齊王反叛引出了太子黨意欲逼宮之事，彷彿晴空萬里的頭頂上，突然被沉沉烏雲所籠罩。房玄齡、蕭瑀、高士廉、長孫無忌、褚遂良、孫伏伽、劉德威、馬周等人受命審理此案，可見李世民對此案重視的程度。這些人不敢怠慢，出宮後迅速趕往政事堂，開始商議如何辦理此案。
蕭瑀畢竟年齡最長，且與李家淵源頗深，房玄齡提議由其總理此務。
有紇干承基和賀蘭楚石的供詞在前，審訊一干人犯相對容易一些。李安儼、杜荷、趙節等人聽說紇干承基已舉報此案，又見皇上差朝中如此多的重臣來審理此案，先是抵擋了一陣，到了最後終於低下頭來，對其中事實供認不諱。
蕭瑀、高士廉、長孫無忌和房玄齡四人入殿中省，來到囚居李承乾之屋。
李承乾被軟禁之後，隱約知道自己密謀之事被父皇知悉，就在屋中長吁短嘆，以淚洗面，顏面憔悴，彷彿換了一個人兒。四人入屋內看到李承乾的這番模樣，心中的滋味一時難辨。
李承乾心中還存有一絲僥倖，問高士廉道：「舅姥爺，孫兒莫名其妙被圈禁至此，不知犯了什麼事？你們前來，莫非是來解救我嗎？」
高士廉長嘆一聲，說道：「承乾呀，你好好做你的太子，何必妄生邪念，以致被皇上不容呢？唉，你自己做下的事，別人怕救你不得。」
李承乾聽見此話，臉色頓時變得煞白，轉向長孫無忌道：「舅舅，你素愛甥兒。承乾無知，難免做出一些錯事。望你在父皇面前，多替承乾擔待一些。」
長孫無忌搖搖頭道：「承乾，你平時愛胡鬧，畢竟是小事。你這次闖的禍太大，舅舅就是再愛你也救你不得。唉，我想不出你如此柔弱的性子，怎麼也能做出犯上的事。」
李承乾見事已至此，知道參與密謀之人中，已有人將事抖了出來，自己就是再百般辯解，亦終歸無用。他將心一橫，走上前來扯住高士廉與長孫無忌之手，跪倒在地，淚水如瀑，泣道：「舅姥爺，舅舅，我做出這種事實在不該。可是呀，我身為太子，為何出此下策？若不是李泰邀寵父皇，欲經營太子之位，我能有此作為嗎？」
四人默然無言，他們久在李世民身側，知道此事的來歷。究其淵源若不是李世民偏愛李泰，使李泰產生了奪嫡之心，李承乾好好地做他的太子，何至於生出逼宮之心？
蕭瑀嘆道：「太子，不管前因如何，這等事畢竟是你自己做出來的。居太子之位，須以仁孝之心為要，不可產生窺測之心。你到了這般境地，再言其他終歸無用。我勸你到了皇上面前，唯有誠懇求情，方為免罪的法子。」
李承乾直視蕭瑀道：「蕭公，莫非父皇要廢了我的太子之位嗎？」
蕭瑀搖搖頭，說道：「按照律法，謀逆之罪當誅。你能保住性命，即是皇上的仁慈，難道你還奢望保住太子之位嗎？」
房玄齡默默地注視著李承乾的舉動，心中生出了一些感嘆。自古有言「虎父無犬子」，然李世民的眾多兒子中，沒有一人有李世民這樣的能耐。你沒能耐也就罷了，好好地做你的太子和親王，也可以富貴一生，然李承乾和李祐不能判斷形勢，竟然想起事為亂，實在不智。
四人見李承乾喋喋不休申訴自己受逼於魏王，然已經承認了與李元昌、侯君集密謀之事。他們覺得已經達到了前來問詢的目的，皆不想再看李承乾的可憐相，遂在唏噓聲中步出門外。
那李承乾看到眾人離去，忽然緊跨幾步，撲通一聲跪下，嚷道：「舅姥爺，舅舅，我向你們跪下了。望你們到父皇面前，訴說我的無奈之舉，好歹要救我一命。」
長孫無忌是看著李承乾長大的，知道這名外甥固然愛好嬉戲，然心地不壞，亦無大惡，對其有著愛憐之情。他扭頭看到李承乾淚流滿面的樣子，心中忽然生起柔情，遂折回頭又跨入室內，一把將李承乾扶起來，哽咽道：「承乾啊，你犯了如此大罪，我和你舅姥爺也難以救你，再想保住太子之位，眼見是不能了。你這些天在這裡，千萬不能胡思亂想，皇上面前，我和你舅姥爺說什麼也要替你保下命來。」
高士廉也走過來，說道：「承乾，這一點你儘管放心。我待會兒再向蕭公和玄齡他們說項，讓他們一同聯名保你性命。」
李承乾知道高士廉和長孫無忌在父皇面前的分量，到了此時，臉上方有一些血色。
侯君集卻是另外一番態度，面對孫伏伽和劉德威等人的提審，他滿臉不屑之色，壓根兒就不承認自己參與了謀反之事。待孫伏伽和劉德威拿出紇干承基等人的伏辯，他將眼睛一翻，罵道：「老子官居上品，怎麼會與此等小人打交道？老子一生征戰無數，有討伐吐蕃、吐谷渾、高昌國之功，我若想謀反，早就反了，豈能受這般小人的攀誣？」說到最後，他將眼皮一合，不再理他們。
蕭瑀看到眾人犯的供詞，就對眾人說道：「太子密謀逼宮之事，雖未實施，然他們聚謀日久，各人有分工，行事有步驟，現在可以斷定：其反形已具。侯君集至今未吐一字，然在其他人的證言面前，可以交叉互證，縱然他百般抵賴，亦無礙大局。我認為，此案已然審訊終結，可以向皇上稟報了。」
房玄齡心存憐憫，說道：「若將此案定為反形已具，則太子以下皆為大罪。按照律法，須誅滅九族。如此，此案勢必牽連人數眾多，將成為我朝建立以來第一大案。」
眾人默然，皆知此案牽連人數眾多，若按律嚴懲，勢必血流成河。
馬周打破沉默，率先說道：「皇上主政以來，多次說過要寬法慎刑。我們考究此案，感到其反形已具，然其做事隱秘，在朝野中未形成大的風波。我意可以懲其首惡，不問其妻子及親戚。」
褚遂良微微搖頭，說道：「馬周所言，實有道理。只是……只是皇上的心意，我們一時難辨呀。」
「怎麼會一時難辨呢？」長孫無忌不解地問道。
「皇上經歷了齊王反叛，其心緒已然大壞。現在又牽出了太子之案，我觀其神色，盛怒無比。若在這個當兒再說寬法慎刑，只怕皇上不好答應。」
蕭瑀言道：「阿彌陀佛，救人一命，勝造七級浮屠。皇上英明睿智，他肯定明白這個道理。若皇上一時不明，我們要眾志成城，努力來諫止皇上。遂良，我們就按馬周所言而行，不能因皇上一時不解而擔憂。」
蕭瑀一錘定音，眾人按此調子準備有關案卷，然後一同找李世民稟報。
李世民這一段時間心情大壞，他呆在宮中不願出外。可以想像，李承乾、李祐接連舉亂，對他的震動非常之大。
他聽罷蕭瑀等人對此案的審理結果，一時無語，良久方問道：「那侯君集果然不願招認嗎？」
孫伏伽答道：「侯君集入獄之後，一直對問詢之人不理不睬，且大呼冤枉。」
李世民沉吟道：「孫卿，侯君集畢竟是功臣。你要告訴獄卒，讓他們不許虧待侯君集一分。」
「臣奉旨。」
李世民環視眾人道：「這樣吧，朕先見太子和侯君集一面，然後再議。唉，朕已經壞了一個兒子，現在又來一個，讓朕如何面對天下啊。」
侯君集在孫伏伽的帶領下來到太極殿西暖閣，侯君集進門叩伏道：「臣侯君集受人攀誣，陛下要替臣做主啊。」
李世民坐著不動，斥道：「你應該自稱罪人，何來矯情之語？朕現在問你：你參與太子之案，是你主動聯絡？還是遂太子之請？」
侯君集抬眼道：「臣一生追隨陛下，怎麼敢起謀反之心呢？」
「哼，你莫非想欺朕為盲目之人嗎？你克平高昌，為大功一件，然私取珍寶，亦該受罪。你自稱隨朕多年，難道不知道朕賞罰分明嗎？你不思其過，反而對朕產生怨懟之心。」
「臣不敢起怨懟之心。」
「朕問你，那次史大柰來京去府中看你，當時你對他挑撥些什麼？朕一直隱忍不言，是想你能早改其過，誰知你變本加厲，竟然參與太子一黨來與朕作對！」
侯君集又叩頭道：「臣實在不敢有負皇上。」
李世民嘆了一口氣，說道：「你起來吧，坐下說話。你我君臣多年，朕實在不願意看到今日場面。你這些日子呆在獄中，孫伏伽沒有虧待你吧？朕念你為凌煙閣功臣，不忍讓獄吏加刑於你。可你到了朕的面前，兀自嘴硬，你以為一味抵賴就可以矇混過關嗎？」
侯君集立起身來不敢坐下，在那裡垂肩低頭而立。
李世民看到侯君集堅持不肯承認參與謀反之事，又憶起李靖昔日之語。心想此人心志如鐵，其久在身側，心裡有了反意，遇到一個機會就會跳出來，因思人之稟性發乎天成，靠一味懷仁和勸說，那是勉強不來的。他招手向孫伏伽示意，說道：「去把賀蘭楚石帶進來。」
孫伏伽知道侯君集到了皇上面前，也不會輕易承認自己參與謀反之事，早作了準備，已將紇干承基和賀蘭楚石從獄中提出帶入宮中，另將從東宮搜來的有關侯君集的文書檔案也帶在身側。