總理衙門問話過後，中樞維新開始進入倒計時。不管怎麼樣，康有為進呈的兩部書外加一連串奏摺（包括代替別人擬的），總算是為光緒和翁同穌打了氣，特別是光緒，愛新覺羅家族不甘沉淪的血液使他進入了前所未有的亢奮期，他覺得無論如何也要拼上一下，用梁啟超的話來說就是：「與其亡國而為軹道之降，煤山之續，既喪國厚身，貽謗千古，不如姑冒險變法，幸則猶可望收政權而保全國土，不幸亦可大開民智，而待之將來，中國或可存一線焉。」光緒當時是不是就真的像梁啟超所說的那樣想的，於史無考，我們沒法證實。光緒可能不會料想到西太后的政變（在他內心深處，仍認為在復興清朝的問題上，西太后是與他有共識的），至少不會預料到變法會如此短命，而西太后的手段會如此決絕，以致將新政全廢，變本加厲地反動。但他應該知道變法是有風險的。既然年輕的皇帝決定要冒險，那麼他肯定要走到底，只要西太后不伸手阻止他，變法就會進行下去，這是一種行動時的思維定式，或者叫思維慣性。
恰在光緒痛下決心的時候，耄耋的恭親王奕終於擋不住大自然規律的召喚，一命歸西。奕這一死，對光緒是福是禍雖很難說，但至少在眼前，少了一個位尊權重又愛噦唆的人，光緒覺得可以放開一點手腳了（軍機處資格最老的變成了翁同穌，依慣例，只要翁老先生點頭，別人就不好意思說別的）。
1898年5月29日，御史楊深秀和侍讀學士徐致靖上奏，請光緒特降諭旨明定國是（這是抄日本的變法版）。當天，光緒就將奏摺送到了頤和園，實際上是借「輿論」給西太后施加壓力。老謀深算的西太后知道此時光緒如箭在弦上，已不能不發。雖有一肚皮不滿意，她也知道這時如加攔阻，一則師出無名，二則時機未到，故而深藏不露，未置可否。6月9日，光緒來到頤和園向西太后請安，再次硬著頭皮向他的皇阿爸陳說了詔定國是的必要，西太后表示同意。喜出望外的光緒旋即命翁同龢草擬明定國是的詔書，呈西太后審閱。第二天，迫不及待的光緒再次去頤和園請安，據翁同龢這天的日記：「上奉慈諭，以前日御史楊深秀、學士徐致靖言國是未定，良是。今宜專講西學，明白宣示。」西太后這次居然是格外地寬容，不僅連連稱是，而且明白宣示讓他們「專講西學」。無怪乎翁同龢會興奮異常，連日忙碌，連生日都不過了。而光緒則於6月11日回官當天，一刻也沒耽擱地就召集軍機大臣，頒布《明定國是詔》。
《明定國是詔》是百日維新的號角，也是有清一朝關於近代化變革最有價值的文獻，值得一抄。
諭內閣：數年以來，中外臣工講求時務，多主變法自強。邇者詔書數下，如開特科，裁冗兵，改武科制度，立大小學堂，皆經再三審定，籌之至熟，甫議施行。唯是風氣，尚未大開，論說莫衷一是，或托於老成憂國，以為舊章，必應墨守，新法必當摒除，眾喙嘵嘵，空言無補。試問今日時局如此，國勢如此，若仍以不練之兵，有限之餉，士無實學，工無良師，強弱相形，貧富懸絕，豈真能制梃以撻堅甲利兵乎？朕唯國是不定，則號令不行，極其流弊，必至門戶紛爭，互相水火，徒蹈宋明積習，於時政毫無裨益。即以中國大經大法而論，五帝三王，不相沿襲，譬之冬裘夏葛，勢不兩存。用特明白宣示，嗣後中外大小諸臣，自王公以及士庶，各宜努力向上，發憤為雄。以聖賢義理之學，植其根本，又須博採西學之切於時務者，實力講求，以救空疏迂謬之弊。專心致志，精益求精，毋徒襲其皮毛，毋競騰其口說，總期化無用為有用，以成通經濟變之才。京師大學堂為各行省之倡，尤應首先舉辦，著軍機大臣，總理各國事務王大臣，會同妥速議奏，所有翰林院編檢，各部院司員，大門侍衛，候補候選道、府、州、縣以下官，大員子弟，八旗世職，各省武職後裔，其願入學堂者，均准入學肄業，以期人才輩出，共濟時艱，不得敷衍因循，徇私援引，致負朝廷諄諄告誡之至意，特此通諭知之。
幾百字的長詔，調子實在是很溫和，西太后絕對沒有什麼理由來槍斃它。不是草擬者翁同龢的思想水準與張之洞輩差不多，就是光緒與翁同穌過於擔心西太后的反對而以煙幕過關，但更可能的是兩者兼而有之。
既然不便駁議，西太后也就順水推舟，不去駁議了。不過這時的西太后，由於那兩本書和康有為一系列奏摺的刺激，頑固派大臣們的話已經很入耳了，她真的要出來給光緒下絆了。她明白，只要允許光緒變法，聽任變法搞下去，她就只有回宮扎花的一條路了。為此，她不僅深恨康梁，而且恨上奏請定國是的楊深秀、徐致靖。
對光緒的種種活動了如指掌的西太后，非常清楚翁同龢此時在變法事業中的分量，她早就從別的頑固派大臣那裡知道了翁在軍機處的種種表現。據說，西太后曾於明定國是詔頒布之前召集慶親王奕譞、剛毅和榮祿開會，剛毅等人哭求西太后出來干預。還有消息說榮祿曾通過李蓮英進讒，說翁同穌「勸帝遊歷外洋，後聞大駭」。其實，就是沒有這些人的進讒，西太后也未必會放過翁同穌，只要她不再想讓變法搞下去，搞掉翁同穌就等於給變法釜底抽薪，同時也敲山震虎，給光緒和康梁一點顏色，一個警告，最好能讓他們自動收攤。
所以正當光緒君臣興高采烈，準備大幹一場的時候，西太后的網已然悄悄撒開了，首先落網的就是熱心變法人中地位最高的翁同穌。翁同穌在他同時代人中是個仕途順暢的幸運兒，其父翁心存，官至極品，為體仁閣大學士，是道光、咸豐兩朝的重臣，其兄翁同書、翁同爵均官至督撫，而他自己科場得意，高中狀元，爾後一路順風升上去，貴為帝師、軍機大臣、協辦大學士，一生沒有做過外官，一度與西太后的關係也不錯。那是在祺祥政變之後，西太后想學點歷史，於是請翰林公們來講，結果翁同穌不愧為狀元，講得頭頭是道，「指陳古今，講明道理，侃侃諤諤，無所忌諱」。深得西宮太后歡心。此人是標準的世家子弟，只不過沒有紈絝氣，而於經史上用力不少，可是論到政治經驗，比起西太后來，只能算個雛。翁同穌被開缺前，居然對西太后的陰謀一無所知，一星半點的火藥味都沒聞出來。這一天（6月15日，即明定國是詔頒後第四天）本是翁同龢的生日，官做到這個份上，每逢誕辰，同官下屬，弟子門生以及親朋好友總要來慶賀，開宴唱戲熱鬧幾天都不為過。然而翁同穌卻沒有在家等著當壽星，一大早就入軍機值房照常公幹，但是，翁同穌所接到的第一個公務，卻是將他開缺的硃諭。
1898年6月15日，光緒皇帝突然發布了三道上諭：一、命王文韶晉見，以榮祿暫署直隸總督兼北洋大臣（隨後實授）；二、以後凡授二品以上的官員，均需「著折恭旨皇太后前謝恩」。第三道最為奇特：「協辦大學士戶部尚書翁同穌，近來辦事多未允協，以致眾論不服，屢經有人蔘奏。且每於召對時諮詢事件，任意可否，喜怒見於辭色，漸露攬權狂悖情狀，斷難勝機之任，本應查明究辦，予以重懲。翁同穌著即開缺回籍，以示保全。」
有人蔘劾，理應查明究竟，然後查辦或者開釋，但偏偏不查就乾脆開缺，還說是以示寬大保全。什麼「任意可否」，「喜怒見於辭色」之類，大抵就是「莫須有」，明眼人一看便知端底。
顯然，這三件上諭均非出自光緒本意，而是6月15日光緒去頤和園請安時，西太后事先擬好，強迫他發出的。這一悶棍來得太突然，剛剛進門時還像他師傅一樣興奮的光緒面對這突如其來的變故，一下子就暈頭轉向，不知所措，由於他毫無思想準備，以致連一句反抗的話也說不出來，就乖乖地就範了。而且連向他師傅事先通報一聲都不敢。
借所謂彈章來處置她不喜歡的大臣，是西太后慣用的老伎倆，因此而落馬的數以十計，也很湊巧，只要誰得罪了太后，很快就會有彈章飛到，一到這時，西太后就連查也不查，一紙上諭，就將之打發掉了。
當年涉及翁同穌的彈章只有兩件，那是在康有為呈上《俄彼得變政考》和《日本變政考》之後發生的。一是安徽布政使于蔭霖上折指責李鴻章、翁同穌和張蔭桓在與德國交涉膠州灣事件中措置失當，「誤國無狀」（4月28日）。二是御史王鵬運的《大臣誤國請予罷斥折》，說翁同穌與張蔭桓「明謀納賂」（5月29日）。這兩份彈章，前者有點像好事者沒事找事地對管事人的指責，可能沒有什麼背景，而後則明擺著是有意為之的「把柄式」攻擊。晚清大僚可能沒有幾個人真的是清廉的，張蔭桓的名聲更是不好，捐班出身，還老有肥缺，連他自己也承認出使外國回來就給西太后、光緒以及「皮硝李」（李蓮英）送禮。翁同穌久掌戶部，是不是乾淨說不清楚，這種「納賂」的事恐怕誰都多少有點，早不說晚不提，單單這個時候拿出來做文章，而且偏拉上個張蔭桓（讓人更易於相信），這位馬台公的醉翁之意，不問可知。
西太后借「群眾呼聲」（眾論不服與有人蔘劾）趕走了翁同穌，這一招打在光緒的要害