張治中用一個冬天的時間完成了新疆的布局。這期間國家最大的事情莫過於蔣介石的引退，副總統李宗仁登上了歷史舞台。
南京政府土崩瓦解，共產黨坐天下已成定勢。一場前所未有的搶購風同樣刮到了新疆，市面上大量拋出「金元券」，一盒火柴要賣到一百萬法幣！
這是包爾漢當上新疆省主席之後的第一個難題。
與此同時，代總統李宗仁給陶峙岳發來一道命令：新疆駐軍除留一個旅擔任邊疆防務之外，其餘全部調入關內。並著其火速飛赴南京面商大計。顯然，這是陶峙岳面前的難題。
時新疆駐軍有趙錫光的整四十二師，所轄一二八、六十五、騎八、騎九四個整編旅；葉成的整編第七十八師，轄一七六、一七八、一七九三個整編旅。此外就是馬呈祥的整編騎兵第一師，轄一、二兩個整編旅。連同總部機關一起，三個師有近10萬人馬。這裡面除了趙錫光與陶峙岳有些老關係以外，其餘各有其主。葉成和一七九旅旅長羅恕人，是胡宗南的嫡系，而馬呈祥的部隊從人事到給養一應聽命於馬步芳，陶峙岳實際上是赤條條來去無牽掛，如何當得住這個大總管？
當夜，陶峙岳通宵不能成眠。部隊出關如何了得！新疆地處邊陲，外有強鄰，內有民族雜居的複雜關係，一旦防務透空，後果不堪設想。再說，十萬之眾投入內地戰場，又將造成多少生靈塗炭？是抗旨不尊，還是……他決定以整編部隊為名，召開一個師旅長以上官員的會議。在會上試著把部隊入關問題提出來，看看各方面的反應。
誰知道會還沒有開，馬呈祥就跑到警備總部罵起大街來：「他娘的，這個鳥新疆老子是待不下去了，連長、營長一個月的薪水還不夠買幾盒煙的，金元券金元券，再這麼下去就只能當擦屁股紙了！」
陶峙岳把他拉到一邊，不硬不軟地小聲說：「金元券的情況也不是新疆一地如此，身為黨國軍人，應為中央分憂，說話怎能沒有場合？怎能一點分寸也不講？新疆的情況會好起來的，省府包主席不是已經在想辦法了嗎？」
包爾漢的「辦法」，就是下決心在金融上同南京政府切斷聯繫，發行「銀圓券」作為新疆單獨流通的地方貨幣，從而擺脫法幣的貶值，遏止全疆一天比一天厲害的搶購風。眼下，他一面拒絕中央銀行運來的大批金元券入疆，同時又暗中通過地下革命組織，鼓勵全社會拒用金元券。
這時候的新疆真像是一個偌大的炸藥庫，「民主青年團」「新疆民主同盟」等地下組織，隨著地下刊物滿天紛飛，革命成為年輕人的時尚。而那些老派的民族主義分子，又一個勁地渾水摸魚，到處鼓搗生事。美國駐新疆的領事馬克南，臨終還放個臭屁，跑去跟烏斯滿說：「烏斯滿先生，美國永遠是你的朋友。從西藏去巴基斯坦有個地方叫太吉努爾，那是我們美國人的地盤，你可以帶所有的哈薩克族到那裡去，在那裡可以得到美國的援助。」
這些話無疑給烏斯滿以及與他臭味相投的那個省財政廳長賈尼木汗等人，注射了一劑興奮劑。賈尼木汗發誓要跟包爾漢分道揚鑣，也不到省城上班了，大喊大叫：「你包爾漢要投奔共產黨，我可不幹！我是穆斯林，我不相信共產主義……」然後，把南山官牧場上的幾百戶牧民和數千隻牛羊趕著，去找烏斯滿。
所有這些無法無天的事，都少不了馬呈祥和葉成、羅恕人這幾個傢伙的一隻腳。包爾漢著急地問陶峙岳：「張長官一向反對軍人干政，你打算怎麼辦？」
時值1949年春夏之交，蔣介石在年初宣布下野金蟬脫殼，李宗仁擔任代總統。其時，國共間已有遼瀋、淮海和平津三大戰役，國民黨號稱「精銳」的主力部隊大部被殲，面臨覆滅命運，幻想通過「和談」阻止人民解放軍渡過長江，派代表團到北平談判，但最後又拒絕在中共和平條件《國內和平協定》上簽字。毛澤東、朱德於4月間下達全國進軍命令，人民解放軍百萬大軍橫渡長江。4月23日攻佔南京，國民黨「中央政府」先後退到桂林、廣州，由吃力不討好的李宗仁勉力支撐。
遠在新疆的陶峙岳面對馬呈祥、葉成、羅恕人這些亡命之徒，還能怎麼辦？他正在為部隊出關之事焦頭爛額，每天都在以「大部隊行動和穿越戈壁需充分準備」為由，拖延李宗仁，真有度日如年的感覺。好在主政全國的「廣州政府」也在岌岌可危，李宗仁似乎沒有精力來過多追問這件事。
但手下這三個師的部隊，可一直在虎視眈眈。馬呈祥、葉成和羅怒人等，幾乎沒有一天不盯在警備司令部，逼著陶峙岳下決心入關。身為總司令的陶峙岳言行舉止如履薄冰，簡直不敢多說一句話、不敢多走一步路。時隔多年，他在自述中這樣寫道：「當時，我除與蘭州西北軍政長官公署副參謀長彭銘鼎和駐張掖的第八補給區司令曾震五常有聯繫，也曾經向他們流露過不願再參加內戰的想法外，從來不敢向人吐露思想真情。劉孟純常與張治中聯繫，他不時將外間的消息轉告我，我也聽之而已，不發表露骨的議論。就是我的參謀長陶晉初，與我有兄弟之誼，我對他也守口如瓶，曾引起他對我的誤解……」
這場「誤解」是非常自然的事。
兩陶並非胞兄弟，只是同一個高祖而已，而彼此性情則天南地北。陶晉初的思想早就激進得不行，儘管當過宋希濂第十一集團軍司令部的高級參謀、參謀長，卻對共產黨一往情深。特別是在重慶因閱讀《一周國際述評》而結識了編者喬木（喬冠華）之後，更有些明目張胆，以至於在國共談判期間，一個勁地通過喬冠華向中共方面提供情報，並且還致函毛澤東，寫出像「自問愛護先生，不亞於一切共產黨員」這樣貼心體己的話。最後，乾脆跑到紅岩村第十八集團軍辦事處，向周恩來請求到解放區去工作。
這件事因為胡宗南的防範而沒能實現。但是，陶晉初的政治色彩已經有目共睹，陶峙岳當然心中明白。他能接納陶晉初作為自己的參謀長，足以證明上面的自述文字是真實可信的。
陶晉初忍受不了陶峙岳的「緘默」。就在蘭州解放前夕，他終於在一天晚上找到陶峙岳，說：「司令，我想了很久，還是回家去算了，不想再干……這是我的辭呈。」陶晉初雙手恭恭敬敬的把一份辭職信送到陶峙岳面前。
陶峙岳頗感突然，但他卻撲哧一聲笑了：「你么時學得這樣刻板？這可不是你的性格啊！」他隨手接下辭呈往旁邊一丟，「你跟我這樣規矩真有點像戲台上唱戲喲……」
「六哥，你莫取笑，我是認真的。」
陶峙岳仍笑道：「我知道你是真的。可是辭職也沒得這樣簡單嘛，莫說你來給我當參謀長，就是來走個親戚，也要吃頓飯再走嘛！這樣吧，明晚你過來，我備幾個小菜，給你餞行。」
「不用了，我飛機票都買好了。」
「哦，這麼急……」陶峙岳抹去笑容，「是我這個兄長叫你那麼討厭？」
陶晉初說：「這個不關兄弟情義。人各有志，我只是不想再為獨夫效勞而已，還望六哥見諒。」
「見諒？見諒什麼，你既已說出人各有志，還有什麼可見諒的！不過，我倒想問你一句話，你存有何『志』，你看我又存有何『志』？」
陶晉初沉默不語。
「我來為你說。上次我去重慶安頓家小，你叫彭銘鼎轉給我的信上，不是要我為中華民國的前途、為新疆十萬官兵的生命著想嗎？我自認為無愧這兩句話。難道你的『著想』就是這樣一拍屁股了事嗎？作為總司令與參謀長，你我有齊心協力守土之責；作為兄長與小弟，你我有手足同宗骨肉之情。你也不看看目前新疆是個什麼局勢，危機四伏、困難重重。這個時候你既不念職責，亦不念親情，眼看著我孤掌難鳴，卻要拂袖而去，虧你想得出來啊！」
陶晉初絕望而又疑惑地望著陶峙岳，許久，說：「六哥，你難道真的甘心情願為國民黨殉葬？你為什麼不去想一想中共所標榜的那些主張呢！」
「胡說！盡忠竭力怎麼是『殉葬』？民族主義的自由中國理想，難道不值得我們為之奮鬥嗎？你講這種話就不怕人家說你『赤化』？你太大膽、太沒有分寸了！」陶峙岳脫口而出。
陶晉初五內俱焚，難受極了，連珠炮似的一吐為快：「你不要談什麼民主不民主、自由不自由了！要是在十年前，這些冒牌貨或許還能騙一騙人。今天，見鬼去吧！我勸你還是關心一下切身生活吧！為什麼要允許一部分人吸大多數人的血以自肥，而大多數人陷於貧困、飢餓、死亡！《中央日報》每天都在罵中共是惡魔。既是惡魔，怎麼還有那麼多有志氣、有修養的學者、青年趨之若鶩？他們書越讀越糊塗，會死心塌地地去追求『惡魔』嗎？為什麼中共的人一天天增多而國軍山河日下、打一仗敗一仗？為什麼……」
「好啦好啦！」陶峙岳舉手，強行制止了陶晉初，「天下事自有天下人來公論，我不想抬扛，也不想保密局的人把你當作共黨分子抓起來，在胡宗南那裡的教訓還不夠嗎？這樣吧，我給你一天時間