嘉慶一連作出許多重大的舉措後，不久，朱珪抵達北京，直奔永忠殿哭臨。皇上拉著朱珪的手痛哭失聲，幾年來，他如履薄冰，受了多少委屈，如今，終於有了傾訴心聲的人；雖然親政，他仍戰戰兢兢，百廢待興，如何做起，他焦慮不安。如今老師來了，他最可信任的人來了，他能不痛哭失聲嗎？
嘉慶帝命朱珪值南書房，任戶部尚書。朱珪走馬上任，奏曰：「數年來百姓苦甚，當減免賦稅，平抑物價。至於軍隊糧響，臣以為軍在精而不在多，故軍中不可再加軍餉；而且，軍中將官剋扣挪用者甚多，當下旨嚴詞制止。」
嘉慶曰：「所言甚是。朕想，若百姓安居樂業，賦人也就無藏身之地與衣食供給。」
「是啊，若輕搖薄賦，百姓就可安居樂業。」
嘉慶帝對朱珪言聽計從，每每談到深夜。一天，在上書房中，皇上道：「朕甚愛這味余書室，故現在並沒讓於皇子等作書房，仍為朕用。朕不忍離去此室，實在懷念與師傅相處的那段歲月。」
朱珪道：「臣見皇上如今聖明靈聰，甚感欣慰，大清必又蒸蒸日上，繁榮昌盛。有一事，臣須奏皇上罷之。先朝於文章詩詞一脈，搜索太苛，不惟遏止文治興隆，而且使文人學子人人自危。寫詩作文低毀本朝，就如桀犬吠堯。聖人大公無私，如日在中天，什麼不能容納得下？如果把那些詩文毀棄或藉此造成大獄，那麼私自藏匿者更多，這是堵塞治水的辦法。何況更多的詩文並不是低毀本朝，只不過是捕風捉影，穿鑿附會而已。」
於是清朝文字獄至嘉慶親政時結束。
朝野上下見嘉慶帝親近賢臣，崇尚節儉，勤政愛民，於是社會風氣在漸漸地好轉。
一天，朱珪又向嘉慶帝奏道：「皇上，尹壯圖以鯁直受到朝野的稱讚，先皇也喜歡他的憨直，何不召他來京。」
內閣學士尹壯圖被召還京師，他本是在多年前奏劾和珅，批評時政，而被迫回家養母的。尹壯圖剛到北京，見了嘉慶帝，馬上就向皇上奏道：
「現在的當務之急，是盪清白蓮教匪。但是，這還不是最根本的最急迫的，最急迫的事情，莫過於整頓吏治。現在各種陋習相沿，督撫司道經過所屬州縣，隨從動輒百餘人，公館五六處。他們索取供應，以致州縣借口向百姓攤派。京城出差的大員，經過下面各省，督撫司道迎送，每天跟隨，不離左右，途中宴請不斷，吃喝不斷；每到一處，地方都送上許多禮物。督撫司道衙門的鋪設器用，修繕房物的費用，乃至餵養馬匹、乘坐的轎子、家中的涼棚煤炭等等，皆巧立名目由公款報銷，或者由所在州縣承辦，攤派到百姓身上。府衙整日設宴征歌，蓄養優伶，每一次宴會犒賞，竟多達百金。這些風氣，如果不掃除蕩滌，那麼最終就會使國家衰亡。風氣日趨浮華，人心習成狡詐，屬員以討好巴結為能事，上司以下官逢迎為可喜，這種種事情，須要大刀闊斧。徹底整治。吏治日見澄清，賊匪自然消滅，賊匪不過是癬芥之疾，吏治實為腹心之患，決不能諱疾忌醫，以致病人膏育。」
嘉慶看罷尹壯圖的奏摺，雖覺是良心，但感到苦口。便對朱珪道：「尹壯圖真乃骨鯁之士。」
朱珪道：「壯圖所言，句句要害，當行之。」
嘉慶帝於是下詔號召朝野揭露弊政，訐劾貪污腐化之官吏。
果然，一連串的大案一個個揭發出來。
首先，羅國俊揭發出了僅次於王直望的清朝貪污大案——鄭源璹貪污案。
羅國俊，湖南湘鄉人，任禮部左侍郎，他雖然不是專職言官，但為人尚氣節，恥奔競，性剛烈，遇事無所依違。嘉慶帝號召揭發貪污的詔書頒發後，即上書奏劾鄭源璹道：「布政史鄭源璹需索屬員多金，方准到任，備員借書役為之幹辦，縱氣嚇詐浮收，苦累百姓。」
嘉慶帝接奏後即革鄭源璹職交姜晟審問，並諭令：「將鄭源璹任所盜財，即行嚴密查抄，毋任隱寄。」
案件很快查清，鄭源璹在湖南任布政使期間，貪污府庫銀八萬餘兩，署內眷屬三百人，自蓄優伶，服官奢侈，其勒索屬下銀兩不計其數。
嘉慶帝命將鄭源璹立即斬首並諭：
「諸直省大吏，宴會酒食，率以屬首縣，首縣復斂於諸州縣，率皆朘小民之脂膏，供大吏之娛樂，展轉前源，受害仍在吾民。通諭諸直省，須俊改積習，絕戒移靡。」
常丹葵、鄭源璹等被斬首後，天下官吏為之肅然。
隨即，嘉慶帝又開始調動各省大員，重新任命地方大吏，並說：「去一貪吏，萬姓蒙福；進一賢臣，一方受惠。」
他首先撤去山東巡撫伊江阿的職務，調陳大文為巡撫，又調岳起做江蘇巡撫。阮元做浙江巡撫。這些省都是貪污大省，也是清朝國家財政收入最多、人才最集中的地方，諸大員到任後，清廉奉公，風氣大變。
陳大文剛到任，召來濟南、濟寧及幾個縣的縣令到了任所，談笑風生。縣令州官們見上司如此平易近人，有時甚至低聲下氣，於是內心皆高興異常，心想：我們山東初是劉國泰，後是伊江阿，知道能撈就撈，不撈反遭貧窮與滴斥的道理，甚至被人譏笑；如今這位大員到來，與我等說得如此投機，肯定與過去的幾任巡撫沒什麼兩樣。於是這些為官縣令也都放下了戒備，拿出諂媚伊江阿等人的本事來。當晚，陳大文道：「諸位，今晚我們就到大明湖暢飲一番吧——聽說大明湖的曲子和妞兒都很可愛，怎麼，不把這些東西獻出來嗎？」
下屬們興高采烈，馬上張羅起來，當晚，陳大文等和諸人嫖妓聽曲，一晚上下來，花了一萬多兩白銀。
第二日，陳大文坐於衙門的堂上，眾官來見。突然，他驚堂木一拍，道：「你等有何話說，貪挪公款，吃喝玩樂，被我親見；且爾等事迹全已在我掌握之中，還不速速下跪交待罪行，難道讓我把你們的罪行揭露出來而罪加一等嗎？」
諸官員初時認為是開玩笑，你看我、我看你相視而笑。陳大文怒道：「左右衙役，把他們打倒跪下，繩之枷上！」
衙役們的棍棒打來，此時他們方知道這陳大文昨天戲弄了他們。
一時間，陳大文彈劾了山東三十多名官員，山東歷來廢馳的吏治得以改觀。
岳起到了江蘇後，時刻以「清介」二字要求自己。其夫人有一次見其飲酒致醉，即斥之日：「你平日痛恨的就是奢靡，可現在竟飲酒飲醉，飲酒事情雖小，但是奢侈卻是從小事情上染成的。你若不從小事做起，從自己做起，如何能服屬下而正官風？」
岳起慚愧，自此，一生不再飲酒。
岳起到了江寧後，立即變賣府衙的馬匹和彩輿等，官行中只有寥寥幾個重仆，出門時只幾匹瘦馬，衣裝簡樸。同時，他又貼出布告，禁止開妓院，無論官民，無事不準演戲。因此，吳下奢靡之風因岳起的到來而為之一變，吳民稱頌其為「岳青天」。
阮元，儀徵人，乾隆時進士，選翰林院庶吉士、編修，督山東學政。一次酒宴上，嘉慶帝道：「你學問高深，朕出一聯，你對下聯，如何？」
阮元道：「皇上請賜聯。」
嘉慶道：「上聯即『阮元』。」
阮元脫口而出道：「臣對『伊尹』。」
嘉慶帝奇其才，擢其為浙江巡撫。阮元一生清廉，埋首著書，勤於政事。他的前任十分貪婪殘酷，阮元到任後，下屬都有重見天日之感。
浙江不僅有阮元一個好官，閩浙總督長麟，被從雲貴調來，懲治嚴重的貪污腐敗現象。長麟與阮不同，他好微服私訪。上任不久，來到浙江仁和縣，聽說仁和縣貪污腐化，便微服察訪。
一天晚上，長麟見縣令儀仗大搖大擺地招搖過市，便直衝過去，被行役喝令退避。長麟不退，被行役拘住推到縣令轎前，縣令掀開轎簾，大吃一驚，急忙出來跪倒道：「不知總督大人到此，小人罪該萬死。」
長麟道：「如此半夜，你欲往何？」
縣令道：「夜間巡邏。」
長麟笑道：「此時僅二更，出巡恐怕太早了吧？且夜間巡邏，是為查究奸人，你這麼大的排場，好人賊盜早已藏匿，能巡察什麼？你乾脆退回去吧！」
長麟並不讓縣令回府，而是讓其屏退左右，著便裝與他單獨到一酒家，縣令哪敢不從？
到了酒家坐定，長麟向掌柜的道：「近來生意如何？」
掌柜的道：「回爺的話，小店得利甚微，且官府科派嚴苛，索捐婪賄，連老本都虧了。」
長麟道：「你這一小小酒店，能科派到你頭上？婪索到你頭上？」
掌柜的道：「父母官視財如命，不論茶坊酒肆，他都要搜刮的。每月他都派人來收，縣衙又從中加一層勒索，小民真是無法活下去了。客官如若不信，且看這些底帳。」
說著拿出科派的種種名目來。
長麟道：「我看你也知足了，我們那個地方的縣官，不只是苛捐雜稅多，其他的壞事也都做盡，還是你們這個地方好呀！」