西太后6月15日的三道上諭，一方面去掉了變法的中樞人物，使光緒與維新派的聯繫發生困難，一方面又通過抓牢人事權和控制京津間的軍隊，扼住了變法運動的咽喉。應該說，只要西太后加入了頑固派的陣營，維新變法是沒有成功的可能的。這是一場實力過分懸殊的角逐，握有實權的大臣們很少有可能像陳寶箴一樣，寧以國家為重，不顧自家前程站在毫無實權的光緒一邊的。
但是，當時的現實是，維新派不願意走太后路線，而且又不恰當地刺激了西太后敏感的神經，從而迅速地造成了帝後的分化對立，所以，維新變法只能在這樣惡劣的條件下進行，變法的努力也只能把死馬當活馬醫，勉力而為了。
在這種知其不可為而強為的奮爭中，光緒和維新派都作出了傑出的表現，其可歌可泣，不亞於近代史上任何一場重大事件中的志士仁人。維新派和支持他們的士大夫，造成了一種蕩氣迴腸的氣勢，而這種氣勢是那些沒落但人數眾多的頑固派無論如何也沒有的。
當翁同穌起程離開北京時，「送者數百人，車馬闐咽，有痛哭流涕者」。一位湖南士子含淚對翁同穌說：「吾為天下，非為公也。」這樣悲壯而熱烈的送別場面，等於告訴頑固派，維新的人們並沒有被嚇倒。
參加維新的人們中，堅信變法必能成功的樂天派並不多。很多人其實就如梁啟超所說的那樣，變法「幸則猶可望收政權而保國土，不幸亦可大開民智，而待之將來，中國或可存一線焉」。康有為的弟弟康廣仁在給密友的信中說：「伯兄（指康有為。筆者注）規模太廣，志氣太銳，包攬太多，同志太孤，舉行太大。當此排者、忌者、擠者、謗者，盈衢塞巷，而上又無權，安能有成？弟私竊深憂之，故常謂但竭力廢八股，俾民智能開，則危崖上轉石，不患不能至地。」在他看來，變法能達到廢八股開民智的目的，就已足矣。
就這樣，參加維新的人們選擇了一條艱難備嘗的變法之路，不屈不撓地走下去了。
百日維新一開始，康有為曾通過徐致靖之手，保薦他和黃遵憲、譚嗣同、張元濟、梁啟超五人參加新政。尤其希望光緒重用康有為，說他「其才略足以肩艱鉅，其忠誠可以托重任，並世人才實罕其比。若皇上置諸左右以備顧問，與之討論新政，議先後緩急之序，以立措施之准，必能有條不紊，切實可行，宏濟時艱，易若反掌」。光緒旋即安排於6月16日召見康有為和張元濟。翁同穌被斥後，光緒堅持原議，照樣召見康、張二人，只是把地點選在了頤和園仁壽殿，西太后的鼻子底下，一來以示變法照舊進行，二來宣示自己對皇阿爸無異心和心地坦然。
關於召見康有為的時間，據康自己說是「逾十刻時」大約為兩個半小時，而在康之後被召見的張元濟則說只有「大約一刻鐘光景」。事實上可信的應該是後者（當康進去時，張一直在外等候，時間長短，等候的人應該最敏感）。康有為在其自編的《年譜》里，明顯地有所誇大和渲染，讓人看起來好像光緒是個好學的小學生，不恥下問，而康有為則像個善教的好老師，循循善誘。不把時間說得長一點（因為光緒僅僅召見康有為一次），康有為這個「帝師」就沒多大意思了（以後在海外也就排不起架子，缺乏號召力了）。
光緒與康有為談了些什麼，他們兩人天知地知你知我知，可能暗中監視的小太監也知，但光緒沒說過，小太監也沒留下份「監視報告」，而康有為卻留下了一份詳盡的「記錄」。不過恰是由於這份載於《康南海自編年譜》的記錄過於詳細，才讓人難以全然相信它。疑竇之一是時間不對，既然不可能是康有為說的兩個半小時，那麼在一刻鐘左右的時間裡，絕對不可能談那麼多內容。疑竇之二是情景不對，據張元濟回憶，他與光緒見面時，恍惚看到窗外有人影（那個時代干特務的沒有受過專門訓練，技術尚不純熟），明顯處於監視之下，因此，兩人並未談什麼變法的實質問題，更多的是談張元濟所辦的通藝學堂的情況。張元濟「叫起」（官內召見的代用詞）尚且有人監視，大名鼎鼎的康有為那就更得有人盯著了。這一點，無論光緒還是康有為都是十分清楚的，所以，儘管雙方都渴慕已久，但談起話來卻不能盡興，更不能暢所欲言。
所以說，光緒與康有為的談話，最大可能是關於變法的技術性問題（大政方針康在奏摺和進呈的書中俱已詳陳），比如當時最迫切的翁去後光緒與維新派的聯絡問題。這反映在康有為年譜上就是康有為要光緒：「惟有擢用小臣，廣其登薦，予之召對，察其才否？皇上親拔之，不吝爵嘗，破格擢用。」一段話連用兩個「擢」字，可見其急切（康有為當然首期光緒提拔自己，但光緒卻別有主意）！關鍵就是傾向變法的人在軍機處里要有位置。其次可能是關於下明詔和交部議的技術問題，因為皇帝上諭一般要由軍機處來草擬（承受諭旨，回堂擬寫），如果諭旨下到軍機處，大臣就可以駁議（即與皇帝商量），如果不由軍機處來擬旨，原則上也是可以的，因為軍機處原是後添的中樞機構，不由軍機處擬旨，下到軍機處的就是「明詔」，大臣就只好照辦了。只有類似的談話內容，才符合當時的政治情勢，也才與會面的時間相匹配。
《光緒朝東華錄》對光緒召見康有為事有記載，與康有為自己所說的兩相對照，可以扣掉康說的太多的水分。
召見工部主事康有為於仁壽殿，上深以廷臣守舊阻礙變法為憂。康有為面奏，請皇上勿去舊衙門而惟增新衙門，勿黜革舊大臣而惟擢小臣。多召見才俊志士，不必加其官，而惟委以差事，賞以卿銜，許其專摺奏足矣。彼大臣向來本無事可辦，今但仍其舊，聽其尊位重祿，而新政之事別責之於小臣，則彼守舊大臣既無辦事之勞，復無失位之懼，怨謗自息。即皇上果有黜陟之全權，而待此輩之大臣亦祗當如日本待藩侯故事，設為華族，立五等之爵以處之，厚祿以養之，不必盡去也。上然其言。
這份記錄也有以結果推測內容的問題，以見前與見後康之表現來看，他未必會建議「不加其官」而只許專折上奏便了事。但不管怎麼說，當時的史載，總要可信度大些，因為康有為尚來不及在此大做文章。即使受康的影響，也不會太離譜。
不管怎麼說，這次會面還是很重要的，它畢竟是清朝皇帝與維新派首領的第一次面晤，通過這次會晤，康梁真的成了變法的政治顧問，他們對變法進程有了更多的干預。然而這種干預和參與卻是通過與康有為原來料想的並不相同的方式完成的。
光緒雖然長於深宮，但並不糊塗，這也許是愛新覺羅家族的特點，不論賢愚不肖，神志都很健全，他十分清楚康有為的心意，也認可了康有為的主意，從而更加認清了康有為的價值。他親切的姿態和謙遜的態度使得康有為大受感動，可以說他以獨特的帝王風範征服了這位一向自命不凡的康聖人，使他從此以後再也不能忘懷於光緒（未見光緒之先，儘管也主張學日本，主張搞君主立憲，但卻未必對君主有多麼深厚的感情），執迷於保皇，成了他以後政治生涯的一大特點。但是，光緒卻決計不把康有為超擢到身邊來當顧問，承受這種被召見的曠古奇典的康有為，僅僅得了一個不倫不類的總理衙門上行走六品銜的小官，連梁啟超都覺得百思不得其解。
我們前面說過，康梁並非優秀的行政人才，這一點光緒帝通過幾番摸底，想必是清楚的；而另一個重要因素促使光緒不提拔康有為，就是這幾年他作為啟蒙思想家的名聲，這種名聲太大了，大到了樹大招風的地步。總之，這個時候將康有為破格超拔上來，所引發的副作用恐怕大得會令光緒承受不了。
雖然光緒沒有提拔康有為，卻給了他以專折上奏的特權，有了這個特權，康有為就不用挖空心思代人操刀，而可以源源不斷地將主意遞上去，以供光緒裁決。從這一點上講，他與光緒的關係比之未召見前密切了不少。康有為畢竟是維新志士，沒有被提拔，雖稍有牢騷，但很快就振作起來，全力投身變法操作。由於光緒不久又引入了譚嗣同等四小軍機，康有為的作用就更加突出了。
在召見康有為之後約半個月，7月3日，梁啟超由於徐致靖的推薦而被召見。按清朝的典章慣例，只有四品銜以上者方可被召見，由於恭親王已逝，這一慣例已經被打破，所以康有為、張元濟都見到了皇帝。梁啟超以白衣舉人身份被召見，雖然很少見，但卻不在職官召見的慣例約束之內，皇帝有權可以這樣做。所以，召見梁啟超，從制度角度來看，遠不如召見康有為來得重要。
關於這次召見，梁啟超在《戊戌政變記》中只淡淡地提了一句：「上命進呈所著《變法通議》，大加獎勵。」看來，這次召見雙方沒有談得很暢快，梁啟超一口廣東官話，把「孝」說成了「好」，把「高」說成了「古」，君臣問答，無法溝通，光緒這個世居北京的「外江佬」眼看一時弄不明白梁啟超說了些什麼，只好留下《變法通議》，叫梁下去歇歇了。《變法通議》是梁啟超在辦《時務報》時發表的十二篇論文的合集，篇篇