對比他的軍事手段，1806年末拿破崙開始運用經濟手段對抗英國。11月21日，他發布了所謂的《柏林敕令》，在他的影響和控制之下關閉所有對英國通商的港口，實際上涉及大陸所有港口，並宣布封鎖英國所有口岸。一年以後，幾乎就在這一天，英國發布了一系列樞密院君令中最嚴厲的一個，宣布封鎖所有法國港口，任何船隻不許進入任何法國港口，除非它首先停靠英國港口。幾周後，拿破崙扣留了應該抓捕的船隻，如果船隻在法國控制的任何港口卸貨之前曾經到過英國港口。這些只是兩位領導人所採取的更重要的措施和反制措施的一部分，正在變成世界範圍內的鬥爭。所有這一切嚴重侵犯了中立國的權利以及那時已經達成的國際法。拿破崙1796年的敕令引起同樣性質的一場小規模競爭，直到五年後他放棄了這項政策，幾乎使自己捲入了同美國和其他中立國的戰爭。然而，這些控制經濟的早期努力相對而言是不重要的，但後來，他實際上把權力延伸到整個大陸，他禁不住又一次企圖通過扼殺英國的商貿，使這個依然不屈的大國坐下來講和。
在戰爭的後來歲月中，英國的確被迫遭受了可怕的艱難和貧困，我們將在下一章專門討論。已經習以為常的和日益增長的世界貿易的大部分被迫中止，在這個島國不僅造成嚴重的食品短缺和隨之而來的缺貨行市，還有失業，因為快速增長的工業人口生產的商品失去了市場。另一方面，拿破崙沒有充分估計到他的敵人的堅不可摧的頑強，也沒有充分估計到這個事實，即他的政策將會激起新的敵人。那些年主政英國的坎寧、卡斯爾雷和其他托利黨人絲毫沒有法國皇帝的天才，但他們有人民作為堅強後盾，以及一種與他進行不屈鬥爭的不可動搖的決心，最後大陸半數的人民將被迫下定同樣的決心。
如果說控制了海洋的英國因貿易的崩潰而受盡了苦難，大陸人民也一樣，他們需要食品、熱帶產品，以及英國獨家生產的製造業商品。使他們像英國人一樣挺身而出的，也不是主要由拿破崙導致的匱乏，而是他們認識到必須為自己的自由和獨立而戰鬥。事實上，英國逐漸被那些人認作朋友和救星，在拿破崙為維持其大陸體系作為真正的反英國武器而認為有必要採取的措施中，這些人正在被迅速疏離。
誠然，英國獲得了大部分剩餘的熱帶地區和其他邊遠的物資補給地區：1806年重新且永久地獲得了開普殖民地、印度洋的法屬島嶼、富庶的荷屬爪哇島、西印度群島，以及南美洲的法屬和荷屬島嶼及大陸，包括荷屬蓋亞那、庫拉索島、馬提尼克島、瓜德羅普島，以及丹屬（Danish）諸島。戰爭結束時這些島嶼許多都歸還了，但是英國取得了與它們的貿易，而其敵人看到他們富庶的熱帶帝國正在消失。在這個時候，英國開拓了自己的市場，開啟了與南美的西班牙殖民地的有利可圖的聯繫，儘管這種聯繫還很脆弱，這些殖民地那時已經在考慮反叛西班牙了。
另一方面，沿著大陸的整個北部、西部和南部海岸線，有不計其數的港埠，英國利用它們來做走私貿易，為人民提供急需的商品；還有一些入口，日益成為拿破崙徒勞地力求使之嚴密無隙的大陸體系中的漏洞。由於教皇拒絕關閉他的口岸，拿破崙佔領了教皇國並最終把教皇逐出流放，給他與天主教的關係造成了災難性的影響。他要關閉西班牙港口的努力與那裡的人民起義和隨後的半島戰役有很大關係，後者是他倒台的決定性因素之一。如荷蘭一樣，達爾馬提亞（Dalmatian）海岸被兼并，全然不顧海岸以東的德意志國家的權利。瑞典沒有採取實際行動去執行敕令，而俄國逐漸與法國產生裂痕，實際上逐漸把對外貿易恢複到正常狀態。1811年是最關鍵的一年，儘管樞密院君令直到1812年才廢除，因太晚而未能阻止美國加入反對英國的戰爭，其原因我們將馬上討論。到那一年，拿破崙的權力基礎正在迅速瓦解。
拿破崙決定鎮壓西班牙的叛亂，把英國人趕出葡萄牙，並把他的一位最好的助手馬塞納派遣到那裡；而英國人由從印度召回來的亞瑟·韋爾斯利爵士即後來鼎鼎大名的威靈頓子爵和公爵指揮。我們不需要詳述這場戰役中時運的變遷興衰，直到1813年法國人最後被逐出整個半島。威靈頓工作的主要和無比重大的價值在於他消耗著皇帝的軍事資源。
1812年拿破崙向俄國宣戰。他不得不丟下西班牙這個爛攤子，在他致命的遠征中帶著六十萬人向那個帝國長驅直入。俄國人不斷後撤，誘使他前所未有地深入國土，其間只有過一次交戰。10月他到達莫斯科，發現是一座空城，次日火光衝天。面對俄國的冬天在平原上無處掩身、沒有補給的恐懼，他也不曾事先安排，這位看似不可戰勝的征服者開始了他歷史上災難性的撤退。白雪皚皚，大地冰封，雪虐風饕，他帶向滅頂之災的六十萬人中，只有不到兩萬在返回途中步履蹣跚地走出他們進來要征服的帝國邊界。
大事一件接一件地上演。拿破崙招募了一支新的規模較小的男童子軍。他的人力資源消耗殆盡。奧匈帝國加入俄國反對他。他在德累斯頓戰役中又一次獲勝，但在萊比錫戰役中遭到慘敗。1814年春，俄國人、普魯士人、奧地利人進入巴黎，把這位淪落的皇帝流放到厄爾巴島。波旁王朝復辟。