「儀制司和軍務司這些日子辛苦了，等熬過這一段日子，孤特准兩司休沐十日。」所謂軟硬兼施，鄭克臧用殺何佑表示自己的強硬，但一味的強硬也是不可取的，所以他又以爵祿也賞功。「下面的官兵怕也等不及了吧，那就開始吧。」
新近轉任儀制司司官的許明廷向臉色同樣發青發暗的林珩做了一個隱蔽的手勢，林珩苦笑的站了出來，舉起手中長長的捲軸布達著：「茲賜東寧參戰各部以銅製癸亥戰役嘉章，並賜各部將士傷殘、克敵、決死、鐵壁等銀銅嘉章，賜各部將官甲乙丙丁四等智勇、武勇、武韜嘉章，細目將由各鎮監督布達。」
這是普惠獎人人有份，因此大傢伙還不是很重視，但接下來重頭戲開始了：「授洪拱柱為翦虜伯、張學堯為鎮虜伯、何乾為定虜伯、毛洪言為盪虜伯，各加實封一百二十戶……」
「改授王進功為平西伯、加實封八十戶，加定西伯吳淑實封七十戶。」以上都是世爵，能得到的只有少部分人，而更多的人則希望自己的名字能在稍後出現。「孫有勞、黃良弼、徐青、郭楷、閆剛……加以上十二人指揮使。」
「吳潛、陳敦文、林珩、鄭英平……加以上十七人指揮使同知。」林珩念得口乾舌燥，但他算是痛並快樂著，要知道文官中就他跟原警察司司官鄭英平的爵位最高了，當然這並不是因為他是賞賜名單的擬定者，而是他們兩人沾了點軍功的邊。「樂珉越、湯保意、黃東屏、蔡謙、郁平、洪磊、柯平、鄭斌……加以上三十七人為指揮使僉事。」同樣蔡謙、郁平的名字能在幾位參政、參議之前也是因為他們是跟大戰或多或少有那麼點關係。「古晉、陳樂、李景……以上一百七十九人為正千戶。」
得到副千戶以下的賞賜的人就更多了，其中童子軍中就有林康、麻英、安龍等二十七人得此殊榮，至於等而下之的衛鎮撫、百戶、試百戶、所鎮撫加起來足足有參戰的鄭軍總數的十分之一，因此林珩說什麼也讀不下去了。
「其餘恩賞將由各鎮自行布達，凡有異議者可想軍律司呈報……」
借著斬殺何佑和大規模封賞所收攏的軍心，鄭克臧宣布將對現有鄭軍統一實施改編，根據他的計畫，改編方案將分陸師和水師兩個部分。
水師部分因為主力盡喪，所以相對簡單。鄭克臧將倖存的鄭軍水師二千餘人及投誠的清軍水師三千餘人和童子軍水師進行了混編。混編之後的新鄭軍水師約七千人，分為鹿港、澎湖、淡水、打狗、台江五隊。
鹿港隊二千人，擁有千料福船十五艘、八槳快哨船十二艘，負責在鹿港至淡水間巡航，統領由原水師將官黃初旭擔任；澎湖隊二千五百人，擁有千料福船二十艘、八槳快哨船十五艘，負責澎湖至鹿港之間巡航，統領由麻英升任；打狗隊由童子軍遠航營擴充，編製有一千五百人，配屬飛天號等夾板船八艘，負責在東寧至賓童龍之間的巡航，統領由鞏天接任；淡水隊是以獵鯨營和琉球營為老底擴編的，目前有五百人、福船十五艘，依舊以遠洋捕鯨為主，統領由原獵鯨甲營營官顏道及出任，其不足人員由鹿港、澎湖、打狗三隊輪流抽調並由台江隊輸送部分人員加入，該隊的主要責任依舊是在沒有大戰的前提下保持水師官兵的鬥志、磨礪他們的血勇；台江隊則由雙桅通訊船、獨桅縱帆船、福船、鳥船、趕繒船、雙帆艍船各兩艘編成，作為事實意義上的水師學堂，台江隊將負責對各隊水手及武官進行操船、針路等方面的基礎培訓和指揮單一戰船及小船隊的進階訓練，該隊統領由獵鯨乙營營官唐慎之出任。
鄭克臧預計在未來兩年內將台江隊的職責移交給淡水隊，在移交職責及部分艦船的同時，台江隊將逐漸接收新建的夾板船，使之成為與打狗隊一樣的遠航艦隊。等台江隊完成換裝之後，鄭克臧還將再陸續為鹿港、澎湖兩隊換裝，最終鄭軍水師將實現主力夾板船化，只保留淡水隊作為一支己訓練、實踐一體的混合艦隊。
由於在淡水隊完成換裝之前，明鄭無力把太多的力量投放到大陸，為了防止清軍可能的反撲，所以陸師的整編也刻不容緩。為此，鄭克臧首先宣布以童子營為幼武學，並以童子營的模式組織了武學。今後幼武學提供下級武官，而武學則負責普通士卒晉陞武官的教訓以及武官的進階強化教學任務。
武學的設立讓鄭克臧有名義將大量的原鄭軍中級將領調入學習或是充任教習，再加上之前將黃良弼、徐青等鎮將轉入文途，原本對鄭克臧不服帖的原鄭軍各大軍頭已經不復存在了，所以鄭克臧得以進行下一階段的軍事改革。
永曆三十七年十一月初一，鄭克臧正式下令將鄭軍原來各鎮的名號統統取消，至於鎮將、總兵、副將、監督、監理、協將等官位也一併開缺。隨後，鄭克臧又對童子軍的體制進行改良，以此重新組建了左右武衛、左右虎衛、左右勇衛等六師。
所謂「師」，並非鄭克臧依據方明的記憶在杜撰一個編製，要知道在《易經·師卦注》中有「多以軍為名，次以師為名，少以旅為名」一說，《疏》中也有「春秋之時，雖累萬之眾，皆稱師」的注釋，《周禮·地官·小司徒》中有「五人為伍，五伍為兩，四兩為卒，五卒為旅，五旅為師」的明確編製，東漢許慎在《說文》更明確指出「師，二千五百人為師」。
當然鄭克臧的編製要略大一些，他以一個師轄三個團，每個團轄六個哨。說到「團」，其實就原來的標，早在西魏、北周時，當時的軍隊就以「團」作為一級組織，不過當時並沒有明確的標準說一團應該有多少兵馬，到了隋代，曾以一百人為一隊，步兵二十隊為一團，騎兵十隊為團，而唐朝府兵制度中每團的兵力被明確為三百人，鄭克臧的團則相對接近隋制。至於「哨」則是原來的「營」，唐制營通常轄兩到三個團，為了不讓人誤會上下級之間的關係，因此鄭克臧才特意把「營」換成了「哨」。
新的編製表裡哨的建制基本不便，每哨下轄五十人的刀盾、火銃、長矛各一隊，另外還有直屬的輜兵班、令兵組各一，正六品承信校尉銜的哨官、從六品忠顯校尉銜的副哨官、正七品忠武校尉銜的哨參軍、從七品護軍校尉銜的哨監察各一員，此外還有哨旗手、哨鼓手各一，火兵三人，如此全哨合計一百八十人。
一團六哨，其中四哨是戰鬥兵，另外兩哨分別是炮軍哨和輜兵哨。炮軍每哨裝備三寸炮三門，二寸炮六門，火力比原來「標」一級中只有三門二寸炮要強了數倍。除了這六哨之外，每團還有令兵一班，正四品飛騎尉銜的團統制、從四品雲騎尉銜的團副統制、正五品武騎尉銜的團參軍長各一員，正六品承信校尉銜至從七品護軍校尉銜的團參軍若干員，從五品昭信校尉銜及從六品忠顯校尉銜的團監軍各一員，再加上團旗護衛班、團中軍醫郎中等，全團共計官兵一千一百二十員。
每師除了上述三團以外，還有直屬的騎軍哨、三寸半（12磅）炮軍哨、輜兵哨以及配置板甲或瘊子甲的跳蕩哨及中壘（工兵）各一哨，再加上正二品副將軍銜的師都統制、從二品輕車都尉的師副都統制、正三品騎都尉銜的師總參軍、從三品驍騎尉銜的師總監軍各一員，正四品飛騎尉銜至正六品承信校尉銜的師參軍若干員，從四品雲騎尉銜至從五品昭信校尉銜的監軍協理、斷事官若干員，師傳令中軍一隊、探馬隊、師旗隊等在內，全師共計四千二百人。不過由於明鄭的人力不足，因此各師、團、哨中的緇兵、中壘及部分炮手等都由黑奴充當，由此每師中漢兵二千八百人，奴軍一千四百人。
鄭軍陸師在戰前共有各衛鎮一萬五千人、童子軍兩鎮四千二百人、地方汛兵三千餘。東寧戰後，三者的總數下降到了一萬八千人。其中部分傷者可以重返部隊，但大多數卻只能回家耕種，所以鄭克臧將跟隨林賢在蚶西港投降的普通清軍打散後重新編入，不過饒是如此，鄭克臧還是只能先編出六個師和二千駐屯汛兵。
除了上述部隊以外，鄭克臧還抽調出一千人的兵力組建了安平留守司，統一管理大員及北汕尾島上的兩處重炮要塞及其守備，並將原來八十人的安平城侍衛隊伍擴大到了二百人，至於安平城的守備任務，在鑾儀衛鎮取消之後則由各師依次輪戍。
作為鄭克臧全面掌握鄭軍的象徵，參軍司改名為參軍院，地位升格為與政事堂並列，定西伯吳淑被任命為了總章參軍事，還在養傷林升以及原中提督、翦虜伯洪拱柱受命成為同僉總章參軍事，以上三人將協助鄭克臧指揮軍令。
而作為童子軍系統掌握鄭軍的標誌，孫有勞、何乾、毛洪言三人分別就任左虎衛、左武衛、右勇衛三師師統制，古晉、樂珉越、陳樂、湯保意等童子軍各協的協統則分別升任了右虎衛、右武衛、左勇衛三師副都統制和安平留守司留守，林康、洪輝、安龍、葉釗等甲寅期的童子軍或晉陞各師參軍、各團參軍長或成為師團監軍或個別出類拔萃的還晉陞各團副統制、實權哨官，就連一部分乙卯生也成長為了各哨的哨官、副哨官……