眼下，有關鄉村自治的研究出現了某些實質性的轉機，一些有心人不再斤斤於村民選舉及其程序，而是把目光投到了鄉村治理結構的轉型上。不過，美中不足的是，大家所設計的方案基本上還是在原有的基層行政框架上打轉，只是自治的重心落點有差異而已。其實，現在全國一盤棋式的基層縣、鄉鎮、村的三級架構，本身就是近代以來國家政權極度擴張，最終實現動員性體制的結果，與自治的路徑正好相反，是一種半軍事化的基層結構。很難設想，如果不是為了動員的需要，在中國這樣一個地區差異如此大的國度，各地農村生活狀態、風俗文化、居住習慣、生產方式乃至地形地貌千差萬別，卻整齊劃一地採用三級架構。實際上，中國農村的基層架構，一直到新中國成立，從來沒有統一過。縣以下既有我們常見的保、甲、鄉鎮，也有庄、都、圖、社、約、堡、寨等名目。
歷史留給鄉村自治的是這樣一種面目的基層政權，首先它們帶有很濃的傳統色彩，基本上屬於任務導向的，也就是說，它只關心稅收和秩序的問題，且行政效率低下，而結構相對臃腫（主要指縣級政權，雖然正式官員不多，但書吏往往會有膨脹，至於衙役常常超過限額數倍乃至十數倍）。而且，我們知道，傳統政權關心的重心在秩序的穩定，而且自知其效率的低下，所以一般不介入經濟活動參與經營。但是，我們現在的基層政權，不僅承擔著傳統政府類似的事務，而且還要負有領導當地經濟發展的職責。結果，一方面「拍腦袋」式的「首長工程」在鄉鎮甚至村莊遍地開花，造成大多數鄉鎮陷入了足以令它們破產的債務危機。而且，政府機構自身福利過分地依賴的「創收」，本身已經使政府行為趨向牟利化，各種「富民工程」之所以毫無效益地一個接一個地推開，跟幹部們藉此牟利的強烈動機有關，不折騰點兒事出來，就不好撈錢，就像《紅樓夢》里的賈府一樣，只有大興土木建園子，各色人等有了差事，才有機會，儘管「廟」要破產，但裡面的方丈和某些和尚卻因此而富了起來。個中的邏輯也很簡單，既然鼓勵政府自己創收，那麼就沒有理由阻止官員為自己牟利。另一方面，剛剛從行政體系中剝離出來的半行政機構，諸如電力、電信、保險等等部門理直氣壯地走向牟利化，壟斷性和強制性地向農民榨取高額利潤，它們的行為往往又和基層政府行為攪在一起，強化了本來就已經政府行為的牟利趨向。也就是說，我們現在的基層政府，已經成為具有傳統特色的牟利機構。
其次，我們的基層結構，仍然帶有過去動員體制的色彩。不僅治理架構是劃一的半軍事化的殘餘，而且基本的政治運作方式也還是「運動」，只不過，過去運動是喊口號整人，現在運動是喊口號整錢。
不言而喻，在這樣一種基層政權的架構里，留給民間的空間實在是太小了，目前進行的村民選舉，即使都能按民主程序進行，也能選出符合村民意願的村民委員會，實際上仍然難以實現自治，一方面，以任務導向的政府在面對各種上面下來的剛性任務，必須剛性地執行，根本不允許村級架構有任何討價還價的餘地。另一方面，政府和半政府部門的盈利需要也必須滿足，否則它們就無法生存。不用說，在這兩條剛性的管道面前，村委會連談判的可能都沒有多少，更何況自治。況且，我們現在的行政村並非自然形成的結構，村委會也不是村民自願結成的組織。我在調查中發現，凡是在農民自發組成的鄉社組織中，農民中產生的負責人往往都很有責任感，較少腐敗行為，而村幹部則不然，即使參加村民委員會競選的村民，抱有藉此牟利動機的也不在少數（顯然，這符合農民傳統的思維，當官為了發財）。由於政府組織和非政府組織的性質不同，廁身其間的農民對它們的期待也不同。
因此，鄉村自治比較適宜的出路，在我看來只能是鄉鎮政權的退出，取消鄉鎮一級的行政架構，各地農村按照自己的情況，因地制宜地實現自治。如果村已經形成了自治能力，村民委員會和黨組織已經成為具有經營和對外談判能力的村民組織核心，那麼不妨依舊架構自治。已經被大公司吞噬的村莊，可以按公司模式自治，而更多的村莊，則可以利用村社的自組織結構，形成各種面目各種形式的村社聯合體，這種聯合體，實際上就是秦暉先生所說的「小共同體」。村社聯合體形成之後，由聯合體出面與國家政權（縣級）和外面的公共事業的大公司達成契約，在稅收、司法、計畫生育以及各種有償的公共產品的供給方面實行團體負責制，避免國家政權與單個的農民交易這種尷尬的局面。這種縣以下的鄉村共同體，可以根據各地的具體情況形成各種規模，隨著給予農民「國民待遇」，大量農民進入中心城市，那麼很多村莊可以合併，剩下的小的可以比村還小，大的可以相當大，甚至在有些地方，只要條件成熟，都可以組成一個農民的城市，只要它具備了相應的經濟含量和人口，到了那時，農民也就轉化為市民了。農民的自治市，也許可以為中國的城市化提供一條新路，顯然，它與我們前階段人為的自上而下的小城鎮建設是有本質不同的。
對於這種方案，最大的問題也許就是在農村中原有的組織資源遭到嚴重破壞的今天，農村還能否產生自發的鄉社組織，會不會導致黑惡勢力抬頭，導致農村社會惡化？對於第一個疑問，我認為答案是明確的，儘管現在農村的自組織資源已經遭到了摧毀性的破壞，已經不存在原來意義上的鄉紳，從前的宗族、祭祀、娛樂和互助性的村社組織基本上都被取締了。但是，這並不意味著農民就不能組織起來了，實際上，現在學者所觀察到的農民「原子化」的現象，並不是農民自己樂意的結果，我們長期的政治高壓和空洞化的道德訴求無疑要對此負責任。其實，對於農民而言，組織化（不是那種動員體制的組織）是他們的一種基本的需求，在解放前，農村中實際存在著各種各樣的鄉社團體，不僅有各種鬆散的花會、香會、社火會，還有各種名目的社、以及武術和自衛團體，更有各種宗教和半宗教團體，它們的存在，實際上是反映了農民的某種生存需要，而且，這些組織絕大多數並不是鄉紳主導的。今天，隨著改革的進程，我們看到，農村中民間的組織又有死灰復燃的跡象，現在農村的民間組織大體上有三種，一是原有鄉社團體，如花會、香會和廟會、宗族團體等等的再次復興，其中有的組織凝聚力相當強，已經開始為成員提供某些公共產品。二是新興的農村非政府組織，即NGO，農民自己組織的產生經營組織。三是各種宗教組織，有民間宗教也有基督教團體，其中有合法與半合法的，也有所謂的天主教地下教會組織和非法的宗教組織。一般來說，國家對於這三種組織，除了現代性的NGO還能限制性地以予認可之外，其他的兩種，基本上取遏制態度，至少是不樂意為它們民政登記。
至於後一個問題，毫無疑問，凡是政府認定的非法組織，政府都可以取締，對於組織中出現的黑惡勢力的苗頭，當然也必須以予打擊，但是。社會秩序的維護不能還沿襲過去組織控制的思路，應該切實走上法制化的軌道。其實，不僅僅對那些非法組織，就算是對社會無害的民間組織，也要依法管理，只是用不著事事都操控在自己手裡。更不要將所有的宗教組織都視為洪水猛獸，其實就算是基督教（包括天主教）組織，也並不具備與政府對抗的意識，甚至連這種意圖都沒有，這些組織的發展，客觀地說，對社會治理只有好處。
在農村外部的力量，包括關心三農問題的學人們，最需要做的，就是幫助農民恢複組織能力，提高他們的管理水平，輸入外部的信息，建立相應的管道。也就是說，我們最應該做的是幫助鄉村重建，再一次做當年米氏父子、晏陽初和梁漱溟做過的事情。
當然，最關鍵的是在當前的農村中，依然存在著自組織的積極性和自組織的能力，過去的鄉紳雖然不可能重現，但鄉村中卻不缺乏能人，尤其不缺乏組織民間組織的人。只要農村的環境足夠寬鬆，鄉村的民間組織自然而然地就會發展起來，而那些出外打工者中的精英，包括一部分大城市難以消化的大中專學生，至少有一部分會轉回來發展，形成新的「鄉紳」。