任何一種政權以及政權的領導人都有一個權力的合法性依據的問題。它關係到權力運行的是否順暢和民心民意的向背。儘管傳統社會裡政權都有武力的背景，但馬上得天下的「強人們」卻從不敢懈怠了為自己政權尋找合法性依據。
春秋五霸遙奉那毫無權威的周天子，為的是換來自家霸主身份的合法性。如果沒有哪怕是空頭天子的認可，只憑武力，阻力就會大得多。曹操挾天子以令諸侯，目的就是使自家的權力披上漢天子的外衣。「禪讓」、讖緯都成為改朝換代者取得合法性依據的借口。此外五行輪換、五德交替，以及天相以符人事（即皇權受命於天）的種種理論，都是為皇權尋找合法性依據的大本大源。
明清兩朝的統治者都將尊孔作為獲得或日加強合法性依據的手段，但他們的根本不同在於，前者將驅逐韃虜，恢複中華作為權力主要的合法性依據，而後者正好相反，必須強調胡夷入主中原的合法性（如雍正在《大義覺迷錄》里強調周文王是東夷之人）等的妙論。
合法性依據也可以憑藉長時間而且有效的統治獲得，滿清入關，由於推行剃髮令，曾引起了激烈的反抗，懷有強烈民族情緒的士大夫也長期堅持反清活動，但是，經過較長時間的武力征服與懷柔政策交相施用，滿清穩住了江山，漸漸地，一般老百姓開始習慣了異族統治，而士大夫也紛紛歸順新朝，從而滿清也就獲得了統治的合法地位。
一旦一個朝代確立了其合法性，那麼這個朝代的合法性依據已經有了，但每一個統治者的合法性仍需講求。一般來講，按正常繼承程序繼承皇位的人，有血緣和上屆皇帝的「遺詔」作為依據，大體不成問題。但如果爭位者比較多，爭奪激烈，也會出現疑問，如雍正的繼位，種種謠傳一直傳到清亡仍未止息。他自己跳出來解釋，反而越抹越黑。乾隆以後，由於密詔傳位制度的實行，像他父親繼位那樣的風波消失了，但三傳之後，又出現了他們列祖列宗也難以預料的太后臨朝問題。
我們在前面曾反覆講過，太后臨朝稱制在有清一朝沒有制度上的依據，但是一方面是由於那拉氏身為小皇帝之母的特殊地位，一方面也是她具有的政治實力和手段，她還真的脫穎而出了。
不過，在她垂簾之初，她是巧妙地借用了皇室宗親的地位和招牌，掩飾了她不合祖制的行為，咸豐的親兄弟恭親王奕不僅頂上了清朝廢置已久的議政王的頭銜，而且還兼任握有實權的首席軍機大臣和總理衙門大臣。恭親王以他皇帝至親的身份，直接出面秉政，多少沖淡了那拉氏的違制之舉。
在西太后垂簾的最初十年，西太后的行為是十分謹慎的，擺出了一副勵精圖治的架勢，還時常聽大臣給她宣講經史。而且恭親王也的確擁有實權，實際上是他與西太后在共同掌權，西太后對恭王也相當在意，清朝幾代皇帝為阻止八旗子弟的腐化，曾幾次三番下令禁止旗人看戲（實際上從未真正禁住過），到晚清時節，禁令早弛。西太后本人是個戲迷，但在這個階段，她就是不敢在宮中唱戲。她與恭親王除掉了肅順，但卻仍然重用肅順重用的漢族大臣，卒賴其力，得以剿平太平天國，迎來了所謂的「同治中興」。某種意義上說這是一種新的「王與馬治天下」（東晉時人稱王導與晉帝司馬睿語）。因此，《清史稿》評論這一階段的統治時說：「穆宗沖齡即阼，母后垂簾。同運中興，十年之間，盜賊劃平，中外義安。非夫宮府一體，將相協和，何以臻茲？」剔除其中的諛詞，倒也說出幾分實情。
可是，老天不作美，西太后垂簾垂到十四年的時候，同治帝一病不起，一下子她統治權的依據就要喪失了，這次的危機在某種意義上比咸豐死時還要嚴重，眼看她辛辛苦苦掙來的權力就有付諸東流的可能，據說，西太后曾說：咸豐死時她雖然悲痛（也有幾分高興，因為這給她提供了一個機會），卻「以為猶有穆宗可倚，孰意穆宗至十九歲，遽又夭折，自此予之境遇大變，希望皆絕」。也就是說，西太后統治權的合法性受到了嚴重的挑戰。
不過，這一次的危機也有對她有利的地方，這時的她，已經經過了十幾年統治風雨的考驗，不僅成熟老辣，而且有了「政績」。在祺祥政變時她僅僅憑陰謀，而這時的她已經有人望了。她所缺的只是一個依據，於是她非常迅速地給自己找了一個依據——再給咸豐找一個繼子，好讓自己再當太后。
顯然，這又是一次公然違犯祖制的行為，漫說同治並無親兄弟，就是有，清朝也沒有兄終弟及的傳位傳統，而且在其他朝代，這種方式也是招人詬病的（因為它易招致爭位而使政局動蕩）。所以，西太后的旨意一時受到了相當多的非議，擁立溥字輩（同治的下一輩）的呼聲很高，據說恭親王奕訢也有所參與。居然還有人不識趣地提出用「頒立鐵券」的辦法來確保同治帝嗣子的皇位（實際上就是借題對西太后不為同治立嗣的作法表示抗議）。同治皇后死後，一批朝臣又來借題發揮，紛紛上奏要求給同治後加謚，最後又有人（吳可讀）來了個「尸諫」，把抗議浪潮推向高峰。這些反對聲的目標只有一個，就是動搖西太后統治權的合法性。
費了九牛二虎之力，西太后總算憑著她的聲望、勢力與鐵腕平息了反對的聲音，暫時穩住了她的陣腳，但經此一番波折，她自己也十分清楚，在嗣子的前提下，她統治權的合法性大大成問題了，因此，她不得不再三宣稱「垂簾聽政之舉，本屬一時權宜」，「一俟嗣皇帝典學有成，即行歸政」。
值得注意的是，向她權力合法性發出疑問的，以滿員為多。同治新喪，在立嗣的西暖閣御前會議上，內務府大臣文錫即提出：「請擇溥字輩之賢者而立。」光緒立後，內閣侍讀學士廣安又上奏摺，公然提出什麼宋代宋太宗趙匡義傳子不傳侄的歷史教訓問題，明白地含沙射影。除了這種公開站出來的反抗之外，私下背後的議論肯定更多，恭親王奕訢態度也不明朗，連一向老實聽話的醇親王奕譞，在聽說讓他兒子入繼大統之後，以壯年之軀，居然昏迷倒地，一病不起，顯然他心裡明白這種不合祖制、有違傳承慣例的做法暗含的危機，對驟然降臨於他家門的無妄之福感到莫名驚恐，一時承受不起這個壓力。
對於漢族大臣來說，太后稱制臨朝並不是什麼稀罕事，雖然於經不合，但卻有史有證。由於有西太后的「政績」和積威，他們一般比較容易接受西太后統治這個事實，心中稍感不平的道德感又受到「母子」關係的孝道的撫慰。而吳可讀的尸諫，雖說鬧得沸沸揚揚，但此人此舉並無別人指使，因而不能說有多大代表性，況且此人一向行為怪僻，常有俗稱「冒傻氣」的舉止，人送外號「吳大嫖」，以嘲笑其一次青樓痴行，這說明這位前御史在漢員中聲望不著。而那時頗有名氣的清流黨人，反而都很自覺地站在西太后一邊，巧舌如簧，找出種種不是借口的借口，為之解圍。所以，西太后在垂簾以及以後的把持國政方面，似乎並不太在乎漢臣的反應；而終其統治之期，她都十分在意滿族大臣的態度，也在意自己的行為在旗下輿論中的反響。顯然，這是因為滿員還不習慣這種對祖制一而再，再而三的冒犯，在心理上更難以接受女人統治的緣故。
那麼，為什麼西太后不將統治支點移到漢族大臣這邊，乾脆不理睬那些想不開的滿員呢？顯然，這也是不可能的事情。因為西太后自己就是滿族的一員，而且已經躋身滿族皇室，她不可能忘記她所賴以行使權力的政權的性質，否定了這個性質，她統治的最基本依據就沒有了，因此，她無論如何也要確保滿族大員，尤其是親貴對她統治的支持。
正因為如此，她在光緒承統這個轉折關頭，在陸續整掉了公開表現異議的滿族大臣之後（並非極端手段），又將態度曖昧的恭親王奕從首席軍機與總理衙門大臣等要職的寶座上攆了下來，說他「始尚小心匡弼，繼而委蛇保榮。近年爵位日崇，因循日甚，每於朝廷振作求治之意，謬執成見，不肯實力奉行」。其實是說他於西太后想辦之事「不肯實力奉行」。但是卻接連將醇親王奕譞和禮親王世鐸這兩個滿族宗室親貴推出來，接替奕的遺缺，另外又將額勒和布，徐桐（漢軍旗）等調整入軍機，反而強化了中樞機構的滿旗特色，以換取旗人的支持。
1889年，光緒年滿十八歲，西太后不得不宣布歸政，將一部分處理日常政務的權力交給了光緒。按法理，光緒的權力是制度賦予的，與西太后無涉；但是依情理，他的權力卻是西太后讓給他的，西太后此時雖年逾半百，精力卻依然健旺，頭腦清楚，並且十分有效有力地控制著政權，行使著權力，如果她是個男性，誰也不敢，也不可能指望她會交出權力（哪怕是部分的、名義上的權力），可是現在她必須交出來，必須把自己握熱了的權力拿出來與別人分享。至少在她看來，光緒所擁有的權力是她賜予的。這樣一來，就出現了一個問題，光緒和他周圍的人可能更多地想的是法理，而西太后和她的親信則更在乎情理。雙方在光緒的權力合法性上，從一開始就有了不同的立場。
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