最後，1804年12月，拿破崙迫使西班牙參戰。這似乎為他利用西班牙的港口和艦隊開闢了一條途徑。計畫被制定出來，就是在條件有利時由一個或數個法國海軍分隊潛行越過障礙，加入他們在加的斯（Cadiz）的西班牙盟軍，然後聯合艦隊直奔英屬西印度群島，如果可能的話就奪取它們，但不論如何都要誘惑英國海軍去追捕。然後法西聯合艦隊將立即返回，對英國人隱蔽行蹤，在英國人之前到達海峽，英國人將會搜尋他們，那時就知道是怎麼一回事了。
這個計畫雖然太複雜，但幾乎成功了。法國海軍上將維倫紐夫利用有利時機確實使自己的船隊離開土倫，讓納爾遜摸不透他的目的地。在沒有電台和其他快捷通訊的時代，納爾遜花了一個月時間試圖鎖定他的位置，而不知道他已經加入了加的斯的西班牙人，並且駛向西印度群島。部分是根據進一步的情報，主要是基於他自己直覺的天才，納爾遜有些感覺到正在發生的事，出發追尋，及時到達西印度群島挽救了他們，並使敵人艦隊又一次橫渡大西洋，儘管在茫茫大海的漂浮中還不確定敵人的意圖。突然一陣靈感，納爾遜意識到了拿破崙的整個戰略，儘管西印度群島的人請求他留下來，但他率部以最快的速度向加的斯進發，幾乎與敵人同時抵達歐洲。他加強了守衛地中海的艦隊，然後駛向海峽。拿破崙被挫敗了。法國海軍與西班牙海軍經過短暫分開之後在加的斯匯合，納爾遜從英國的維多利亞港出發，與科靈伍德和遠離該港的封鎖分艦隊匯合。
維倫紐夫雖然有三十三艘軍艦對抗納爾遜的二十七艘，但他知道自己不是對手。另一方面，納爾遜充滿了必勝的信心，只要他能夠把敵國艦隊引出海。幸運的是，拿破崙命令那位不情願的指揮官就赴厄運，就在納爾遜精心策劃的那一天，讓後者取得特拉法加的偉大勝利，這或許是歷史上最具決定性的海軍事件。1805年10月21日早晨，納爾遜升起司令旗，向全體艦隊下達了那條著名的命令：「英國期待每個人恪盡職責。」至下午4時30分，敵人被完全擊敗。一艘軍艦被炸毀，二十一艘在當時或隨後被俘獲。當一場可怕的大風暴襲來時，其餘的艦船落荒而逃。從此英國對海洋的控制無可爭議了。
然而勝利的代價是不可估量的，因為納爾遜犧牲了。他的名聲如此閃耀，國人對他的愛如此深切，以致當凱旋的艦隊回到他使之成為海上霸主的這個島國時，他去世的消息立即使欣喜轉為悲痛。他的才能如此卓越，要是他在尼羅河戰役中犧牲而不是在特拉法加，世界歷史會大大改變。然而命運如此安排，他的確為英國而犧牲，他拯救了國家並把它推上了頂峰，就如他的塑像今天在帝國心臟的特拉法加廣場高高聳立。
很難不帶情感地去描寫他的最後時刻。有史以來最偉大的海軍統帥，在危急時刻挽救了歷史上最大的海上帝國。他身上有著許多英國人特有的情懷甚至感傷情緒，加上永不言敗的勇氣、職業上的和生理上的超自信，以及對祖國的完全的獻身精神。在他彌留之際，戰鬥獲勝了，他牽掛著自己的祖國和親人。他與漢密爾頓夫人的愛情故事眾人皆知。當旗艦艦長托馬斯·哈代來到他身邊，納爾遜說：「不要把我扔到船外去。你知道怎麼做。」然後說道：「照顧可憐的漢密爾頓夫人。吻我，哈代。」哈代彎下腰吻了他的臉頰。納爾遜的傷情急轉直下，他又一次對醫生說：「記住我留下漢密爾頓夫人和我的女兒霍雷希婭作為對祖國的遺產——永遠不要忘記霍雷希婭。」他最後的遺言是：「感謝主，我恪守了自己的職責。主和我的祖國。」在為英國奉獻了無與倫比的服務和作出了最大的犧牲之後，一位最偉大的英國人的靈魂遁入空冥。