費淳等人接到皇帝的詔書，進一步地深挖細查，很快便查明，在藩司方面，瞻柱任內虛收之數量多，有十九萬餘兩；顏檢任內次之，為六萬二千餘兩；鄭錦任內為二萬二千餘兩；同興任內為二萬餘兩。在總督方面，顏檢任內最多，虛收銀達二十萬八千餘兩：胡秀堂任內次之，為六萬二千餘兩，梁肯堂任內二萬二千餘兩；陳大文任內為七千餘兩；熊枚任內為二千六百餘兩；姜晟任內為一千五百餘兩。
嘉慶皇帝接到如此詳細的報告，對費淳等人的工作甚為滿意，很快傳下命令，直隸司書王麗南及州縣官陳錫鈺、徐承勛等二十餘人抵法，處以極刑並查抄家產；對於失察的歷任直隸總督、藩司，亦各按其任內虛收數目多寡，分別予以懲治，除病故多員外均交部嚴加議處，侵虧各數，俱令在各任總督、藩司名下分賠；已故各員，亦當責令其家屬按數追繳，對於在職的人員，也很快給予處理。現任總督顏檢革職，充軍發配至烏魯木齊贖罪；同興亦革職；姜晟、陳大文、熊枚降為四品京堂；襲行簡在藩司及署督任內，均有虛收情況，但他在交接時，曾奏明藩庫款項未清，著慶格接手後查辦，故給予革職留任；吳熊光在接任藩司時，對前任之虛收情況未有查出，雖有失察之咎，但在本人任期內，由於對下屬管察較為嚴格，未有虛收情況，故只交部議處。
嘉慶皇帝一次處理如此眾多的地方大員，這對於後來心慈手軟的嘉慶皇帝來說，雖不可說是絕無僅有，但也著實不多見。各級官員似乎從嘉慶皇帝的這一舉動中看出，嘉慶皇帝懲治腐敗，不再只是掛在口頭上的了，要動真格的了，一些平時行為不端、手腳不幹凈的官員也要有所收斂了。
一次處理如此眾多的地方大員，各級官員在感受著皇威的震懾。當然，作為皇帝的嘉慶心裡也十分不平靜，一個問題久久地縈繞在他的腦際之中，究竟什麼原因使得這些地方官員膽敢如此鋌而走險？從這件事中應該吸取什麼教訓呢？
這一天上得早朝，各位文武大臣分別呈上奏章後，嘉慶帝問道：「各位愛卿，還有什麼要啟奏的嗎？」
眾位大臣齊聲回答；「啟奏完畢，吾皇萬歲、萬歲、萬萬歲！」
按照慣例，這些大臣們以為皇帝問到這話，該是退朝的時候，他們也該去各自辦自己署中的事了，哪曾想嘉慶帝話鋒一轉：「古人云：『以銅為鏡，可以正衣冠；以史為鑒，可以明得失！』眾位愛卿，直隸司書王麗南一案雖已過去，該處罰的也處罰了，其他官員們也都以此為戒，但我想問一下大家，這樣牽扯人員如此之多，作案時間如此之長的案件，為什麼會發生呢？請各位愛卿發表發表高見。」
皇上這麼一問，可真把諸位大臣給問住了。要知道，處理王麗南一案，皇帝的決心之大是十分少見的，且凡是有所牽連的都受到了懲處，大家都唯恐避之而不及，誰敢輕易在皇帝面前談到此事，倘若言語中稍有不慎，被認為與此案有牽連，那可真要吃不了兜著走。誰知皇帝葫蘆里又賣的是什麼葯。大家你看看我，我看看你，似乎都想到了一點上，只聽大家齊聲高喊：「臣下愚昧，吾皇聖明，願聽吾皇高見，請皇上不賜教。」
看著叩頭如搗蒜的諸位大臣，嘉慶帝似乎明白了大家的心思，道：「諸位愛卿，既然你們不願講，我就講給大家聽一聽，望大家從中吸取教訓……」
嘉慶帝銳利的目光掃視了大家一眼，眾大聲齊聲高喊：「願聽皇上教誨。」
嘉慶皇帝清了清嗓子說道：「直隸司書王麗南一案之所以能夠發生，我認為主要有兩個方面的原因。第一，主要是制度不嚴。俗話說，國有國法，家有家法，沒有規矩不能成方圓，每個部門都應該有自己周密、詳盡、嚴格的制度，杜絕一切可能出現的漏洞，否則的話，就可能為一些心存不良的人鑽了空子。直隸司書王麗南之所以能長期以來以假印弊，還不是因為直隸的立法不嚴，杜弊不周，闒茸因循，至於此極。通過此案，對於今後直隸的藩庫及各州縣的批解銀兩，應該如何定立章程、定立哪些制度，從哪些方面去堵塞漏洞，我已經責成直隸有關方面的主要負責人員裘行簡、慶格等人認真研究，仔細斟酌，考慮一個周全的方案上奏我處，也好為其它各地借鑒。這第二點原因，當然是用人方面。朕深為憂慮的就是，方今中外吏治貪墨者多，疲玩者多，因循觀望，大臣不肯實心，而不少人僅知道的是自保身家，如何陞官，如何發財，這、這、能不是國家的憂患嗎？……」
嘉慶皇帝說著說著動了感情，停了一下又繼續說：「各位愛卿都知道，我大清朝建立至今已有一百多年的，列祖列宗留下的各種法規也不可謂不全，但仍然不時出現這種或那種案件，這根本原因就在於用人，因為任何制度都是人執行的。有了制度，大家都能夠自覺地執行，那當然令諸事皆順。如果僅有制度，大家不去認真執行，那制度就形同虛設，成了聾子的耳朵——擺設，那制度就沒有一點用了。直隸總督府以前也不能說沒有一點制度，關鍵在於各任官員沒有認真地督察、執行，才給那些奸吏以可乘之機，幾乎直隸各任總督、藩司在任職期間都出現過虛收、冒支，那唯有吳熊光任內沒有出現過虛收。原因何在？」
嘉慶帝說著掃視了大家一眼，又繼續說道：「原因很明顯，就在於人是如何執行制度。我們從審案過程中知道，那些被訊問的人員都承認，吳熊光任內之所以沒出現虛收，是由於吳熊光督察嚴格，他們都憚其查察，不敢作弊，由此我們可以看出，同一職守，實心任事與庸碌因循，情況就大不一樣。諸位愛卿，你們以為如何？」
「皇上所言極是，切中肯肇，臣下受益非淺。」
眾大聲齊聲答道。客觀而言，嘉慶皇帝的總結，應該說是擊中了問題的一些要害，當然，作為封建專制的最高統治者——皇帝，他是認識不到，貪官污吏之所以層出不窮，其根本原因就在封建專制制度本身。
發了一通如此的議論，嘉慶輕輕地「吁」了一口氣，心裡似乎輕鬆了一些，王麗南一案暫時平息了，但一波未平，一波又起。
此時，一位武官打扮的人在太監的引領下來到了嘉慶皇帝的御座跟前，但見那人「撲嗵」一聲跪倒，先是一陣嚎陶大哭，哭得嘉慶帝莫名其妙。嘉慶帝畢竟是一國之尊，胸有成府，有容人的海量，耐著性子等那人哭完之後，和顏悅色地問道：「你有何事，有什麼委屈，請慢慢地說來，朕為你作主！」
「我乃受水師提督派遣，特來向我皇彙報近來海疆情事！」
來人答道。「海疆情事，近來海疆情況怎麼樣了？」
嘉慶急切地問道。
嘉慶皇帝自從即大位以來，有兩件事是最令嘉慶帝感到頭疼和棘手的，第一件事就是前面已經敘述的：嘉慶帝即位的第一年，公元1796年，川、楚一帶就爆發了大規模的白蓮教農民起義，嘉慶帝和其太上皇老子乾隆皇帝一起絞盡腦汁，使出渾身解數，調集各省人馬，能征慣戰之將士，放手鼓勵地方豪強自辦團練武裝，靡費國庫銀近億兩，幾乎花光了其祖上的多年的積蓄。為彌補此次虧空，嘉慶一朝甚至公開幹了賣官鬻爵的事，歷時九年，才鎮壓住這次大規模的農民起義軍。正因為被川、楚白蓮教農民起義軍團得焦頭爛額，嘉慶帝連為其老子乾隆皇帝的葬禮也沒能隆隆重重地舉行，這不能不是那位自稱「十全老人」的皇帝身後的一件憾事，也令嘉慶帝感到耿耿於懷。而令嘉慶帝感到十分頭疼的第二件事，就是浙、閩、粵等地海盜不斷滋事，擾得沿海居民無法生產和安定地生活，因為這海盜不是一般的地痞、流氓、行為不端分子所為，而是內外勾結，兵匪一家，勢力甚為強大。這外部勢力是嘉慶帝感到最為棘手的因素之一。
乾隆五十一年，清朝的藩屬國安南發生了一場爭權奪利的內亂。安南國內的阮光平、阮光纘父子（俗稱「新阮」）發動政變，從其國王黎維祁手中奪去政權。這一行為引起了黎維祁的外甥阮福映（俗稱「舊阮」）的強烈不滿，他遂以正統自居，號召人民群眾起來反抗，最後雖然阮光平、阮光纘父子基本上鞏固了統治，阮福映的勢力也仍舊存在。「新阮」雖然經過一番爭戰取得政權，但是也處於國破民窮，財政困難的境地，為維護其統治，阮氏父子就唆使其官兵出海為盜，掠得錢財與阮氏政權「分紅」，從而彌補其財政上的一部分虧空。這些海盜的目標首當其衝地就指向了勢單力薄的中國商人，同時不斷騷擾沿海居民，沿海居民為此災害連連，叫苦不迭。乾隆皇帝曾因此發兵征討安南，暫時解決了問題。但是到了嘉慶在位時，海盜仍常年出沒於沿海，特別是嘉慶二年，一批海盜在羅亞三的率領下竄至中國沿海，為非作歹，作惡多端，引起沿海人民的強烈憤怒，震動了清廷。清朝出動水師，經過艱苦作戰，俘獲了這批海盜。經嚴刑拷打審訊，查明這批海盜的頭目為羅亞三，內有安南總兵官十二人，安南烏槽一萬餘號，並有繳獲的官印、旗幟等實物為據，這都足以證明海盜實受安南國王阮氏的支持。此時正被農民起義困擾得焦頭爛額