總理衙門問話之後，光緒進一步摸到了康梁的底，既然舉國上下，只有康梁能拿出完整的變法方案，提供改革思路，那麼即便有種種風險，光緒與翁同龢也決意「舉國以聽」了。因為「煤山前事」（康有為上皇帝第五書語）再現的慘景，實在是每個帝王都難以承受的。
由於總署問話中，康有為提及他這幾年編撰的《日本變政考》和《俄皇大彼得變政考》，所以光緒令康有為立即進呈。康有為自然不敢怠慢，發動學生晝夜兼程，重新校改書稿，於3月12日和4月10日先後進呈這兩部書，及有關疏奏。康有為所夢寐以求的中樞維新終於在他的參與下開始了。康有為在編撰中摻入了大量自我意志的這兩部書，堪稱是戊戌維新運動中最重要的文獻之一，變法的思路基本上是由此引出的。
《日本變政考》是康有為用功最勤，耗時最久的一部著作，他從1886年就開始編撰，其弟子門生和長女康同薇都參與搜集資料的工作，整整歷時十年，其書方成。然而，康有為最先送給光緒御覽的，卻是匆匆趕出來的《俄彼得變政考》。顯然，這是具有鮮明意圖的，康有為在此有意強調了君權變法，君主「乾綱獨斷」的色彩。為了達到最有效地強化這種色彩，康有為居然不惜甘冒「欺君之罪」，有意篡改日本明治歷史，把一個本來只有名義上作用的日本天皇明治，捧成了明治維新精神與實際的雙料領袖。
好像還怕光緒不明白，康有為乾脆直截了當地把話說了出來，他告訴光緒，對於中國人來說，足資法效的變法實跡，只有俄日兩國。因此必「擇法俄、日以定國是」。此二國均是始遭削弱欺凌，繼而變法自雄，而且都是借君權以推行變法。他說：「願君上以俄國大彼得之心為心法，以日本明治之政為政法。」就是要光緒學俄彼得大帝「乾綱獨斷，專以新國新民為志，不為強鄰所攝，不為守舊諸臣所移」的魄力和精神，而變法的具體步驟與操作方案，則應以日本明治維新為準。照此依樣畫葫蘆，其實就是要變法照他的規划進行。
在《俄彼得變政考》中，康有為為光緒展示了一幅俄國彼得大帝排除萬難，不惜用武力和陰謀粉碎所有阻礙，並且化裝易名出國學習考察的鐵腕君主的形象。書中對彼得殘酷鎮壓射擊軍的叛亂，粉碎舊貴族的反抗，甚至囚其姐（俄國原君主）、殺其子的種種表現極盡讚美之能事，並不分青紅皂白地將所有彼得的政敵統統指為守舊派、頑固派。同時刻意突出了彼得一世改革的大刀闊斧與快捷迅速，幾乎像有一根魔棒點化一樣，俄國的一切都變了，從政治制度到社會習俗（斷髮易服——這是維新派特別欣賞的），從宗教體系到軍隊面貌，在一個沒有文化遍地文盲的土地上，出現了大學和醫院，使一個飽受強鄰瑞典欺凌的老大帝國，成為打敗欺凌者的復仇巨人。康有為在描繪彼得改革時，讓人幾乎覺得就是在說中國，說大清帝國，俄國彼得之前的種種一如清朝眼前的種種，而俄國舊貴族的種種不滿與反抗，一如清朝頑固派尤其是宗室親貴的種種對變法的不滿。那麼，不言而喻，所謂效「彼得心法」，就是要不但學習彼得乾綱獨斷，銳意變法，學習他的開放姿態和學習精神，還要學彼得的心狠手辣，大義滅親。顯然，這種俄國哥薩克式的變法風格雖為光緒所羨慕，卻是不敢想也不敢學的。清朝歷史不是沒有過像彼得一世這樣以霹靂手段除掉政敵的事例，遠的有十四歲的少年康熙除鰲拜，近的有西太后去掉肅順集團。涉及親貴的也有，像攝政王多爾袞就死得不明不白。但光緒不行，他沒有這個魄力，更沒有這個可能，雖身為九五之尊，但一舉一動都處在西太后那陰鷙目光的監視下，對於他的皇阿爸慢說動手術除掉，就是稍有違拗都不敢。
值得注意的是，俄彼得一世的改革，雖然具有向西方學習的意味，但建立的卻是一個高度中央集權的制度，他摧毀了原來俄國制度中的貴族民主體制（很大程度上由於這一點貴族的反抗才如此激烈）。康有為編撰的《俄彼得變政考》很顯然有意忽略了這一點，他看來也擔心光緒如果真的學起彼得來，把民權和民主打入冷宮。這種善意的篡改非常強烈地顯示出康有為左右變法走向的意願。
既然學俄國人有困難，那麼光緒只好把眼光集中到日本身上。甲午戰爭後不久，光緒聽說黃遵憲作了一部《日本國志》，花了很大篇幅敘述明治維新，於是就迫不及待地通過總理衙門去找。因此，在康有為進呈《日本變政考》之前，光緒對明治維新已經有了初步的了解。在甲午戰爭後，先進的士人圈子裡，還流傳著幾本「東文」的明治維新史。這些出自日本人之手的東西光緒有沒有可能看到，我們不太清楚，最大的可能是，即使看到了，由於敘述角度的不同和語言的障礙，光緒恐怕也不甚了了。所以，光緒十分看重康有為的這本專門為他編撰的明治史。在看到了《日本變政考》之後，光緒還意猶未盡，要求康有為進一步完善補充，因此康又將前書重新修訂，使之語言更通俗曉暢，並附上了《日本變政表》，改名《日本變政記》，陸續呈上。光緒要得非常急切，康有為與門生晝夜兼程，編完一卷上呈一卷，方剛剛能滿足光緒的胃口。康有為對此書也非常自負，在此書的跋中他不無得意地自稱：「其他英德法俄變政之書，聊博採覽，然切於中國之變法自強盡在此書。臣愚所考萬國書，無及此書之備者。雖使管諸復生，為今日計無以易此。我皇上閱之采鑒而自強在此，若棄之而不採，亦更無自強之法矣。」
我們不要笑康有為這種自比管（仲）諸（葛亮）的良好自我感覺，在當時之世，還沒有其他人能夠拿出這樣的變法方案來。
《日本變政考》以及後來完善的《日本變政記》，採用的是夾敘夾議的寫作形式，在敘述歷史的時候就已經有意作了合於己意的篩選和舍取，而且每記一事，緊接著就加上一段案語，盡情發揮自己的主張。「凡中國變法之曲折條理，無不藉此書發之，兼賅詳盡，網羅宏大」。
《日本變政考》除了強調君權變法，要求光緒效明治天皇「乾綱獨斷，以君權雷厲風行」推行變法之外，著重描繪了所謂天皇對「草茅微士」的破格超拔，和對他們的信任倚重「任賢勿貳」，以及對阻礙變法的守舊大臣的堅決罷斥、「去邪勿疑」。再明白不過地暗示光緒要破格提拔他和他那一群尚未入仕的弟子，以及尚位卑官微的維新同志們。總理衙門對話再次激起了康有為欲為伊藤博文的慾望，坐鎮中樞指揮變法是他此時最大的抱負，為此，他不僅自己抓緊運動權要，頻繁上書，甚至在規劃變法路線時也忘不了暗中毛遂自薦，而且仍然安排早已無心對付八股的弟子們繼續科考，以求得進而進入仕途，壯大維新陣容。吳稚暉曾抱怨說，他曾去看康有為，提出不赴八股考試，康有為舉雙手說好，可是後來梁啟超等人仍然「還去入場」，因而很生氣康「說話不大當話」。
經濟改革是近代化的首要任務，康有為沒有忽視這一點，他強調發展資本主義工商業，尤其是強調大機器生產的新式工業（一般來講，前資本主義國家的人們往往驚駭於工業革命的成果，熱衷於大機器生產的威勢），認為泰西大機器生產，可以吸收大量的就業人口，而中國眼下「士農商業俱窮，正宜大辟工業以養無限之窮民」（應該說，這種願望固然不錯，設想也很有氣勢，但實際上並不現實，落後國家發展工業必先從投資少見效快的輕工業人手，迷戀於大機器，重輕工業不分，這正是洋務派的毛病）。當然，康有為也沒忘記商業，他讚美日本設立農商局以保護獎勵商業的做法，也推許日本商人立商社考商務的做派。「觀其所以保商人，興商利，除商害，助商本，一切推行美意良法，無遺憾矣。」對於並無經濟學專門知識的康有為來說，這種見識和這種規劃已經是很不容易了。
政治改革是康有為最關心的問題，因此他在這方面花了最多的筆墨。由於日本明治維新在政治改革方面建立的只是二元君主制，距代議政體相距尚遠，所以康有為著重強調了日本的官制改革，他針對中國官場的種種弊病，強調學習日本官制改革提高效率的關鍵，一要裁併機構、淘汰冗員浮吏；二要健全負責制，改革以往以相互牽扯以利控制的官制風格；三要任人唯才，官吏要有專門知識；四要以西方行政體系的模式來改革行政區劃，分設刑政與民政之官，改變以往中國地方官包攬一切的現狀。由於出身官宦世家，康有為對中國官場弊病還是十分清楚的，因而針砭能道著癢處，開藥方也對症。
法律制度的變革也是近代化的一項重要任務，針對中國法律刑法、民法不分，沒有憲法的現狀，康有為提出要學習日本仿效泰西法律制度的辦法，不僅要仿西式的法律，改革中國法律體系，而且要設立陪審員和律師制度。康有為的這個設想，後來在清廷實行「新政」之時，由法律專家沈家本實現了。
文化教育的改革，本是康梁這種文化人的專長。在這裡，康有為儘可能地發揮了前階段關於開民智的理論，借學習日本，大力提倡興學校、廢八股，尤其看重日本普及平民教育之舉，