾名船長們的聲音就變得十分整齊外加鏗鏘有力了。「包打！」
「有這個信心就好，那咱們再最後推演一遍戰事的進程……」
夜色漸漸濃郁的化不開了，在絲絲黯淡的星光下，鄭軍一眾通報船降下顏色鮮明的白色風帆，藉助著上漲的潮水，緩緩的穿過海壇海峽的南東口，在諸島烽火台的眼皮底下，悄然闖入了浙省清軍水師的腹心地帶。
海壇是中國第五大島、福建第一大島，最初的時候隸屬於大明福建都指揮司所屬鎮東衛，鄭成功、鄭經兩代改稱援剿鎮，治所一直在福清海口鎮東城（註：海口鎮附近）。康熙十九年，清軍佔領海壇之後，改名福建水師海壇鎮，並以總兵衙門於島上。不過總兵衙門也好，臨時的浙省水師提督衙門也罷，都是一個象徵的符號，事實上，浙省水師及陸師一部並未全部進駐島上，其相當一部分兵力艦船分布在福清灣、瑟江港一帶，其餘則在海壇島靠近海壇海峽一側的南後澳及蘇澳一帶。
由於鄭軍此次派遣的通報船船小炮少，因此不可能指望一兩條船就完成封鎖清軍水寨的任務，可一旦集中的船隻數目多了，就不可能對所有清軍水寨造成威脅，為此，經過戰前的討論，侯晉官根據大多數船長的意見將全隊分為兩組，每一組各六艘，以相對較近的南後澳及瑟江港為第一目標，炮擊得手之後全隊經蘇澳方向駛向南大洋……
薄薄的晨霧已經開始在陽光下消散了，可睡眼朦朧的清軍水寨哨位還沒有來得及抹去眼角上的眼屎，一組形制古怪的炮船便躍入了他和他的眼帘之中。錯愕了一會的清軍哨位忙不迭的示警著，但一切已經遲了，隆隆的炮聲不啻在向清軍宣告戰爭的開始。
鄭軍通報船裝備的三寸長炮其實威力極其有限，其裝備的實心彈在稍遠一點的距離上就很難打穿寸許厚木製成的船板，但鄭軍手中卻有鏈彈和熾熱彈這兩樣法寶，再加上靜止射擊的命中率相對較高，所以鄭軍很快就封閉了兩處清軍水寨的幾個進出關口，以至於持勇率先出擊的浙省水師部分艦船在遭到劈頭蓋臉的打擊後燃燒坐沉在水寨門口，徹底堵死了自家人出擊的道路……
考慮到蘇澳一線的清軍可能聞訊整隊出擊，所以在齊射了數輪之後，瑟江港的通報船組率先撤離。聽到彼方的炮擊聲中止，南後澳的鄭軍通報船也駛出橫嶼，兩組鄭軍隨即在玉嶼仔以西洋面上重組為兩列縱隊。
蘇澳的清軍戰船也的確出擊了———不但蘇澳的清軍出擊了，得到狼煙通報的福清灣清軍水師戰船也出擊了，不過後者顯然是追之不及了———當蘇澳清軍的五十餘艘戰船剛剛駛過北香爐嶼、駛入石牌洋時便迎面撞上了剛剛整隊完畢的鄭軍船隊。
見到清軍戰船數量眾多的侯晉官不願與之發生纏鬥，當即命令道：「全隊轉向海峽北口，先用單舷炮火歡迎清虜一陣，若是還不知進退，進了南大洋，咱們再跟他們好好做一場。」
看到鄭軍水師整齊的向正北偏西的海峽北口駛去，清軍水師發了瘋一樣的追趕著，試圖利用船速截斷鄭軍隊形，這樣一來恰好形成了丁字陣形。清軍雖然能利用其所載船首炮對鄭軍開火，但比起鄭軍得以順利發揮的側舷火力來說卻是小巫見大巫。
雙方的炮火攪得風雲變幻、大海鼓動，但實際的命中率卻很低，整個炮擊過程中只有一枚鄭軍炮彈命中清軍突前的戰船，而清軍發射的炮彈更是全數失的———這就暴露出鄭軍裝備的三寸長炮的射程和威力不足的問題，不過鄭軍出擊的目的中有一部分就是示敵以弱，因此這種程度的曝光正是恰到好處。
追擊了一陣，清軍的慢速戰船實在無力追趕鄭軍的快船，不得已只能慢慢的停了下來，鄭軍通報船遂得以安全的使出北口，然後繞經立嶼轉向東南朝著台灣直駛而去。等回到東寧一統計，全隊通報船沒有吃到一顆炮彈，沒有一人殉國，唯有一個傷者是在製作熾熱彈時不慎燙傷。這個消息一經有心人傳播，頓時進一步鼓舞了鄭軍水師的士氣，鄭軍上下一致認為清軍水師雖眾但不堪一擊。
然而奇怪的是，被人堵住家門痛揍一頓並因此損失了七八條船、幾百人的清軍方面居然也士氣大振，梁鼐更是上書清廷聲稱以極微小的損失擊退了鄭軍夾板船的突襲。為此，康熙親自下令褒獎，並選擇了十月十七日為三省水師總攻之日。
既然雙方都戰意高昂，既然決戰的時日已經選定，一場大戰自然不可能避免了……