華為在企業管理上也走過一段粗放式增長的時期，儘管華為的管理越來越精細化和規範化，但是很多環節仍然存在著一些問題。儘管從2000年開始華為公司的財務部門已經參與成本核算，但是公司還是缺乏前瞻性的預算管理—中國絕大部分企業很難做到這點，但這卻是跨國企業擅長的。比如，每個產品的定價和成本核算等工作，都擁有一套完整的制度和運作流程，以確保每一單都能清楚地計算出成本和利潤。
據華為研究所的一位測試工程師介紹，華為在產品研發環節中由於測試不嚴格等原因產生大量廢料，他認為這些浪費大多其實是可以避免的。事實上，近幾年，隨著業務的突飛猛進，華為的利潤率卻逐年下滑。華為發布的2007年的年報顯示，華為的營業利潤率從2003年的19%下降到了2007年的7%，凈利潤率則從14%下降到了5%。
當時，儘管華為的擴張步伐強勁，但是如何在保持高速增長的同時，進一步提高贏利水平，成為華為必須解決的問題。任正非正是認識到這個問題的嚴重性，才在2007年初親自寫信向IBM「求助」。把規範的財務流程植入到華為公司的整個運營流程中，實現收入與利潤的平衡發展，告別不計成本的「土狼式」野蠻衝鋒，才能更有效地支持全球化運營和增長。
此前，華為公司和絕大多數中國企業一樣，財務部門還沒有參與每個產品的定價和成本核算，主要還停留在傳統的財會角色上。規模小的時候，公司還可以人為控制風險，但是，就華為來說，隨著公司的規模越來越大、業務全球化、供應鏈越來越長，客戶差異也越來越大，如果沒有一個全球化的財務管理，財務風險將難以控制。
於是，任正非本著「棄粗放，求集約」的財務管理原則，以市場管理、集成產品開發、集成供應鏈和客戶關係管理為主幹流程，輔以財務、人力資源等變革項目，全面展開公司業務流程變革，引入業界實用的最佳實踐，並建設了支撐這種運作的完整IT架構。
在流程變革最艱難的1999～2000年間，IBM的管理顧問對華為管理上存在的問題作出了階段性總結：「華為沒有時間把事情一次性做好，卻有足夠的時間將事情一做再做。華為公司等級森嚴，缺乏溝通文化，導致他們試圖通過各種組織調整和會議來解決問題。很快，任正非意識到，華為過去賴以成功的企業文化中的某些因素現在變成了管理變革的阻礙。」
任正非認為，華為管理變革的真正困難在「體用之爭」層面。華為引入IBM的管理方法被看做是純粹西方的現代管理理念，但公司內部的思維方式仍然是「中國式」的，或者說是「過去的華為式」的。這種「中學為體、西學為用」的思維方式在員工層面形成了「體用割裂」的行為方式，這種看起來不符合規範的行為習慣改變起來非常困難。
不過，任正非同樣反對「全盤西化」，他認為這是從一個極端走向另一個極端，與「中學為體、西學為用」一樣，都不是也不可能是國際化的正確選擇。在2000年，任正非提出了著名的「灰色理論」，這即是他哲學思維的體現，也是華為文化變革方向的概述。
「灰色理論」就是黑與白、是與非之間的地帶；灰色的含義就是不走極端，在繼承的基礎上變革，在穩定的基礎上創新，在堅持原則和適度靈活中處理企業中的各種矛盾和悖論。
華為在2002年初對總監級以上的高級管理者進行了為期幾天的封閉培訓，邀請北京大學哲學系和中國社會科學院的8名學者講授東方文化與哲學思想及新教倫理與資本主義精神等西方哲學思想。任正非希望藉此開拓高層的視野，重塑他們的思維模式，為管理變革的深入推進打下思想基礎。
任正非相信，日本、韓國等亞洲企業走向世界級的過程中，都曾經歷過企業文化變革的痛苦歷程，也曾經為跨越文化障礙交過高昂學費。因此，只有建立符合世界級企業需要的企業文化，華為的業務流程變革才能真正取得成功。
在選擇自己的企業文化問題上，任正非強調，東方智慧固然重要，但要實現華為的國際化，必須實現「道術合一」；華為要超越「體用之爭」，把企業文化融入到制度中才是企業文化傳承的最佳方式。而這種企業文化與制度的融合過程本身就需要一種新的催化劑—人的職業化。
從2000年開始，任正非有意識地減少表面「運動量」並逐漸淡出人們的視野，他不再像過去一樣注重以「搞運動」的方式調動員工的工作熱情，更多時候，他會談論以集成產品開發、集成供應鏈管理為重點的管理變革的意義和具體內容。「公司正在做的一切工作都是在稀釋文化和情感的影響。」
任正非曾在幹部大會上說：「如果不首先建立起與國際接軌的流程化組織和職業化的員工隊伍的話，則不可能在高端的產品及市場領域與競爭對手抗衡，更無法實施收購兼并策略，因為一群青紗帳里走出來的『農民』絕不可能去運營國際化的現代企業，也無從去消化買回家來的『西式大餐』。」
任正非強調：「我們要的是成功，不是口號，有人說華為運行得平平靜靜，沒什麼新聞，是不是沒戲了。我們說這叫『靜水潛流』。表面很平靜的水流，下面的水可能很深很急。我們現在一步步地改革，就是為了讓你們的心情也平靜下來，隨著潮流慢慢走。華為現在很平靜，說明公司已經逐漸規範化了。」
於是，華為藉助一系列手段，如任職資格制度、五級雙通道職業發展路線等，來推動員工的職業化水平。最終，華為的員工職業化與管理變革成為一個方向上的兩條線。職業化的人與管理創新之間的「排斥反應」大幅度減少。
為了早日實現世界級企業的發展目標，華為對公司的「外交」文化也作出了修正。在《華為的紅旗還能扛多久》一文中，任正非提出了「你中有我、我中有你」的戰略構想：
和平與發展是國家之間的主旋律，開放與合作是企業之間的大趨勢，大家都考慮到未來世界誰都不可能獨霸一方，只有加強合作，你中有我，我中有你，才能獲得更大的共同利益。
所以他們願意給我們提供一些機會。這種廣泛對等的合作，使我們的優勢很快得到提升，可以迅速推出很多新的產品，使我們能在很短時間內提供和外國公司一樣的服務。
從華為對產品研發的認識和實踐上，可以清晰地看到任正非對企業發展規律理解的持續深化。華為當年也是靠代理別人的產品起家，隨後開始開發自己的產品，這是一般企業都能做到的事情。
接著，華為將交換機產品所獲得的利潤投入到光網路產品和智能網產品中，又將這些產品獲得的利潤繼續投入到無線通信產品中去。這種以一個產品的成功推動下一個產品的成功的接力思路也很自然。
但是，企業最困難的是掌握產品開發的規律，從而具備持續高效的研發能力，這就需要建立一套先進的、規範的研發管理體系，通過這套機制來保障產品開發源源不斷地取得成功。華為投入逾10億元，耗時5年的集成產品開發，就是為了實現這種高效的研發機制。
而華為強力推行的員工績效管理和任職資格管理體系，即優勝劣汰、群體人才成長的人力資源管理機制，使企業的人才隊伍可以在競爭和學習中不斷地優化、優化、再優化，通過這種持續的「淘金」過程，構建出了一支超越國內所有競爭對手的團隊。
2005年，任正非在為中共廣東省委作華為發展歷程的報告中，清晰地闡述了他對企業發展戰略的哲學思維和方法論：「要達到優先滿足客戶需求的目標，就必須進行持續的管理變革。只有持續的管理變革，才能真正構築端到端的流程，才能真正職業化、國際化，達到業界最佳的運作水平。這個端到端的流程，輸入端是市場，輸出端也是市場。這個端到端必須快捷有效，流程順暢。如果達到快速的服務，就會降低人工成本、財務成本、管理成本。其實，端到端的改革就是對企業內部管理體系進行科學的改革，從而形成一支最精簡的隊伍。」
經過10多年不斷的改進，目前，華為的管理體系已經初步與國際接軌，從而承受住了公司業務持續高速增長和國際化帶來的嚴峻考驗。從國際級客戶的評價中可以看到，如果沒有經歷這些管理變革，華為不可能在2003年之後分別通過英國電信和沃達豐的認證，躋身國際一流電信網路解決方案提供商的行列。