張文祥刺馬，是晚清第一號大案和奇案。說它大，是因為清朝分量最重的方面大員兩江總督，當街被刺。說它奇，是因為兇手雖然當場遭擒，經反覆審訊，案子其實並沒有破，最後只得攀上莫須有的海盜，草草收場。在那時，慣例是案子破不了就扯到海盜頭上，反正海盜虛無縹緲，抓不住，逮不著。
可有意思的是，案子出來不久，其實並不真的了解真相的老百姓，卻給案子編出了一個故事，故事越編越像，最後的情節大概是這樣的，馬新貽在參與平叛的過程中，被長毛的將領張文祥等人俘獲，但是馬新貽卻成功地說服了張文祥他們歸順朝廷，並與之結為兄弟，從此，幾位歸順者在馬的手下為將，而馬看上了其中的一位（一說姓曹，一說姓陳，還有一說姓彭）的妻子，為了霸佔結義兄弟的妻子，借故殺之，張文祥憤而離去，發誓為友報仇，隱忍若干年後，終於有了機會，一擊成功。
一個具有很明顯的政治意味的大案，變成了一場倫理道德江湖道義的正邪之爭，用今天的眼光看，還有幾分像是男女情色糾葛。馬新貽殺人命占人妻，蔑視江湖道義，張文祥挺身仗義，為民除害。其實，把馬案扯到男女之事上，在當時只是傳聞的一種，更具政治陰謀色彩的傳聞，比如馬新貽跟淮系丁日昌的糾葛，比如湘系的地盤之爭，比如馬與回亂的關係等等（馬新貽系回民），都無人理睬。顯然，只有這種事，老百姓才喜歡，也可以演繹出更多更豐富的情節來。從晚清到民國，評書、彈詞、京劇、話劇演個沒完，前不久，還有人根據這個故事，拍了部電影《兄弟》。
這個故事，最大的破綻是，實際上找不到馬新貽曾經被俘的證據，只要沒了這個環節，整個故事就連不起來。況且，就算有這麼回事，身為文人的馬新貽，在幾個昔日的長毛手握重兵，在麾下任職的時候，似乎不大可能為了一個女人，冒這樣大的風險，除非他是個愛情至上主義者，顯然，在那個時代的中國，這種人幾乎是不存在的，至少在朝廷命官中不可能存在。
從行刺的表現看，張文祥很像是個職業刺客。時機選擇，行動把握，最後一擊，乾淨利落。由於是一人做事，沒找幫手（顯然是為了不牽扯更多的人），因此也無法安排退路，無退路，也就不逃了。遭擒之後，前後三個大員審訊，無論是江寧將軍魁玉，漕督張之萬，還是回任江督的曾國藩，威脅利誘，大刑伺候，始終堅不吐實。
這樣老謀深算行動果斷的好手，如果說沒有背後主使，花重金收買，僅僅是審訊出來的那個說不清道不白的個人原因，什麼妻子跟人跑了告狀不準，什麼開小押（賭博）而遭到禁止，是很難服人的。但背後主使為誰？當時人有兩種猜測，一是說跟淮系的地方大員丁日昌有關，因為丁的兒子縱奴殺傷人命，承辦案件的人就是馬新貽。一說則是跟湘軍舊部有關，說是這些人因馬是回民，懷疑他的忠誠。
在我看來，刺馬案很非常有可能跟當時的時政有關，張文祥背後多半有人，找這些人，有兩個方向可以考慮。其一，是湘淮軍的勢力。我們知道，打平長毛，使清朝死而復生，最大的功勞是湘淮軍。湘淮軍之後，中國的政局就進入了一個督撫專權的半軍閥時代，地盤的爭奪，是最大的勢力紛爭。清朝有兩個總督職位是最重要的，一個是直隸總督，可以兼北洋大臣，直接影響朝政；一個是兩江總督，兼南洋大臣，控制江南財賦之地。而天下甫定，朝廷就用一個跟湘淮勢力無關的人佔了兩江總督的位子。在朝廷，也許是一種牽制，就像抬高左宗棠打壓曾國藩和李鴻章一樣，但在湘淮勢力看來，則是一種對自己的削弱，或者無視。仗剛打完，原本是要大家按功勞和實力分贓的，馬新貽雖然也在戰爭中溜邊攙和過，實在算不得什麼了不得的功臣，這麼快就爬到這麼重要的位置上，沒人服氣，一句話，不公平。殺了馬新貽，給朝廷一點顏色看看，讓分配回歸「公平」，無疑是一種合理的選擇。
其二，被曾國藩解散的湘軍舊部，也很值得懷疑。研究幫會史的人都知道，自太平天國滅亡，幫會進入了一個大發展的時期，在很大程度上，是被解散的湘軍舊部，進入了幫會。曾國藩知道，他創立湘軍，開創了清朝兵為將有的新體制，這種「私兵」，為朝廷平叛當然可以，但也未嘗不可自己獨立，割土裂疆，乃至推翻朝廷。作為理學家的曾國藩，既沒有心思奪了朝廷的鳥位，也不想朝廷猜忌他另有所圖，所以，選擇了一股腦把二十幾萬湘軍解散掉。此舉，他把自己洗乾淨了，可是，幾十萬跟著他的大兵可倒了血霉。在那個時代，出來吃糧當兵，是一輩子的事，不圖升官發財，也圖個養老送終，那時候沒有軍轉幹部安置這回事，凡是當兵的，只要不死，就要在軍隊里吃一輩子。少數人固然可能升上去，做地方官，還有人搶東西搶多了，回鄉做土財主。但是多數人，包括大量有軍功，而得不到應有的酬勞之輩（湘軍里，掙得頭品頂戴而還做哨官，有二品功牌當士兵的，比比皆是），卻還指望著自己的部隊呢。因此，這些人從此進入黑社會，搖身一變，成為幫會的骨幹，一點都不奇怪。這些人搞起幫會，要干件大事揚名立萬，選擇非湘淮系的馬新貽下手，幹了之後，再製造一點有關馬新貽如何不仗義的緋聞，非常有可能。事實上，從此以後，青紅幫在長江流域，就成了一個無法忽視的力量。
其實當時的朝廷，也未嘗對此沒有覺察。案發之後，馬上派曾國藩回任，就是一個信號，而且對丁日昌一點追究之意也無。看來西太后老佛爺知道，此事固然「甚奇」（西太后見曾國藩時語），但不宜深究，還要賣給湘淮系一個面子，此時，此事，大概只有曾國藩，才能鎮得住局面。