此後李世民與玄奘來往甚頻，多次將其召入宮中深談，每至夏天到玉華宮避暑之時，玄奘也隨同前去，一面譯經一面與李世民探討佛理。
李世民研討佛理，對其內心有何作用，後人不得而知。然有一件事很明顯，即是其心態開始平和起來，與其出征高麗前的躁怒心態相較，二者差距甚大。
高延壽這日稟報道：「自從龜茲（今新疆庫車）王伐疊逝去後，其弟訶黎布失畢繼位，已二度不來朝貢。臣等以為，應該向其問罪。」
龜茲與焉耆接壤，在焉耆的西南方向，國土橫約千里，縱約六百里。國內盛產麻、麥、粳稻、葡萄、黃金等，是一個富庶的綠洲小國。
李世民問道：「那乙毗射匱可汗依舊不答應聘禮嗎？」
「乙毗射匱可汗實在無禮，一年多來未有迴音。」高延壽答道。
「嗯，龜茲王仗其勢，所以不來朝，亦在情理之中。」李世民不屑地說道。
乙毗射匱可汗為泥孰可汗的孫子，貞觀十八年，泥孰可汗死，李世民冊其孫為乙毗射匱可汗。
貞觀年間以來，李世民一直採取扶植泥孰可汗來打擊肆葉護可汗的措施。焉耆之戰後，肆葉護可汗的勢力被削弱許多。及乙毗射匱可汗繼位，其藉助唐朝支持之力，接連發起攻擊，將肆葉護可汗的勢力逐到吐火國以西。如此，西域的形勢發生突變，乙毗射匱可汗開始在西域逞強。當是時，唐朝設置的安西都護府的治所依舊在西州，向西僅名義上控制焉耆。
乙毗射匱可汗得勢之後，即遣使入長安向李世民請婚。
李世民答應下嫁公主，但提出了一個條件：「須割龜茲、于闐（今新疆和田）、疏勒（今新疆喀什）、朱俱波（今新疆葉城）、蔥嶺（今新疆塔什庫爾干）五國以為聘禮。」
這五國皆為沙漠綠洲國家，以綠洲灌溉農桑業為主，是時在乙毗射匱可汗的控制下。李世民所以提出此議，是想直接控制易於屯兵鎮守的農耕區，再對以游牧為主的突厥人實施羈縻統治。
孰料乙毗射匱可汗沒有了下文，這期間，他還辦了一件令李世民更為惱火的事，即是派兵進入焉耆，以圖控制該國。只是因為李世民嚴令斥責，他才很不情願地退了兵馬。
李世民目視長孫無忌道：「無忌，你看此人勢弱之時，什麼事都能答應。現在有了實力，頓時變了嘴臉。可見四夷之事，一味以德綏之，有時並無用處。」
長孫無忌點頭道：「陛下所言甚是。突厥人與中國交往多年，向來是這等脾氣。強則依，弱則欺，若一味以德綏之，斷沒有好的結果。陛下，前幾年我國忙於漠北及高麗之事，現在漠北已平，諸部落歸附，高麗也是疲於奔命，我們可以抽出手來對付西域之事。」
李世民問道：「高麗那裡最近有何動靜？」
馬周答道：「臣剛接到營州上表，言稱程名振率舟師入高麗境內襲擾一陣之後，李尚書與張儉領兵渡過遼水，猛攻南蘇等五城，已破其兵焚其城郭而還。」
李世民贊道：「李世真英雄也！如此一來，那蓋蘇文無暇西顧，焦頭爛額忙於應付國內之事。無忌，你說得對，這麼多年來，突厥人為朕心中的最大一塊心病，現在要把西域的事辦好。」
要辦好西域的事，勢必要以乙毗射匱可汗為敵。如此一來，唐朝多年來奉行的扶植泥孰系西突厥的方略要有大的改變。
李世民果然問道：「玄齡，阿史那步真、阿史那賀魯一直在京嗎？」
房玄齡答：「皆在。」阿史那步真、阿史那賀魯自高昌與焉耆之戰後先後降唐，被授為將軍，留居在京。
「此二人誰在舊部最有影響？」
「阿史那步真已降唐多年，年齡已老，若二人相較，自然是阿史那賀魯在舊部中尚有號召力。」房玄齡答道。
「嗯，阿史那賀魯之舊部現在居於庭州莫賀城吧？如此，可在莫賀城置瑤池都督府，歸安西都護府節制，可授阿史那賀魯為瑤池都督。」
馬周答應後準備擬旨。
李世民重新起用阿史那賀魯，其意圖非常明顯，即是想以瑤池都督府為根本，讓阿史那賀魯想法召集肆葉護可汗潰逃後留在當地的殘部，以圖牽制乙毗射匱可汗。
西域形勢固然錯綜複雜，然究其根本，畢竟是大唐與西突厥在那裡互相角力的結果。如此兩股力量相較，終有一方敗下。大唐國勢既強，內部又鐵板一塊，反觀西突厥，其內部四分五裂，紛爭不已，註定為失敗的命運。
阿史那賀魯被授為瑤池都督，到任後召集肆葉護可汗的殘部，勢力漸強，起到了牽制西突厥泥孰系的結果。然乙毗射匱可汗勢力被大大削弱之後，阿史那賀魯感覺羽翼漸豐，又看到李世民駕崩，遂起兵叛唐，終被大唐撲滅，這些都是後話。
長孫無忌說道：「陛下，設立瑤池都督府以牽制乙毗射匱可汗，其勢太慢。如今焉耆已在郭孝恪節制之下，若發兵再取龜茲，即可斷乙毗射匱可汗之雙臂，使其不敢東顧。臣願帶兵前去征討。」
李世民搖頭道：「無忌，總兵出戰非你之長，今後若有征討機會，你不可出戰，居京調度即可。朕以前征戰時多勝，若現在動輒親征，未必全勝。所謂術業有專攻，打仗的事，今後應該由薛仁貴等人去辦。」他停頓了一下，繼續說道：「龜茲王無禮，應該征討。只是如何征討，須妥善為之。治兒，你以為該用何法？」
李治稍微一思索，既而答道：「兒臣讀父皇《帝范》之《閱武》篇，見其中寫道：『夫兵甲者，國之兇器也。上地雖廣，好戰則民凋；邦境雖安，忘戰則民殆。』兒臣體會父皇聖意，如今國內安靜，不可妄動刀兵。然龜茲王無禮，其欲與乙毗射匱可汗相連，非征討不可。兒臣憶起上次焉耆之戰，未從國內調兵，由郭孝恪領邊兵討之即勝，兒臣以為討龜茲時可沿用此法。」
李世民頗為讚許李治此言，說道：「你能這樣說，不枉朕與諸臣對你多日的訓導。不錯，非征討龜茲不可。朕這樣做，非是一味想謀求土地，龜茲向來與中國一體，將其納入中國一統之中，非為侵略，實為國脈之必須。不過，此戰明裡征討龜茲，暗裡卻為威懾乙毗射匱可汗，郭孝恪的那點兵馬，就有些過於單薄了。」
長孫無忌介面道：「陛下，臣意讓薛仁貴領兵十萬，與郭孝恪合兵一處，即可使此戰完勝。」
「不可！治兒剛才說了，為務求國內安靜，不宜從國內調兵；再者，薛仁貴畢竟未歷許多戰陣，讓他帶如此多的兵馬，朕有些不放心。」
馬周能識李世民的心意，遂稟道：「陛下，漠北諸部歸化中國之後，皆渴望有建功立業的機會。臣以為，此戰不用從國中調兵，可發契苾部、突厥部等兵，另讓吐谷渾、吐蕃出兵協助，即可完成兵力部署。」
李世民大喜，說道：「馬卿之言，與朕意相合。一者，這些部落與西域接近，勿用長途跋涉；二者，諸部之兵以馬騎為主，具有迅猛勁擊的能耐。不錯，就這麼辦了。」
其實馬周所言，其最大好處為不用從中國調兵，這樣最合李世民心意。
後數日，李世民詔令下：授阿史那社爾為昆丘道行軍大總管，契苾何力為副大總管。讓他們統領契苾部及突厥部十餘萬兵馬，並節制吐谷渾、吐蕃所部兵馬，前往西州與安西都護郭孝恪會合。
自從玄奘歸國後，大唐與天竺的關係漸漸升溫，李世民與戒日王互相佩服，雖遠隔萬里猶當面相對，二國遣使不絕。
貞觀二十一年冬，李世民派東宮右衛率王玄策為使，帶領隨從三十餘人，自長安出發，沿途經過吐谷渾、吐蕃、泥婆羅出使天竺。
王玄策一路上雖行艱險之地，然諸國皆與大唐友好，又有驛使前後招待，王玄策等人一路行得還算安穩。與玄奘的萬里孤征相比，實有天淵之別。
王玄策行到天竺地面，就見其國中大亂。其遣左右詢問所以，原來戒日王近日忽然得病逝去。
天竺國向來一分為四，戒日王勢強之時，控制著東西天竺，南天竺雖未完全降服，明面上還是表示臣服戒日王。如今戒日王逝去的消息傳揚出去，諸國張目觀察，觀看中天竺的下步動靜。這時，戒日王之臣阿羅那順採用威強手法，自立為王。
阿羅那順本性凶暴，向來在諸國中的口碑不好。戒日王在日，可以斂其惡性，不給予其實權。現在戒日王剛死，阿羅那順認為再沒有人能夠羈絆自己，遂派人暗殺了國相羯羅畢試，以號令天竺。
天竺聞聽阿羅那順自立為王，頓時嘩然。一些勢弱小國不敢吭聲，也就罷了，南天竺的一些勢強之國則表示從此自立，不再稱臣。
王玄策隨行之人得知此情，紛紛勸王玄策就此回頭，待天竺平靜之後再來出使。王玄策不同意，認為不可半途而廢，遂帶領從人到達阿羅那順的都城——茶和羅城，要求面見阿羅那順。
阿羅那順現在忙於應付國內焦頭爛額之事，沒有心思接見中國使者。這時，其下人稟報說中國使者攜帶有大量的財物，阿