除了紅槍會以外，軍閥政治的另一個反彈，就是中國20世紀的農民運動。它反映了由於在軍閥統治下，混亂無序的農村政治狀況使得農民不僅無法再按從前的模式生活，其忍受和適應能力已經臻於極限，甚至有些地方連最基本的生活條件都難以滿足，農村的整個經濟和生活已經崩潰或者按費孝通先生的話是癱瘓了，中國農村進入了一個對造反最嚮往的時代，因為真真切切地除了鎖鏈沒有什麼可以失去的了。紅槍會現象的出現，是農民對暴虐權力的一種反抗，不是農民都非常樂意用這種舊模式進行反抗，僅僅是因為他們沒有新的模式可以利用，一旦出現了新的反抗工具，農民其實是十分樂意採納的，大革命時期遍及南北的農民運動就是一種新的反抗形式，是一種農民力求以這種形式改變日益惡化的權力結構的嘗試。
20世紀20年代的農民運動無疑是具有共產主義色彩的，也可以說是中國共產主義運動的一部分，但是，這個運動又是在當時的政權框架內進行的合法鬥爭，在運動之初甚至具有很鮮明的農村改良性質。曇花一現的蕭山農民協會雖然有過抗租的過激行為（把下鄉收租的地主打了一頓），但他們的口號不過是「減租四成」和反抗苛捐雜稅，還有一些破除迷信和婦女放足的主張。同樣短命的湖南衡山白果鄉的農民運動也是如此，雖然行動上跟個別地主有些衝突，但他們的主張沒有超過農民生活改良和婦女解放的範圍。比較成功的海陸豐農民運動，在最初能夠吸引農民，就是因為彭湃組織的農民協會一出手就為本鄉的農民做了三件事：一是用勸和與施加壓力的辦法，解決了地主隨意奪佃和加租的問題，這種做法實際上對地主也未必無利，因為減少了劇烈的衝突；二是幫助農民取消了城裡的土霸勒索農民運糞的「碼頭稅」（這是彭湃利用他當地社會名流的身份，與政府交涉的結果）；三是在當地成功地調解了多起農民當中發生的糾紛。後來海豐縣農民協會成立，所做的就是為農民辦好事，比如辦農民學校，農民子弟讀書不花錢，教的又是農民特別喜歡而實用的東西，比如計數、打算盤、寫信、認識農具等；還成立農民藥房，為農民看病；再就是成立仲裁部為農民調解糾紛。至於減租抗租都還是後來才做的事情。除了這幾個比較出名的地方之外，全國其他地方也有不少CY（共青團）身份的青年學生暑假到農村搞「鄉村教育」，像湖北黃岡的「平民教育社」，當然他們所關注的基本上是破除迷信和婦女放足這類「移風易俗」的問題。應該說，這一時期共產黨人所做的與當時其他知識分子的農村改造和教育活動並沒有本質的區別，大量浮在面上的「鄉村教育」雖然沒有受到鄉紳和土豪們的反對，但農民卻一副聽者藐藐的樣子，甚至還有反感。後來惲代英等人接連發表文章，認為共產黨和共青團員到農村去，不顧農民的意願，一味搞「打菩薩」「放小腳」的事情是不對的，明確指出：「回鄉以後，最好不要從破除迷信、改良風俗等運動下手。」因為「這是很多人試驗過而都失敗了的」。
早期的農民運動其發動者大多是當地鄉紳富戶的子弟，如蕭山衙前的沈玄廬、廣東海陸豐的彭湃等。在當地農民眼裡，他們其實與原來好心而且開明的鄉紳並無不同，甚至就是那些人的再現。而那些暑期到鄉下破除迷信的青年學生（無論是CP——共產黨員，還是CY），不過是些閑極無聊下鄉尋開心的富家子弟罷了。對於前者農民似乎有親和感，而對於後者卻很不以為然。不過，農民運動能否站住腳，往往取決於當地軍閥和地方精英的態度，那些暑期下鄉的學生娃農民雖然不喜歡，地方精英對他們的行動也無可無不可，很少加以干涉。可對於那些能夠吸引和鼓動起農民加入農民協會的共產黨人，他們卻明顯地表現出敵意，一旦發生衝突，軍閥很自然地站在地方精英一邊，湖南白果和浙江蕭山的農民運動之所以曇花一現，就是如此。而海陸豐的農民運動之所以能發展起來，除了領導人的策略高明之外，很大程度上是因為統治海陸豐的軍閥陳炯明在那時有意表現出來的「社會主義」的開明姿態，彭湃恰是利用了統治軍閥與地方精英的矛盾和不協調，才得以將廣東海陸豐農運做大。
從某種意義上講，沈玄廬和彭湃的行為，與前面提到的某些參加領導紅槍會的新式知識分子有相似之處，都是新式知識分子與農民力量的結合，他們都看到了蘊藏在農民中間巨大的組織力和破壞力，但是，紅槍會的知識分子由於利用的是舊模式，落後迷信的外殼卡死了這種結合的前程，而彭湃以及後來毛澤東他們的行動，卻可以發展成為一場改天換地的大革命。彭湃的實踐也證明，只要有效地利用矛盾，善於發動和組織農民中的反抗因素，農民運動是完全可以站住腳的。連年的軍閥統治與混戰，使得農民中的反抗因素已經積成了澆滿燃油的柴堆，只要有火種，或者軍閥統治出現空隙（陳炯明的開明也是鑒於以往軍閥統治的殘暴無序而做的調整，也可算是一種空隙），普遍的反抗就會出現，紅槍會是一種，農民協會也是一種。
當然，與紅槍會相比，早期的農民協會具有更多的和平性質，並沒有打出武裝反抗軍閥的旗幟，甚至看不出有這方面的意圖。而紅槍會一登台就張起武裝的大旗，雖然也有原有的地方勢力表示的敵對意圖，但相當多的精英（尤其是原有的鄉紳）卻表現出了歡迎姿態。因為紅槍會高發的地方面臨著軍閥混戰的壓力，戰爭的到來，往往玉石俱焚，連非豪強性質的地方土圍子有時也難免為軍閥所吞併，至於那些武化程度不高的鄉紳，戰爭的危險就更大，所以他們樂意投身這種馬上就可以看到自衛效果的組織，而且，那些地方原來就對紅槍會這種固有的社會組織具有親和力，至於這種組織從邊緣上升為中心，這也是政府功能退化，鄉紳們的一種不得已的選擇。但是，農民協會則是一種前所未見的結構，這種知識分子和貧苦農民的直接結合，使他們感到了某種深刻的不協調、某種根深蒂固的反叛，它凸顯在固有的鄉村社會結構上面，令精英們無法安放。只要農民協會的改良吸引了部分的農民，取得了一些效果，就會引起大部分原地方精英的敵視，與紅槍會不一樣，除了極個別特別開明的鄉紳之外，很少有地方精英會對農民協會懷有善意。顯然，對於原來的地方精英而言，新冒出來的農民協會是一種具有敵意的勢力，它的出現已經侵入了他們原有的地盤，侵奪了他們原有的部分權力，比如鄉社調解權和興辦公益事業（如辦學）的權力，有的地方像海陸豐，由於領導人的特別卓越，農會甚至將各鄉的，花會也團結在周圍，取得了更大範圍的文化權力。儘管紅槍會對權力的侵奪更多，更厲害，但由於戰爭的壓力，他們能容忍，由於紅槍會這種結構他們比較熟悉，他們自信能駕馭，所以，地方精英對於新生的農民協會和「古老」的紅槍會採取了兩種似乎是截然不同的態度。
農民協會與紅槍會的根本不同，還在於它基本上是一個從貧苦農民為主體的組織，一個擁有激進的口號，切實的策略和知識分子領導的以佃農和僱農為主的團體。誠然，知識分子只有脫下長衫，收起學生腔，與農民打成一片才可能發動農民運動（彭湃、毛澤東等人都有類似的經驗），但即使跟農民有了共同語言，穿戴與農民一樣了，信服他們的農民依然不會把他們當做自己的一員，對於農民來說，這些讓他們感到親切的讀書人還是些了不起的大人物，是可以拯救他們出苦難的能人和超人。在農民中間很容易產生對這些知識分子的崇拜。一個知識分子高高在上，民眾眾星拱月式的農民團體當然不見得什麼新鮮，但問題是這個團體不僅有當時世界最時髦的理論支撐，而且一直力求保持自己窮人團體的形象，作為領導的知識分子往往著意去發展那些最窮的農民作為農會的幹部，而不是那些文化素質較高的其他人；反過來，越是窮苦的農民對農會的依賴就越強烈，參加活動也更踴躍。還在基本上屬於和平發展時期的廣東農民運動，就已經顯現出這種徵兆，第三屆的廣州農民運動講習所，基本上都是廣東學員，總共128人中，其中有鄉村學生29人、工人4人、小商人1人、軍人2人、自耕農20人、佃農72人。佃農佔56.25%，居絕對優勢地位。這個統計數字似乎可以說明農會這個鄉村新結構的性質和發展趨勢。這一點，也是引起地方精英普遍恐慌和敵視的原因之一，像紅槍會這樣的組織，或早或晚都有變為富人工具的可能，而農會卻沒有這種可能，或者大體上沒有這種可能。
顯然，農民協會要想生存和發展，絕不可能在某些「好軍閥」的庇護下，靠給農民做好事維持下去，軍閥和豪紳不允許，領導農運的共產黨人也不允許，因為他們在當時中國的使命就是革命。儘管當時的共產黨人主要精力集中在國共合作上，對農民和農村並沒有給予應有的重視，但少數參與農民運動的人和生存下來的農民協會自己都意識到了組織自己的武裝和打出鮮明的反抗軍閥旗幟的必要性和緊迫性。海陸豐的農民協會很自然地就開始組織農民武裝——農民自衛軍，與政府（陳炯明治下的）的衝突